| تعداد نشریات | 282 |
| تعداد نشریات سازمان | 80 |
| تعداد شماره‌ها | 3,272 |
| تعداد مقالات | 36,149 |
| تعداد مشاهده مقاله | 55,713,311 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 94,492,185 |
Evolutionary relationships and secondary structural analysis of the human filarial parasite Onchocerca volvulus based on 28S rRNA Sequences | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 24 آذر 1404 اصل مقاله (910.31 K) | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2025.370395.3790 | ||
| نویسنده | ||
| A. Jolodar* | ||
| چکیده | ||
| Onchocerca volvulus is the causative agent of onchocerciasis (river blindness), transmitted between hosts by blackflies of the genus Simulium. This debilitating disease poses a significant public health challenge, causing both cutaneous and ocular manifestations. This study aimed to compare the partial 28S ribosomal RNA (rRNA) sequence of O. volvulus to determine its secondary structure and molecular phylogeny. Using PCR, an 861-bp genomic DNA fragment from O. volvulus, designated as Ov28SrRNA was successfully amplified and sequenced. The PCR products were fractionated on an agarose gel and subsequently sequenced; yielding a fragment of 861 bp. Taxonomic analysis identified 96 sequence matches within the superfamily Filarioidea, with 93 hits associated with the family Onchocercidae. A comparative search using the Rfam database revealed high similarity to known eukaryotic large subunit rRNA sequences (RF02543), corresponding to one hit for O. volvulus. Multiple sequence alignment of O. volvulus with 11 Onchocerca species revealed a sequence similarity range of 85.73%-92.45%. The RNAfold algorithm predicted an optimal secondary structure with a minimum free energy of -258.31 kcal/mol and an ensemble diversity of 140.91, indicating considerable structural variability. Phylogenetic analysis revealed that O. volvulus formed a sub-cluster with O. lienalis and O. ochengi and O. lupi. The lowest genetic distance (0.8%) was observed between O. volvulus and the two bovine filarial parasites O. lienalis and O. ochengi, as well as O. lupi, a parasite of carnivores. Understanding the evolutionary relationships of O. volvulus may provide valuable insights into the bovine parasite-host model, which could be utilized for screening chemical compounds with potential applications against the human parasite. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| 28S rRNA؛ filarial parasite؛ nematode؛ Onchocerca volvulus؛ secondary structure | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| روابط تکاملی و تجزیه و تحلیل ساختار ثانویه توالی 28S rRNA انگل فیلاریای انسانی Onchocerca volvulus | ||
| چکیده [English] | ||
| Onchocerca volvulus عامل بیماری آنکوسرکوز (کوری رودخانه ای) در انسان است که توسط مگس سیاه از جنس Simulium منتقل می شود. این مطالعه با هدف مقایسه بخشی از توالی RNA ریبوزومی 28S مربوط به O. volvulus برای تعیین ساختار ثانویه و بررسی های فیلوژنی مولکولی انجام شد. با استفاده از PCR، یک قطعه DNA ژنومی861 نوکلئوتیدی از O. volvulus با موفقیت افزوده سازی شد و سپس بر روی ژل آگارز بارگذاری گردید. پس از تعیین توالی این قطعه ژنی بنام Ov28SrRNA نامیده گردید. تجزیه و تحلیل تاکسونومیک قطعه افزوده سازی شده 96 توالی مشابه را در ابرخانواده Filarioidea نشان داد که از آن میان 93 توالی مربوط به خانواده Onchocercidae بودند. در جستجوی پایگاه داده های ژنی Rfam، یک توالی از O. volvulus با شباهت بالایی با توالی های rRNA زیر واحد بزرگ یوکاریوتی (RF02543) مشاهده شد. همترازی توالی های چندگانه قطعه افزوده سازی شده از O. volvulus با 11 گونه از جنس Onchocerca محدوده تشابه توالی بین 45/92-73/85% را نشان داد. با استفاده از الگوریتم RNAfold ساختار ثانویه بهینه با حداقل انرژی آزاد به مقدار 31/258- کیلوکالری به ازا مول را با شاخص تنوع 91/140 پیش بینی نمود. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک نشان داد که O. volvulus یک زیر خوشه با O. lienalis ، O. ochengi و O .lupiرا تشکیل می دهند. کمترین فاصله ژنتیکی (8./%) بین O. volvulus و دو انگل فیلاریایی گاوی O. lienalis، O. ochengi و همچنین O .lupiانگل گوشتخواران مشاهده شد. درک ویژگی ملکولی و روابط تکاملی O. volvulus می تواند بینش ارزشمندی را در مورد مدل انگل- میزبان گاوی ارائه دهد، تا بتوان از آن به عنوان یک سیستم مدل برای غربالگری ترکیبات شیمیایی با کاربردهای بالقوه در برابر انگل انسانی مورد استفاده قرار گیرد. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| 28S rRNA, انگل فیلاریایی, نماتود, Onchocerca volvulus, ساختار ثانویه | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 136 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 180 |
||