اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات286
تعداد نشریات سازمان84
تعداد شماره‌ها2,975
تعداد مقالات33,408
تعداد مشاهده مقاله43,904,252
تعداد دریافت فایل اصل مقاله20,405,786
Bashashati, M, Banani, M, Haerian Ardakani, B, Sabouri, F. (1402). Complete Genome Sequencing of an Embryonated Chicken Egg-Adapted Duck atadenovirus A. سامانه مدیریت نشریات علمی, 78(2), 757-765. doi: 10.22092/ari.2022.360121.2557
M Bashashati; M Banani; B Haerian Ardakani; F Sabouri. "Complete Genome Sequencing of an Embryonated Chicken Egg-Adapted Duck atadenovirus A". سامانه مدیریت نشریات علمی, 78, 2, 1402, 757-765. doi: 10.22092/ari.2022.360121.2557
Bashashati, M, Banani, M, Haerian Ardakani, B, Sabouri, F. (1402). 'Complete Genome Sequencing of an Embryonated Chicken Egg-Adapted Duck atadenovirus A', سامانه مدیریت نشریات علمی, 78(2), pp. 757-765. doi: 10.22092/ari.2022.360121.2557
Bashashati, M, Banani, M, Haerian Ardakani, B, Sabouri, F. Complete Genome Sequencing of an Embryonated Chicken Egg-Adapted Duck atadenovirus A. سامانه مدیریت نشریات علمی, 1402; 78(2): 757-765. doi: 10.22092/ari.2022.360121.2557

Complete Genome Sequencing of an Embryonated Chicken Egg-Adapted Duck atadenovirus A

