| تعداد نشریات | 282 |
| تعداد نشریات سازمان | 80 |
| تعداد شماره‌ها | 3,272 |
| تعداد مقالات | 36,131 |
| تعداد مشاهده مقاله | 55,698,391 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 94,483,413 |
Phylogenetic Analysis of Avian Influenza Viruses in the Iran-Pakistan Region | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 12 بهمن 1404 اصل مقاله (1.01 M) | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2026.371831.4002 | ||
| نویسندگان | ||
| Amirhossein Khosrowjerdi* 1؛ alireza abtin2؛ ali naderian3؛ Mohammad yazdanmanesh4 | ||
| 1Razi Vaccine and Serum Research Institute, karaj, Iran | ||
| 2razi institute | ||
| 3Department of Poultry Diseases, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Karaj, Iran. | ||
| 4Department of Poultry Diseases, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Karaj, Iran | ||
| چکیده | ||
| Avian influenza viruses (AIVs) are a constant threat to the poultry industry and public health. The H9N2 subtype has been endemic in the Middle East since the 1990s, acting as a genetic segment donor and facilitating the emergence of new viruses through reassortment. In this study, sequences of all six internal genes (PB2, PB1, PA, NP, M, and NS) of avian-origin influenza A viruses from Iran, Pakistan, Iraq, Turkey, and Afghanistan were analyzed. The sequences were obtained from the BV-BRC public database. Phylogenetic reconstruction was performed for each gene segment using the maximum likelihood method in RAxML (version 8.2.12) with the GTR+GAMMA model; topological robustness was assessed with 1000 bootstrap replicates. Examination and analysis of phylogenetic trees revealed distinct viral dynamics. The H9N2 subtype was detected in diverse avian hosts, with sequences from domestic chickens, ducks, and pigeons forming intertwined clusters within the phylogenetic tree, confirming the virus's active circulation and adaptation across multiple avian species. Phylogenetic analysis of H9N2 primarily revealed distinct country-specific clusters for Iranian and Pakistani virus isolates, suggesting independent evolution of local viruses within the poultry populations of each country. However, some regions of the tree exhibited shared phylogenetic branches with closely related sequences from both countries, providing evidence of cross-border transmission. Evidence also suggested a possible reassortment event between a 2009 Iranian H9N2 virus and a 2004 Pakistani H7N3 virus involving the PB1 gene, indicating genetic exchange between this highly pathogenic strain and H9N2. In conclusion, this study emphasizes the need for continuous surveillance of avian influenza, driven by evidence of the independent evolution of H9N2 viruses in Iran and Pakistan, cross-border transmission, and genetic reassortment events. It also underscores the necessity of establishing a coordinated regional surveillance system based on a One Health approach. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| H9N2؛ Reassortment؛ Poultry؛ One Health؛ Iran | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| آنالیز فیلوژنتیکی ویروس‌های آنفولانزای پرندگان در منطقه ایران و پاکستان | ||
| چکیده [English] | ||
| ویروس‌های آنفولانزای پرندگان (AIVs) تهدیدی دائمی برای صنعت طیور و سلامت عمومی هستند. زیرگروه H9N2 از دهه 1990 در خاورمیانه بومی بوده و به عنوان یک دهنده قطعه ژنتیکی عمل کرده و ظهور ویروس‌های جدید را از طریق بازآرایی تسهیل می‌کند. در این مطالعه، توالی هر شش ژن داخلی PB2، PB1، PA، NP، M و NS ویروس‌های آنفولانزای A با منشأ پرندگان از ایران، پاکستان، عراق، ترکیه و افغانستان مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. توالی‌ها از پایگاه داده عمومی BV-BRC به دست آمدند. بازسازی فیلوژنتیک برای هر قطعه ژنی با استفاده از روش حداکثر احتمال در RAxML (نسخه 8.2.12) با مدل GTR GAMMA انجام شد. استحکام توپولوژیکی با 1000 تکرار بوت‌استرپ ارزیابی شد. بررسی و تجزیه و تحلیل درختان فیلوژنتیک، پویایی ویروسی متمایزی را نشان داد. زیرگروه H9N2 در میزبان‌های متنوع پرندگان شناسایی شد، به طوری که توالی‌های مربوط به مرغ‌های خانگی، اردک‌ها و کبوترها خوشه‌های درهم‌تنیده را در درخت فیلوژنتیک تشکیل می‌دادند که گردش فعال و سازگاری ویروس را در گونه‌های مختلف پرندگان تأیید می‌کرد. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک H9N2 در درجه اول خوشه‌های متمایز مختص هر کشور را برای جدایه‌های ویروس ایرانی و پاکستانی نشان داد که نشان‌دهنده تکامل مستقل ویروس‌های محلی در جمعیت‌های طیور هر کشور است. با این حال، برخی از مناطق درخت، شاخه‌های فیلوژنتیکی مشترکی را با توالی‌های نزدیک به هم از هر دو کشور نشان دادند که شواهدی از انتقال فرامرزی را ارائه می‌دهد. شواهد همچنین نشان‌دهنده یک رویداد نوترکیبی احتمالی بین یک ویروس H9N2 ایرانی در سال ۲۰۰۹ و یک ویروس H7N3 پاکستانی در سال ۲۰۰۴ شامل ژن PB1 بود که نشان‌دهنده تبادل ژنتیکی بین این سویه بسیار بیماری‌زا و H9N2 است. در نتیجه، این مطالعه بر نیاز به نظارت مداوم بر آنفولانزای پرندگان تأکید می‌کند، که ناشی از شواهدی از تکامل مستقل ویروس‌های H9N2 در ایران و پاکستان، انتقال فرامرزی و رویدادهای نوترکیبی ژنتیکی است. همچنین بر ضرورت ایجاد یک سیستم نظارت منطقه‌ای هماهنگ مبتنی بر رویکرد سلامت واحد تأکید می‌کند. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| H9N2, ؛ بازآرایی ژنتیکی؛ طیور؛ سلامت واحد؛ ایران | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 159 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 170 |
||