| تعداد نشریات | 287 |
| تعداد نشریات سازمان | 85 |
| تعداد شمارهها | 3,159 |
| تعداد مقالات | 35,108 |
| تعداد مشاهده مقاله | 50,530,234 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 90,478,788 |
Development and Optimization of a PCR–RFLP Method for Differentiation of Aspergillus flavus From Aspergillus parasiticus | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقاله 21، دوره 81، شماره 1، فروردین و اردیبهشت 2026، صفحه 183-190 اصل مقاله (938.36 K) | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.32598/ARI.81.1.3821 | ||
| نویسندگان | ||
| Nooshin Sohrabi1؛ Morteza Taghizadeh* 2 | ||
| 1Department of Biology, PayameNoor University, Tehran, Iran. | ||
| 2Department of Medical Virology Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO),Karaj, Iran. | ||
| چکیده | ||
| Introduction: Aflatoxins are highly toxic secondary metabolites produced by several Aspergillus species, pose a global threat to food and feed safety, making rapid and reliable identification of aflatoxigenic species essential for effective surveillance and risk mitigation. Here, we report the development and validation a simple polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR–RFLP) assay that discriminates between the closely related species Aspergillus flavus and Aspergillus parasiticus by targeting conserved regions of the aflatoxin biosynthetic pathway for use in feed surveillance. Materials & Methods: A total of 42 fungal isolates from feed samples were identified as Aspergillus species and genomic DNA was extracted from the cultured mycelial biomass for further molecular analyses. The conserved primer sets to amplify three genes related to aflatoxin production pathway: aflD (nor-1), aflR, and aflP (omtA). The PCR products were digested with the restriction enzymes XbaI and XhoI and resolved them using 2% agarose gel. The RFLP patterns compared with the predicted digestion patterns from reference genomes to check their agreement and ability to provide accurate diagnosis. Results: Distinct RFLP patterns were obtained for A. flavus whereby for each of the three amplicons there were two diagnostic fragments (e.g. 321/139 bp for aflD). In contrast, the PCR products for A. parasiticus did not produce the same restriction sites, and no digestion was seen in this species. The assay consistently discriminated A. flavus from A. parasiticus. Conclusion: The recommended PCR–RFLP assay can be a rapid and cost-effective technique for identifying A. flavus from A. parasiticus in feed samples. However, using only this enzyme selection does not discriminate all clinically or agriculturally pertinent genera of Aspergillus. We recommend using this assay with added and new restriction enzymes, or coupling with other molecular analysis in order to allow for complete species discrimination. Ultimately, the performance should be validated with a variety of field isolates before using it as a standard diagnostic method. | ||
| کلیدواژهها | ||
| Aspergillus flavus؛ Aspergillus parasiticus؛ Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP)؛ aflD؛ aflR؛ aflP | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| طراحی و بهینه سازی روش PCR–RFLP برای شناسایی و تمایز Aspergillus flavus و Aspergillus parasiticus | ||
| چکیده [English] | ||
| آفلاتوکسینها متابولیتهای ثانویهای با سمیت بسیار بالا هستند که توسط چندین گونه از جنس Aspergillus تولید میشوند و تهدیدی جهانی برای ایمنی مواد غذایی و خوراک دام به شمار میآیند؛ ازاینرو شناسایی سریع و قابل اعتماد گونههای آفلاتوکسینزا برای پایش مؤثر و کاهش خطر ضروری است. در این مطالعه، توسعه و اعتبارسنجی یک آزمون ساده PCR–RFLP گزارش میشود که با هدف قرار دادن نواحی محافظتشده مسیر بیوسنتز آفلاتوکسین، امکان تفکیک دو گونه نزدیک به هم Aspergillus flavus و Aspergillus parasiticus را برای کاربرد در پایش خوراک دام فراهم میکند. در مجموع، ۴۲ ایزوله قارچی از نمونههای خوراک دام بهعنوان گونههای Aspergillus شناسایی شدند و DNA ژنومی از بیومس میسلیومی کشتشده برای انجام تحلیلهای مولکولی استخراج شد. مجموعه پرایمرهای محافظتشده برای تکثیر سه ژن مرتبط با مسیر تولید آفلاتوکسین شامل aflD (nor-1)، aflR و aflP (omtA) مورد استفاده قرار گرفت. محصولات PCR با آنزیمهای محدودکننده XbaI و XhoI هضم شده و قطعات حاصل بر روی ژل آگارز ۲٪ تفکیک شدند. الگوهای RFLP بهدستآمده با الگوهای هضم پیشبینیشده از ژنومهای مرجع مقایسه شدند تا میزان تطابق و توان تشخیصی روش ارزیابی شود. الگوهای RFLP متمایزی برای A. flavus بهدست آمد، بهطوری که برای هر یک از سه آمپلیکون، دو قطعه تشخیصی مشخص مشاهده شد (برای مثال 321/139 جفتباز برای aflD). در مقابل، محصولات PCR مربوط به A. parasiticus فاقد جایگاههای برشی مشابه بودند و در این گونه هضمی مشاهده نشد. این آزمون بهطور یکنواخت توانست A. flavus را از A. parasiticus تفکیک کند. آزمون PCR–RFLP پیشنهادی میتواند بهعنوان روشی سریع و مقرونبهصرفه برای شناسایی A. flavus از A. parasiticus در نمونههای خوراک دام مورد استفاده قرار گیرد. با این حال، استفاده از این مجموعه محدود آنزیمی بهتنهایی قادر به تفکیک تمامی گونههای بالینی یا کشاورزی مهم جنس Aspergillus نیست. ازاینرو، توصیه میشود این آزمون با بهکارگیری آنزیمهای محدودکننده اضافی یا جدید و یا در ترکیب با سایر روشهای مولکولی مورد استفاده قرار گیرد تا امکان تفکیک کامل گونهها فراهم شود. در نهایت، پیش از بهکارگیری این روش بهعنوان یک آزمون تشخیصی استاندارد، لازم است عملکرد آن با مجموعه متنوعی از ایزولههای میدانی اعتبارسنجی شود. | ||
| کلیدواژهها [English] | ||
| آسپرژیلوس, PCR-RFLP, aflD, aflR, aflP | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 35 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 60 |
||