Archives of Razi Institute
مقاله 33، دوره 78، شماره 2، خرداد و تیر 2023، صفحه 757-765    اصل مقاله (621.81 K)
نوع مقاله: Original Articles
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2022.360121.2557
نویسندگان
M Bashashati* ؛ M Banani؛ B Haerian Ardakani؛ F Sabouri
Department of Avian Disease Research and Diagnostics, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran
چکیده
Egg drop syndrome (EDS) is prevalent in industrial poultry globally. This disease is caused by Duck atadenovirus A or EDS virus (EDSV), a member of the genus Atadenovirus under the family Adenoviridae. The disease is attributed to significant economic losses in the poultry industry worldwide due to a drop in egg production, reduction in egg quality, and failure to reach maximum egg production. Oil‐adjuvant inactivated vaccines, which are widely used in the poultry industry, provide good protection for immunized chickens against EDS. This study aimed to genetically and phylogenetically analyze the full-length genome of an embryonated chicken egg-adapted EDSV strain 127. After extraction of viral DNA from the allantoic fluid, overlapping fragments of the viral genome sequence were generated by polymerase chain reaction (PCR) using 25 pairs of primers. Purified PCR products were subjected to complete genome sequencing by the next-generation sequencing (NGS) approach. The nucleotide homology observed between genomes of the studied strain and that of the original strain 127 (NC_001813) of laying chickens was 99.9%. Its genome was 33,213 bp in length, with a G + C content of 43.01%. A comparison of the genome sequence of the egg-adapted virus with strain 127 revealed only three non-synonymous single-nucleotide polymorphisms (SNPs) between these viral genome sequences. Two mutations of S320G and I62K out of these SNPs were found within the coding regions of fiber and hypothetical proteins which may play a role in the adaptation of EDSV in the embryonated chicken eggs. The full genome sequencing of EDSV using NGS techniques provides insights into the discovery of genetic variants. Moreover, the genome sequence information of the EDSV provides valuable data for vaccine development in near future.
کلیدواژه‌ها
Duck atadenovirus A؛ Egg drop syndrome؛ Egg-adapted virus؛ Molecular characterization؛ Next generation sequencing
عنوان مقاله [English]
توالی‌یابی کامل ژنومی آتادناویروس اردک A آداپته‌شده در تخم‌مرغ جنین‌دار
چکیده [English]
سندرم کاهش تولید تخم‌مرغ (EDS) در اکثر کشورهای دنیا به‌طور فراگیر در طیور صنعتی شایع است. این بیماری توسط آتادناویروس اردک A و یا ویروس EDS (EDSV) ایجاد می‌شود که عضوی از جنس آتادناویروس و خانواده آدنوویریده است. بیماری مرتبط با خسارات اقتصادی قابل توجه در صنعت طیور تجاری در سراسر دنیا بدلیل کاهش تولید تخم‌مرغ، کاهش کیفیت تخم‌مرغ و عدم رسیدن به پیک تولید می‌باشد. واکسن‌های کشته با ادجوانت روغنی عمدتاً در طیور صنعتی استفاده می‌شوند و حفاظت خوبی را دربرابر EDS ایجاد می‌کنند. در این مطالعه، EDSV آداپته‌شده در تخم‌مرغ جنین‌دار مورد آنالیز ژنتیک و فیلوژنتیک قرار گرفت. پس از استخراج DNA ویروسی از مایع آلانتوئیک تخم‌مرغ جنین‌دار آلوده، بااستفاده از 25 جفت پرایمر کل توالی ژنوم ویروسی توسط PCR تکثیر گردید. پس از تخلیص محصولات PCR، آمپلیکون‌ها مورد توالی‌یابی کل ژنومی بااستفاده از توالی‌یابی نسل بعدی (NGS) قرار گرفتند. همولوژی نوکلئوتیدی مشاهده شده بین ژنوم‌های سویه مورد مطالعه و سویه اصلی 127 مرغان تخم‌گذار (NC_001813) 9/99 درصد بود. ژنوم این سویه دارای طول 33213 نوکلئوتیدی با محتویات G+C 01/43 درصد بود. درمقایسه توالی ژنومی ویروس مورد مطالعه با سویه 127، تنها 3 پلی‌مورفیسم تک نوکلئوتیدی (SNP) بین این توالی‌های ژنومی ویروسی یافت شد. از این SNP ها، موتاسیون S320G و I62K در مناطق کدکننده پروتئین‌های فیبر و فرضی مشاهده شد که ممکن است در آداپتاسیون EDSV در تخم‌مرغ جنین‌دار نقش بازی کند. توالی‌یابی کل ژنوم EDSV بااستفاده از روش NGS اطلاعات جامعی در کشف واریانت‌های ژنتیکی ارائه می‌دهد. بعلاوه، اطلاعات توالی ژنومی EDSV فراهم‌کننده اطلاعات ارزشمند برای تولید واکسن در آینده نزدیک است.
کلیدواژه‌ها [English]
سندرم کاهش تولید تخم‌مرغ (EDS), آتادناویروس اردک A, ویروس آداپته‌شده در تخم‌مرغ, توالی‌یابی نسل جدید (NGS), توصیف مولکولی
سایر فایل های مرتبط با مقاله
مراجع
  1. Van Eck JH, Davelaar FG, Heuvel-Plesman TA, Van Kol N, Kouwenhoven B, Guldie FH. Dropped egg production, soft shelled and shell-less eggs associated with appearance of precipitins to adenovirus in flocks of laying fowls. Avian Pathol. 1976;5(4):261-72.
  2. Smyth JA. Atadenovirus (Egg Drop Syndrome of Chickens and Related Infections) In: Swayne ED, Boulianne M, Logue CM, McDougald LR, Narat M, Suarez DL, editors. Diseases of Poultry. Hoboken, NJ, USA: Wiley-Blackwell; 2020. p. 332-9.
  3. Holmes HC, Webb KJ, Box PG. Vaccine for the control of egg drop syndrome '76. Vet Rec. 1989;124(12):309-10.
  4. ICTV. International Committee on Taxonomy of Viruses. 2022(2019 Release): Retrieved from https://talk.ictvonline.org/taxonomy/.
  5. McFerran JB, Connor TJ, Adair BM. Studies on the antigenic relationship between an isolate (127) from the egg drop syndrome 1976 and a fowl adenovirus. Avian Pathol. 1978;7(4):629-36.
  6. Hess M, Blocker H, Brandt P. The complete nucleotide sequence of the egg drop syndrome virus: an intermediate between mastadenoviruses and aviadenoviruses. Virology. 1997;238(1):145-56.
  7. Senthilkumar N, Kataria JM, Koti M, Dhama K, Dash BB. Restriction enzyme analysis of Indian isolates of egg drop syndrome 1976 virus recovered from chicken, duck and quail. Vet Res Commun. 2004;28(5):447-53.
  8. Todd D, McNulty MS, Smyth JA. Differentiation of egg drop syndrome virus isolates by restriction endonuclease analysis of virus DNA. Avian Pathol. 1988;17(4):909-19.
  9. Fitzgerald SD. Adenovirus Infection. In: Swayne ED, Boulianne M, Logue CM, McDougald LR, Narat M, Suarez DL, editors. Diseases of Poultry 14th edition ed. Pondicherry, India: John Wiley & Sons, Inc.; 2020. p. 321-39.
  10. Hess M. Adenoviruses. In: Williams SM, Dufour-Zavala L, Jackwood MW, Lee MD, Lupiani B, Reed WM, et al., editors. A laboratory manual for the isolation, identification, and characterization of avian pathogens. sixth ed. United States of America: American Association of Avian Pathologists; 2016. p. 143-50.
  11. McFerran JB, McCracken RM, McKillop ER, McNulty MS, Collins DS. Studies on a depressed egg production syndrome in Northern Ireland. Avian Pathol. 1978;7(1):35-47.
  12. Hess M. Detection and differentiation of avian adenoviruses: a review. Avian Pathol. 2000;29(3):195-206.
  13. Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms. Mol Biol Evol. 2018;35(6):1547-9.
  14. Tcherepanov V, Ehlers A, Upton C. Genome Annotation Transfer Utility (GATU): rapid annotation of viral genomes using a closely related reference genome. BMC Genom. 2006;7(1):150.
  15. Adair BM, McFerran JB, Connor TJ, McNulty MS, McKillop ER. Biological and physical properties of a virus (strain 127) associated with the egg drop syndrome 1976. Avian Pathol. 1979;8(3):249-64.
  16. Crawford-Miksza L, Schnurr DP. Analysis of 15 adenovirus hexon proteins reveals the location and structure of seven hypervariable regions containing serotype-specific residues. J Virol. 1996;70(3):1836-44.
  17. Sheppard M, Trist H. Characterization of the avian adenovirus penton base. Virology. 1992;188(2):881-6.
  18. Engler JA, Hong JS. Characterization of the adenovirus fiber protein. Methods Mol Med. 2007;131:281-98.
  19. Haerian Ardakani B, Banani M, Ghodsian N, Abdoshah M, Bashashati M. Laboratory-scale production and quality control of trivalent inactivated oil-emulsion vaccine against Newcastle disease, infectious bronchitis and egg drop syndrome. Vet Res Biol Prod. 2022.
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 2,108
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 244


counter
سامانه مدیریت نشریات علمی. طراحی و پیاده سازی از سیناوب