| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 2,980 |
| تعداد مقالات | 33,446 |
| تعداد مشاهده مقاله | 43,911,994 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 20,410,960 |
آنالیز فیلوژنتیکی چهار جدایه های ایرانی ویروس کوتولگی زرد کدوییان بر اساس انتهای 3 آر. ان. ای شماره 1 (مقاله‌ی کوتاه انگلیسی) | ||
| آفات و بیماری های گیاهی | ||
| مقاله 14، دوره 85، شماره 2 - شماره پیاپی 105، اسفند 1396، صفحه 19-24 اصل مقاله (244.79 K) | ||
| نوع مقاله: بیماری‌شناسی گیاهی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/jaep.2018.110740.1167 | ||
| نویسندگان | ||
| طیبه کشاورز* 1؛ کاوه بنانج2 | ||
| 1استادیار مؤسسه تحقیقات گیاهپزشکی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران، ایران | ||
| 2استاد مؤسسه تحقیقات گیاهپزشکی کشور، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، تهران، ایران | ||
| چکیده | ||
| به منظور آنالیز فیلوژنتیکی جدایه های ایرانی ویروس کوتولگی زرد کدوییان (Cucurbit yellow stunting disorder virus, CYSDV) ناحیه انتهای ¢3 RNA1 (به طول 560 نوکلئوتید) از چهار جدایه ویروس کوتولگی زرد کدوییان جمع آوری شده از استان های بوشهر، کرمان (جیرفت)، خوزستان(دزفول) و تهران با واکنش زنجیره ای پلی مراز و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی تکثیر شد. ترادف نوکلئوتیدی ناحیه مذکورتعیین و با توالی‌های موجود در Gen Bank مقایسه شد. نتایج نشان دهنده تشابه ترادف نوکلئوتیدی بالا (98-99%) بین جدایه‌های CYSDV بود و تشابه ترادف بین جدایه های ایرانی 99 درصد بود. درخت فیلوژنتیکی ترسیم شده به روش نزدیک‌ترین همسایه با استفاده از ترادف نوکلئوتیدی ناحیه تکثیر شده نشان داد که تمامی جدایه های CYSDV در یک گروه قرار گرفته و جدایه های بوشهر، خوزستان و تهران در زیر گروه مجزا نسبت به سایر جدایه های مورد بررسی قرار گرفتند. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| خصوصیات مولکولی؛ واکنش زنجیره‌ای پلی مراز؛ ویروس کوتولگی زرد کدوییان | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Phylogenetic analysis of four Iranian Cucurbit yellow stunting disorder virus isolates based on 3' terminal region of RNA1 (Short communication in English) | ||
| نویسندگان [English] | ||
| T. KESHAVARZ1؛ K. BANANEJ2 | ||
| 1Iranian Research Institute of Plant Protection, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Tehran, Iran | ||
| 2Iranian Research Institute of Plant Protection, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Tehran, Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| To study phylogenetic analysis of some Iranian isolates of cucurbit yellow stunting disorder virus (CYSDV), 3' terminal region of RNA1 (560 bp in length) of four CYSDV isolates, originated from four different locations of Iran including Boushehr, Kerman (Jiroft), Khuzestan (Dezfool) and Tehran provinces was amplified by RT-PCR using specific pair primers. The 3' terminal region of RNA 1 of four CYSDV was sequenced and compared with other available sequences in GenBank. Nucleotide sequences analysis of CYSDV isolates showed a high nucleotide sequence identity (98- 99%) among all isolates and nucleotide sequences identity among Iranian CYSDV isolates was 99%. Phylogenetic tree constructed by neighbor-joining method using the nucleotide sequence of amplified region indicated that all CYSDV isolates were placed in one group however three of four Iranian isolates including Boushehr, Khuzestan and Tehran were clustered into a distinct subgroup with respect to other isolates. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Cucurbit yellow stunting disorder virus, phylogeny, RT-PCR | ||
| مراجع | ||
|
ABOU-JAWDAH, Y., H. SOBH, A. FAYAD, H. LECOQ, B. DELECOLLE and J. TRAD-FERRE, 2000. Cucurbit yellow stunting disorder virus. A new threat to cucurbits in Lebanon. Journal of Plant Pathology, 82: 55-60.
AGUILAR, J. M., M. FRANCO, C. F. MARCO, B. BERDIALES, E. RODRIGUEZ-CEREZO, V. TRUNIGER and M. A. ARANDA, 2003. Further variability within the genus Crinivirus, as revealed by determination of the complete RNA genome sequence of Cucurbit yellow stunting disorder virus. Journal of General Virology, 84: 2555–2564.
