| تعداد نشریات | 282 |
| تعداد نشریات سازمان | 80 |
| تعداد شماره‌ها | 3,262 |
| تعداد مقالات | 36,058 |
| تعداد مشاهده مقاله | 55,184,196 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 94,183,717 |
تحلیل ترانسکریپتومیک و شناسایی ژن‌های با بیان افتراقی در گاو اصیل سیستانی و آمیخته‌های سیستانی-هلشتاین با استفاده ازداده‌های RNA-Seq | ||
| علوم دامی | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 23 شهریور 1405 اصل مقاله (1.16 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/asj.2026.371355.2522 | ||
| نویسندگان | ||
| هژیر غریبی1؛ جلال رستم زاده* 2؛ نعمت‌الله اسدی3؛ محمد رزم کبیر4؛ محمدحسین بناءبازی3 | ||
| 1دانشجو دکتری | ||
| 2استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران | ||
| 3گروه علوم دامی، مؤسسه تحقیقات علوم دامی کشور، کرج، ایران | ||
| 4دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران | ||
| چکیده | ||
| مطالعات ترانسکریپتومیک ابزاری توانمند برای شناسایی مسیرهای زیستی و نشانگرهای ژنتیکی مرتبط با صفات اقتصادی و مقاومت به بیماری در دام هستند. هدف این پژوهش، شناسایی ژن‌های دارای بیان افتراقی میان گاو اصیل سیستانی و آمیخته‌های آن با هلشتاین به‌وسیله تحلیل ترانسکریپتوم خون بود. نمونه‌های خون از دو گروه (گاو خالص سیستانی و آمیخته سیستانی-هلشتاین؛ هر گروه با دو تکرار بیولوژیکی) جمع‌آوری و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. پس از کنترل کیفیت خوانش‌ها، داده‌ها با ابزارهای Cufflinks پیش‌پردازش و هم‌ترازسازی شدند. تحلیل بیان افتراقی با استفاده از نرم‌افزار Cuffdiff انجام گرفت و تفاوت بیان ژن‌ها بر اساس معیار FDR < 0.05 ارزیابی شد. برای ارزیابی غنای مسیرهای زیستی و دسته‌بندی عملکردی ژن‌ها نیز از پایگاه داده PANTHER و آزمون دقیق فیشر با تصحیح FDR استفاده گردید. تحلیل بیان افتراقی ژن‌ها نشان داد که در مجموع 194 ژن بین دو گروه تفاوت معناداری دارند. تحلیل عملکردی این ژن‌ها بیانگر نقش آن‌ها در مسیرهای مرتبط با پاسخ ایمنی، متابولیسم گونه‌های اکسیژن واکنش‌پذیر (ROS) و انتقال سیگنال‌های سلولی بود. کاهش بیان ژن‌های مرتبط با انتقال اکسیژن (HBA و HBB) و افزایش بیان ژن‌های خانواده MHC (BOLA-DQB) در آمیخته‌ها، ممکن است نشان‌دهنده‌ی سازش‌های فیزیولوژیکی ناشی از تلاقی دو نژاد باشد. همچنین، تغییرات در ژن‌های چرخه سلولی (p21) و پاسخ به استرس (DDIT4) تأثیر آمیخته‌گری بر مکانیسم‌های محافظتی سلولی را آشکار ساخت. یافته‌های حاضر بیانگر آن است که تلاقی گاو سیستانی با نژاد هلشتاین می‌تواند ضمن حفظ بخشی از مزایای مقاومت نژاد بومی، به بهبود صفات تولیدی منجر شود. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| ترانسکریپتوم؛ RNA-Seq؛ گاو سیستانی؛ آمیخته‌گری؛ بیان افتراقی ژن | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Transcriptomic Analysis and Identification of Differentially Expressed Genes in Purebred Sistani Cattle and Sistani-Holstein Crosses Using RNA-Seq Data | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Hazhir Gharibi1؛ Jalal Rostamzadeh2؛ Nematollah asadi3؛ Mohammad Razmkabir4؛ Mohammad Hossein Banabazi3 | ||
| 1ph.D student | ||
| 2Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, University of Kurdistan, Sanandaj, Iran | ||
| 3Department of Animal Science, Animal Science Research Institute of Iran, Karaj | ||
| 4Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, University of Kurdistan, Sanandaj, Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| Transcriptomic studies are powerful tools for identifying biological pathways and genetic markers associated with economically important traits and disease resistance in livestock. In this study, gene expression patterns in pure Sistani cattle and their crossbreeds with Holstein were examined using RNA-Seq technology. Blood samples from two groups (pure Sistani cattle and Sistani–Holstein crossbreeds; each group with two biological replicates) were collected and analyzed. After quality control, the data were processed using Cuffdiff, and differentially expressed genes were identified based on the criterion FDR < 0.05. Differential expression analysis revealed that a total of 194 genes showed significant differences between the two groups. Functional analysis of these genes indicated their involvement in pathways related to immune response, metabolism of reactive oxygen species (ROS), and cellular signal transduction. The reduced expression of oxygen-transport–related genes (HBA and HBB) and the increased expression of MHC family genes (BOLA-DQB) in the crossbreeds may reflect physiological adaptations resulting from crossbreeding. Additionally, alterations in cell-cycle genes (p21) and stress-response genes (DDIT4) highlighted the impact of crossbreeding on cellular protective mechanisms. Overall, the findings suggest that crossing Sistani cattle with the Holstein breed can, while retaining part of the native breed’s resistance advantages, lead to improvements in productive traits. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Transcriptome, RNA-seq, Sistani cattle, Crossbreeding, Differential gene expression | ||
| مراجع | ||
|
| ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 79 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 63 |
||