ارزیابی تغییرات ژنتیکی و آنتی ژنیکی ویروس تب برفکی تایپ A در کانونهای بیماری در ایران طی سالهای 2014 الی 2015 | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| Article 6, Volume 75, Issue 3, January 0, Pages 349-357 PDF (450.24 K) | ||
| Document Type: مقالات پژوهشی | ||
| DOI: 10.22092/ari.2019.123610.1287 | ||
| Abstract | ||
| ویروس تب برفکی یک عامل عفونی است که به طور جدی سلامت و آسایش دامها را تهدید میکند. این ویروس از ژنوم بسیار متغییر و بیولوژی پیچیده برخوردار است. به همین دلیل بررسی مستمر تغییرات ژنتیکی سویههای موجود در فیلد جهت معرفی سویههای مناسب تولید واکسن ضروری است.در طی سالهای 2014 تا 2015، تعداد 126 نمونه مشکوک به ویروس تب برفکی به آزمایشگاه مرجع تب برفکی ارسال گردید. از بین آنها 86 نمونه با انجام روش الیزا تایپAتشخیص داده شد. این ویروس از 42 عدد از نمونههای ارسال شده از 16 استان توسط کشت سلول جداسازی گردید. ابتدا توسط واکنش زنجیرهای پلیمراز ناحیه کد کننده ایی که مسئول تولید بخش اصلی کپسید ویروس میباشد تکثیر داده شد. این قسمت مربوط به ژن 1D به طول 800 باز بود که مسئول ساخت پروتئین VP1 می باشد. در این مطالعه ارزیابی فیلوژنتیکی نمونهها توسط آنالیز توالی ژن1Dصورت پذیرفت. نتایج حاکی از وجود دو ژنوتایپ متمایز با تفاوت نوکلوتیدی بیش از 15% بود. دسته اول با ویروس های ثبت شده از کشورهای همسایه نظیر افغانستان، پاکستان و ترکیه همگروه بود. تمامی نمونههای موجود در این گروه قرابت ژنتیکی با ژنوتایپ Iran-05 داشت. بررسیهای سرولوژیک نمایانگر ارتباط آنتی ژنیکی دسته اول با ویروس واکسینال A-IRN-2013 بود. در این مطالعهمشخص شد که گروه دوم برای اولین باراز ایران گزارش شده است. بررسی های ژنتیکی نشان داد که احتمالا اعضاء این گروه از ویروسهای در حال گردش در هند منشاء گرفته است. آزمایشات نشان داد که ویروس های این دسته با سویه واکسینال (A-IRN-2013) مورد استفاده در زمان این پژوهش تشابه آنتی ژنیکی ندارد. | ||
| Keywords | ||
| ویروس تب برفکی; سروتیپ A; ژنوتایپینگ; فیلوژنتیک | ||
|
Supplementary Files
|
||
| References | ||
|
Ahmed, H., Salem, S., Habashi, A., Arafa, A., Aggour, M., Salem, G., et al., 2012. Emergence of Foot‐and‐Mouth Disease Virus SAT 2 in E gypt During 2012. Transbound Emerg Dis 59, 476-481.
Bari, F.D., Parida, S., Tekleghiorghis, T., Dekker, A., Sangula, A., Reeve, R., et al., 2014. Genetic and antigenic characterisation of serotype A FMD viruses from East Africa to select new vaccine strains. Vaccine 32, 5794-5800.
Bastos, A., Haydon, D., Forsberg, R., Knowles, N., Anderson, E., Bengis, R., et al., 2001. Genetic heterogeneity of SAT-1 type foot-and-mouth disease viruses in southern Africa. Arch Virol 146, 1537-1551.
Hall, T.A., 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic acids symposium series. [London]: Information Retrieval Ltd., c1979-c2000., pp. 95-98.
Haydon, D., Samuel, A., Knowles, N., 2001. The generation and persistence of genetic variation in foot-and-mouth disease virus. Prev Vet Med 51, 111-124.
Jamal, S.M., Belsham, G.J., 2013. Foot-and-mouth disease: past, present and future. Vet Res 44, 116.
Kimura, M., 1980. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J Mol Evolu 16, 111-120.
Knowles, N., Nazem Shirazi, M., Wadsworth, J., Swabey, K., Stirling, J., Statham, R., et al., 2009. Recent spread of a new strain (A‐Iran‐05) of foot‐and‐mouth disease virus type A in the Middle East. Transbound Emerg Dis 56, 157-169.
Knowles, N., Samuel, A., 2003. Molecular epidemiology of foot-and-mouth disease virus. Virus Res 91, 65-80.
longjam, N., Tayo, T., 2011. Antigenic variation of Foot and Mouth Disease Virus-An Overview. Vet World 4, 475-479.
Ludi, A.B., Horton, D., Li, Y., Mahapatra, M., King, D., Knowles, N., et al., 2014. Antigenic variation of foot-and-mouth disease virus serotype A. J Gen Virol 95, 384-392.
Mohapatra, J.K., Subramaniam, S., Pandey, L.K., Pawar, S.S., De, A., Das, B., et al., 2011. Phylogenetic structure of serotype A foot-and-mouth disease virus: global diversity and the Indian perspective. J Gen Virol 92, 873-879.
Rweyemamu, M.M., 1984. Antigenic variation in foot-and-mouth disease: studies based on the virus neutralization reaction. J Biol Stand 13, 323-337.
Sangula, A.K., Belsham, G.J., Muwanika, V.B., Heller, R., Balinda, S.N., Masembe, C., et al., 2010. Evolutionary analysis of foot-and-mouth disease virus serotype SAT 1 isolates from East Africa suggests two independent introductions from southern Africa. BMC Evolu Biol 10, 371.
Tamura, K., Dudley, J., Nei, M., Kumar, S., 2007. MEGA4: molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Mol Biol Evol 24, 1596-1599.
Thompson, J.D., Higgins, D.G., Gibson, T.J., 1994. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res 22, 4673-4680. Tosh, C., Sanyal, A., Hemadri, D., Venkataramanan, R., 2002. Phylogenetic analysis of serotype A foot-and-mouth disease virus isolated in India between 1977 and 2000. Arch Virol 147, 493-513.
Vosloo, W., Knowles, N., Thomson, G., 1992. Genetic relationships between southern African SAT-2 isolates of foot-and-mouth-disease virus. Epidemiol Infect 109, 547-558.
Waheed, U., Parida, S., Khan, Q., Hussain, M., Ebert, K., Wadsworth, J., et al., 2011. Molecular characterisation of foot‐and‐mouth disease viruses from Pakistan, 2005–2008. Transboun Emerg Dis 58, 166-172. | ||
|
Statistics Article View: 1,916 PDF Download: 2,779 |
||