BROWN, J. K., J. C. GUERRERO, M. MATHERON, M. OLSEN and A. M. IDRIS, 2007. Widespread outbreak of Cucurbit yellow stunting disorder virus in melon, squash, and watermelon crops in the Sonoran Desert of Arizona and Sonora, Mexico. Plant Disease, 91: 773.
CELIX, A., A. LOPEZ-SESE, N. ALMARZA, M. L. GOMEZ-GUILLAMON and E. RODRIGUEZ-CEREZO, 1996. Characterization of Cucurbit yellow stunting disorder virus, a Bemisia tabaci -transmitted closterovirus. Phytopathology. 86: 1370–1376.
EDGAR, R. C. 2004. MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity. BMC Bioinformatic, 19: 113.
GARCIA-ARENAL, F., A. FRAILE and J. M. MALPICA, 2001. Variability and genetic structure of plant virus population. Annual Review of Phytopathology, 39: 157–186.
HASSAN, A. and J. E. DUFFUS, 1991. A review of a yellowing and stunting disorder in the United Arab Emirates. Emirates journal of agricultural science, 2: 1–16.
KAO, J., L. JIA, T. TIAN, L. RUBIOand B. W. FALK, 2000. First report of Cucurbit yellow stunting disorder virus (genus Crinivirus) in North America. Plant Disease, 84: 101.
KESHAVARZ, T. and K. IZADPANAH, 2005. Etiology of cucurbit yellows in Bushehr Province, Iran. Iranian Journal of Plant Pathology, 41: 107–121.
KESHAVARZ, T., M. SHAMS-BAKHSH and K. IZADPANAH, 2013. Geographic Distribution and phylogenetic Analysis of Cucurbit yellow stunting disorder virus in Iran. Acta Virologica, 57(4): 415-420.
KUO, Y. W., M. R. ROJAS, R. L. GILBERTSON and W. M. WINTERMANTEL, 2007. First report of Cucurbit yellow stunting disorder virus in California and Arizona, in association with Cucurbit leaf crumple virus and Squash leaf curl virus. Plant Disease, 91: 330.
LECOQ, H. and C. DESBIEZ, 2012. Viruses of cucurbit crops in the Mediterranean region: an ever-changing picture. Advances in Virus Research, 84, 67–126.
MARCO, C. F. and M. A. ARANDA, 2005. Genetic diversity of a natural population of Cucurbit yellow stunting disorder virus. Journal of General Virology,86: 815–822.
MARTELLI, G. P., A. A. AGRRANOVSKY, M. BAR-JOSEPH, D. BOSCIA, T. CANDRESSE, R. H. A. COUTTS, V. V. DOLJA, B. W. FALK, D. GONSALVES, W. JELKMANN, A. V. KARASEV, A. MINAFRA, S NAMBA, H. J. VETTEN, G. C. WISLER and N. YOSHIJAWA, 2002: The family Closteroviridae revised. Archives of Virology, 147: 2039–2044.
POLSTON, J. E., L. L. HLADKY, F. AKAD and W. M. WINTERMANTEL, 2008. First report of Cucurbit yellow stunting disorder virus in cucurbits in Florida. Plant Disease, 92:1251.
RUBIO, L., J. SOONG, J. KAOAND and B. W. FALK, 1999. Geographic distribution and molecular variation of isolates of three whitefly -born closteroviruses of cucurbits: lettuce infectious yellows virus, Cucurbit yellow stunting disorder virus and beet pseudo yellowsvirus. Phytopathology, 89: 707–711.
RUBIO, L., Y. ABOU-JAWDAH, H. X. LIN and B. W. FALK. 2001. Geographically distant isolates of the crinivirus Cucurbit yellow stunting disorder virus show very low genetic diversity in the coat protein gene. Journal of General Virology, 82: 929–933.
TAMURA, K., D. PETERSON, N. PETERSON, G. STECHER, M. NEIAND and S. KUMAR, 2011. MEGA5: Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Molecular Biology and Evolution, 28: 2731–2739.
TZANETAKIS, I. E., R. R. MARTIN and W. M. WINTERMANTEL, 2013. Epidemiology of criniviruses: an emerging problem in world agriculture. Front Microbiology, doi: 10.3389/fmicb.2013.00119.
WINTERMANTEL, W. M., L. L. HLADKY, A. A. CORTEZ and E. T. NATWICK, 2009. A new expanded host range of Cucurbit yellow stunting disorder virus Includes Three Agricultural Crops. Plant Dissease, 93: 685–690. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 530 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 418 |
||