1گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان، ملاثانی، ایران.
2Department of Animal Sciences, Agricultural Sciences and Natural Resources University of Khuzestan, Iran
3گروه علوم دامی، دانشکده علوم دامی و صنایع غذایی، دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان، ملاثانی، ایران
4پژوهشکده آبزی پروری آبهای جنوب کشور، موسسه تحقیقات علوم شیلاتی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، اهواز، ایران
چکیده
به کمک روش RNA-seq میتوان اطلاعات کاملی در خصوص شناسایی ژنها بدست آورد که نتایج آن ممکن است در ژنتیک و اصلاح دام و طیور سودمند باشد. تاکنون مطالعات کمی در خصوص استفاده از این روش در ارزیابی ترانسکریپتوم طیور بومی گزارش شده است، با توجه به اهمیت lncRNAها در فرآیندهای بیولوژیکی مطالعه حاضر به بررسی lncRNAهای حاصل از ترنسکریپتوم مرغ بومی اصفهان و سویه تجاری راس 708 و تفاوت بیان آنها پرداخت. در این مطالعه با استفاده از توالییابی نسل جدید، 568، lncRNA شناسایی شد که تغییرات بیان 116، lncRNA معنیدار بود (05/0 P-value ≤). نتایج نشان داد با سطح احتمال (05/0 P-value ≤) مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با عملکرد ژنهای شناسایی شده متیلاسیون لایزین و هیستون، فعالسازی لکوسیتهای میلوئیدی، تنظیم مثبت تولید سایتوکین، تنظیم فعالسازی لنفوسیتها غنی میشوند. آنالیز عملکرد مولکولی این ژنها نشان داد پروتئین تیروزین کیناز غیر غشایی، فعالیت پروتئین متیل ترانسفراز، فعالیت متیل ترانسفراز وابسته به S-آدنوزیل متیونین، انتقال گروههای یک کربنی و اتصال گیرنده سیگنال به طور معنیداری غنی میشوند. بر اساس نتایج حاصل، lncRNAهایی که تفاوت بیان معنیداری در دو گروه بومی و تجاری دارند با مسیرهای سیستم ایمنی و متیلاسیون مرتبط میباشند که میتوانند به عنوان بیومارکر استفاده شوند.
11- Ph.D. Student, Department of Animal Science, Animal Science and Food Technology Faculty, Agricultural Sciences and Natural Resources, University of Khuzestan, Mollasani, Iran
2Department of Animal Sciences, Agricultural Sciences and Natural Resources University of Khuzestan, Iran
3Department of Animal Science, Animal Science and Food Technology Faculty, Agricultural Sciences and Natural Resources University of Khuzestan, Mollasani, Iran
4South of Iran Aquaculture Research Institute, Iranian Fisheries Science Research Institute (IFSRI), Ag-ricultural Research Education and Extension Organization (AREEO), Ahvaz, Iran
چکیده [English]
Based on the RNA-seq method. Complete information from the identification of genes can be obtained, the results of which may be useful in the genetics and breeding of livestock and poultry. So far, few studies have been reported regarding the use of this method in the evaluation of native poultry transcriptome; considering the importance of lncRNA in biological processes, the present study investigated the lncRNA from the transcriptome of Isfahan native chicken and the commercial Ras 708 strain and differential expression. In this study, 568 lncRNA were identified, which 116 lncRNA were significantly different in expression between the two groups (P-value ≤0.05). The results showed the biological process associated with these functions: Histone and lysine methylation, Myeloid leukocyte activation, Regulation of signal transduction, Positive regulation of cytokine production, and Regulation of lymphocyte activation (P-value ≤0.05). Furthermore, Non-membrane spanning tyrosine kinase activity, Protein methyltransferase activity, S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity, Transferring one-carbon groups, Acting on a protein, Signaling receptor binding was related to molecular function. Based on the results, lncRNA that vary in expression between native and commercial groups are associated with immune and methylation pathways, and can be used as biomarkers.
کلیدواژهها [English]
Gene expression pattern, lncRNA, Native chicken breed, Ross strain, RNA-seq