- همه نشریات
- علوم آب و خاک
- علوم اقتصاد و ترویج کشاورزی
- علوم جنگل, مرتع و آبخیزداری
- علوم دامی و شیلات
- علوم زراعی و باغی
- علوم گیاهپزشکی
- علوم مهندسی و مکانیزاسیون کشاورزی
- مجلات ترویجی کشاورزی
- نشریات انجمن ها
- نشریات با زبان انگلیسی
- نشریات با زبان فارسی
- نشریات دانشگاه آزاد اسلامی
- نشریات علمی
- نشریات علمی سازمان تحقیقات، آموزش و ترویچ کشاورزی
آمار
| تعداد نشریات | 276 |
| تعداد نشریات سازمان | 75 |
| تعداد شماره‌ها | 1,934 |
| تعداد مقالات | 22,200 |
| تعداد مشاهده مقاله | 11,989,446 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 9,629,710 |
بررسی SNPهای مرتبط با چربی لاشه در گوسفندان نژادهای افشاری، مغانی و قزل | ||
| علوم دامی (پژوهش و سازندگی) | ||
| مقاله 18، دوره 32، شماره 123، تابستان 1398، صفحه 247-258 اصل مقاله (2.15 MB) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/asj.2018.121945.1704 | ||
| نویسندگان | ||
محمود پورعسکری1؛ محمدطاهر هرکی نژاد2؛ محمدباقر زندی  3
| ||
| 1دانش آموخته کارشناسی ارشد، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی زنجان | ||
| 2دانشیار گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه زنجان | ||
| 3استادیار گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه زنجان | ||
| چکیده | ||
| شناسایی مناطق ژنومی کنترل کننده صفات اقتصادی، یکی از چالش برانگیزترین موارد استفاده از نشانگرهای متراکم در ژنتیک حیوانی است. شناسایی جایگاه‌های ژنی مرتبط با ذخیره چربی از لحاظ اقتصادی از اهمیت زیادی در پرورش گوسفند برخوردار است. در این تحقیق، از تعداد 49034 نشانگر تک نوکلئوتیدی برای شناسایی نواحی ژنومی موثر بر ذخیره چربی برای 106 رأس گوسفند از نژادهای افشاری (37)، مغانی (34) و قزل (35) استفاده شد. نمونه‌ها با استفاده از آرایه‌های Illumina OvineSNP50K Beadchip تعیین ژنوتیپ شدند. با بررسی کنترل کیفیت نمونه‌های تعیین ژنوتیپ شده از 49034 نشانگر SNP تعداد 46676 باقی ماند. برای قرار گرفتن حیوانات در گروه-های نژادی خود از آنالیز مولفه‌های اصلی (PCA) براساس اطلاعات روابط خویشاوندی ژنومی استفاده شد. جهت بررسی تمایز جمعیتی در بین این سه نژاد از آماره‌های تتا و FST استفاده شد. در این مطالعه پنج ناحیه ژنومی که در صدک 99/99 کل ارزش‌های FST قرار گرفته بودند برای بررسی‌های بیشتر انتخاب شدند. این مناطق بر روی کروموزوم‌های 13، 3 (دوناحیه)، 15 و 22 واقع شده‌اند که با صفات فعالیت گیرنده لیپوپروتئین با چگالی پایین، اتصال اجزاء لیپوپروتئین با چگالی پایین، تنظیم لیپولیز در سلول‌های چربی و متابولیسم اسید چرب مرتبط می‌باشند. برای ارزیابی نشانه‌های انتخاب بر پایه روش‌های عدم تعادل لینکاژی از آزمون هموزیگوسیتی هاپلوئیدی بسط داده شده استفاده شد. استفاده از تراشه‌های ژنومی برای مطالعه تفاوت‌های ژنتیکی گوسفندان بومی و بررسی صفات اقتصادی مفید بوده که این امر می‌تواند به دست‌یابی برای بهبود ژنتیکی از طریق مطالعات همبستگی ژنوم و انتخاب ژنومی کمک کند. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| تفرق جمعیتی؛ کاوش ژنومیک؛ نشانه‌های انتخاب | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Study of SNPs associated with carcass fat in Afshari,Moghani and Qezel sheep breeds | ||
| نویسندگان [English] | ||
| mahmoud pouraskari1؛ Taher Harakinezhad2؛ Mohammad Bagher zandi3 | ||
| 1animal science/ agricultur / Zanjan University / iran | ||
| 2Animal science/agriculture/zanjan university/iran | ||
| 3Animal science/ agriculture /zanjan university/ iran | ||
| چکیده [English] | ||
| Identification of genomic regions controlling economic traits is one of the most challenging uses of dense markers in animal genetics. Fat storage is economically important for breeding sheep. Therefore, identification of lipid-associated gene positions was the main goals of this study.In this study, 49034 Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) were used to identify the genomic regions affecting fat deposition of 106 sheep individuals include Afshari (n=37), Moghani (n=34) and Qezel (n=35) breeds were used. All samples were genotyped by Illumina OvineSNP50K bead chip. By running the quality control on the raw genotype, from tolal 49,034 SNP markers only 46,676 SNPs remained then genomic relationship principal component analysis (PCA) was used in order to assign correct individual to each breed. Theta and Fst analysis were applied to survey the population differentiation in three breeds, so five regions in 99.99 percentile FST score of the genome distribution were selected for further analysis. These regions are stated on chromosomes number 3, 13 (two areas), 15 and 22 were associated with LDL and HDL receptors Lipolise regulation in fat cells and fatty acid metolism. To verify those regions, Extended Haplotype Homozygosity (EHH) test based on linkage disequilibrium was perform. The results of this study shows that SNP bead chip are useful for population differentiation and GWAS so this can help us to achive an genetic improvement by genomic selection. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Population differentiation, Signatures of selection, Whole-genome scan | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 101 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 138 |
||
