| تعداد نشریات | 282 |
| تعداد نشریات سازمان | 80 |
| تعداد شماره‌ها | 3,272 |
| تعداد مقالات | 36,149 |
| تعداد مشاهده مقاله | 55,713,427 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 94,492,227 |
Vaccinomic Design of an Epitope-Based Fusion Protein Against Leishmania infantum Through Whole-Proteome Screening | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 19 بهمن 1404 اصل مقاله (987.25 K) | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2026.371132.3911 | ||
| نویسنده | ||
| Ali Forouharmehr* | ||
| Department of animal science, Faculty of agriculture, Lorestan university, Khorramabad, Iran | ||
| چکیده | ||
| Introduction: Visceral leishmaniasis is a common disease between animals and humans which is primarily induced by Leishmania infantum. Objective: This research was conducted to engineer a recombinant vaccine against this disease. Material & methods: To achieve this, the whole proteome of Leishmania infantum was analyzed to identify the most antigenic proteins; the screened proteins were then used for predicting different type of epitopes. For the creation of a recombinant vaccine, the predicted epitopes were linked to the RpfE protein using appropriate linkers. To assess the potency of the designed vaccine, various evaluations including physicochemical parameters, various structures and refinement of three-dimensional structure were performed using reliable and trustable tools. Additionally, the protein-protein docking of our recombinant vaccine and the its receptor was investigated using HDOCK server and the docking result was evaluated by molecular dynamics. Finally, to assess expression of the recombinant vaccine in Escherichia coli BL21, its nucleotide sequence was optimized and cloned into pET21a (+). Results: Our results confirmed that the recombinant vaccine was a robust protein with molecular mass of 49.39 kDa which contain 83.51 % random coil. Furthermore, our findings confirmed that the recombinant vaccine could successfully and stably interact with the TLR4 receptor via the RpfE domain with a docking score of 308 and through five hydrogen bonds. Moreover, it was confirmed that the nucleotide sequence of the recombinant vaccine was optimized with CAI =1 and the optimized sequence with 1401 nucleotides in length was successfully cloned into cleavable site of pET21a (+) vector. Conclusion: Finally, the current study's findings confirmed that the recombinant vaccine could be a suggestable vaccine to prevent Leishmania infantum. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| Bioinformatics؛ Epitope-based vaccine؛ Leishmaniasis؛ Vaccinomic؛ Whole proteome | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| طراحی واکسنومیک یک فیوژن پروتئین مبتنی بر اپیتوپ علیه لیشمانیا اینفانتوم با استفاده از غربال‌گری کل پروتئوم | ||
| چکیده [English] | ||
| لیشمانیاز احشایی یک بیماری زئونوز است که عمدتاً توسط لیشمانیا اینفانتوم ایجاد می‌شود. مطالعه حاضر با هدف مهندسی یک واکسن مبتنی بر اپیتوپ علیه این بیماری انجام شد. برای دستیابی به این هدف، کل پروتئوم لیشمانیا اینفانتوم تحلیل گردید تا آنتی‌ژنیک‌ترین پروتئین‌ها شناسایی شوند؛ سپس پروتئین‌های غربال‌شده برای پیش‌بینی اپیتوپ‌های سلول B و سلول T مورد استفاده قرار گرفتند. برای توسعه واکسن مبتنی بر اپیتوپ، اپیتوپ‌های پیش‌بینی شده به واسطه لینکرهای مناسب به پروتئین RpfE متصل شدند. جهت ارزیابی کارایی واکسن طراحی‌شده، ارزیابی‌های مختلفی شامل پارامترهای فیزیکوشیمیایی، ساختار ثانویه، ساختار سوم و بهینه‌سازی ساختار با استفاده از ابزارهای معتبر و قابل اعتماد انجام شد. علاوه بر این، تعامل بین واکسن طراحی‌شده و گیرنده TLR4 از طریق داکینگ مولکولی و دینامیک مولکولی مورد مطالعه قرار گرفت. در نهایت، جهت ارزیابی بیان واکسن طراحی‌شده در سیستم پروکاریوتی، توالی DNA کدکننده آن بهینه‌سازی و در وکتور pET21a (+) کلون شد. نتایج ما تأیید کرد که واکسن طراحی‌شده یک پروتئین پایدار با وزن مولکولی 49.39 کیلودالتون است که 83.51 درصد مارپیچ تصادفی دارد. علاوه بر این، یافته‌های ما نشان داد که واکسن طراحی‌شده می‌تواند به صورت موفقیت‌آمیز و پایدار از طریق دامنه RpfE با گیرنده TLR4 با امتیاز داکینگ 308 و از طریق پنج پیوند هیدروژنی اتصال برقرار کند. علاوه بر این، تأیید شد که توالی کدکننده واکسن طراحی‌شده با CAI=1 بهینه‌سازی شده و توالی بهینه‌سازی شده به طول 1401 نوکلئوتید با موفقیت در وکتور pET21a (+) بین آنزیم‌های محدودکننده BamHI و XhoI کلون گردید. در نهایت، یافته‌های مطالعه حاضر تأیید نمود که واکسن طراحی‌شده می‌تواند نامزد مناسبی به عنوان واکسن نوترکیبی برای کنترل لیشمانیا اینفانتوم باشد. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| واکسنومیک, واکسن اپیتوپی, لیشمانیاز, کل پروتئوم, بیوانفورماتیک | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 132 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 122 |
||