| تعداد نشریات | 282 |
| تعداد نشریات سازمان | 80 |
| تعداد شماره‌ها | 3,251 |
| تعداد مقالات | 35,918 |
| تعداد مشاهده مقاله | 54,592,290 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 93,702,772 |
Phylogenetic study of Adonis in Iran using nuclear and plastid DNA data | ||
| Rostaniha | ||
| دوره 26، شماره 1 - شماره پیاپی 72، دی 2025، صفحه 49-59 اصل مقاله (805.06 K) | ||
| نوع مقاله: Research Paper | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/bot.j.iran.2025.370440.1432 | ||
| نویسندگان | ||
| Maneezheh Pakravan* 1؛ Ali Sonboli2؛ Elham Shojaeinia3 | ||
| 1Associate Prof., Department of Plant Sciences, Faculty of Biological Science, Alzahra University, Tehran, Iran | ||
| 2Prof., Department of Biology Medicinal Plants & Drugs Research Institute, Shahid Beheshti University, Tehran, Iran | ||
| 3PhD Student of Pharmacology, Department of Pharmacy, University of Oslo, Norway | ||
| چکیده | ||
| The genus Adonis is predominantly distributed in the temperate regions of the Northern Hemisphere. The present study is aimed to elucidate the phylogenetic relationship within the Iranian species of the genus Adonis. A molecular phylogenetic approach, based on nrDNA ITS and cpDNA trnL-F sequences, was applied to six species, one subspecies, and three varieties. Phylogenetic analyses were conducted using parsimony and Bayesian inference methods implemented in MEGA and PAUP softwares. The results confirmed the monophyly of Adonis sect. Adonis, consistent with previous studies. In the phylogenetic tree inferred from nrDNA ITS data, species of Trollius clustered together with the perennial species of Adonis (sect. Consiligo) in a single clade, whereas seven taxa of Adonis (sect. Adonis) formed a separate clade. In contrast, the cpDNA trnL-F data revealed that, all the species of Adonis (sect. Adonis and sect. Consiligo) grouped together in a single clade, while the perennial species of Trollius formed a distinct clade. In this analysis, the two clades were separated with 97% bootstrap support. Furthermore, the taxonomic position of A. globosa as a subspecies of A. microcarpa and A. microcarpa as a distinct species was confirmed. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| Bayesian inference؛ molecular systematics؛ nuclear ribosomal DNA؛ parsimony analysis؛ Ranunculaceae؛ sequence variation | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| مطالعه تبارزایی جنس Adonis در ایران با بهره‌گیری از داده‌های DNA هسته‌ای و پلاستیدی | ||
| نویسندگان [English] | ||
| منیژه پاکروان1؛ علی سنبلی2؛ الهام شجاعی‌نیا3 | ||
| 1دانشیار گروه علوم گیاهی، دانشکده علوم‌زیستی دانشگاه الزهراء، تهران، ایران | ||
| 2استاد گروه بیولوژی، پژوهشکده گیاهان و مواد اولیه دارویی، دانشگاه شهید بهشتی، تهران، ایران | ||
| 3دانشجوی دکترای داروسازی، گروه داروسازی، دانشگاه اسلو، نروژ | ||
| چکیده [English] | ||
| جنس چشم‌خروس (.Adonis L) از آلاله‌ئیان عمدتا در نواحی معتدل نیمکره‌شمالی پراکنش دارد. هدف از پژوهش حاضر روشن‌سازی روابط تبارزایی درون‌جنس Adonis در ایران بود. به این منظور، از رویکرد تبارزایی مولکولی بر پایه توالی‌های nrDNA ITS و cpDNA trnL-F در شش گونه، یک زیرگونه و سه واریته استفاده شد. تحلیل‌های تبارزایی با بهره‌گیری از روش‌های پارسیمونی و آنالیز بیزین در نرم‌افزارهای MEGA و PAUP انجام گرفت. نتایج تک‌تبار بودن بخش Adonis تأیید کرد که با مطالعات پیشین نیز هم‌خوانی دارد. در درخت تبارزایی حاصل از داده‌های nrDNA ITS، گونه‌های Trollius به همراه گونه‌های چندساله Adonis (بخش .Consiligo DC) در یک کلاد قرار گرفتند، درحالی‌که هفت آرایه از Adonis (بخش Adonis) کلاد مجزایی را تشکیل دادند. در مقابل، داده‌هایcpDNA trnL-F نشان داد که همه گونه‌های Adonis (هر دو بخش Adonis و Consiligo) در یک کلاد جای گرفتند، درحالی‌که گونه‌های چندساله Trollius کلاد مستقل و متمایزی را تشکیل دادند. در این تحلیل، جدایی دو کلاد با بوت‌استرپ 97 درصد پشتیبانی شد. افزون بر این، جایگاه رده‌بندی A. globosa C. Steinb. ex Rech. f. به عنوان یک زیرگونه و .A. microcarpa DC به عنوان یک گونه مستقل مورد تأیید قرار گرفت. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| تحلیل بیزین, تحلیل پارسیمونی, تنوع توالی, دی.ان.آ. ریبوروم هسته‌ای, سیستماتیک مولکولی, Ranunculaceae | ||
| مراجع | ||
|
Davis, P.H. 1965. Flora of Turkey and the East Ageon Islands. Vol. I, pp. 140–146. De Candolle, A.P. (ed.). 1818. Adonis. Pp. 220–226. In: Regni Vegetabilis Systema Natural. Vol. 1. Sumptibus Sociorum Treuttel et Würtz. Paris. DOI: 10.5962/bhl.title.59874. Felsenstein J. 1985. Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap. Evolution 39: 783–791. DOI: 10.1111/j.1558-5646.1985.tb00420.x. Escobar Garcia, P., Pakravan, M., Schönswetter, P., Fuertes Aguilar, J. & Schneeweiss, G.M. 2012. Phylogenetic relationships in the species-rich Irano-Turanian genus Alcea (Malvaceae). Taxon 61(2): 324–332. DOI: 10.1002/tax.612004. Fereidounfar, S., Ghahremaninejad, F. & Khajehpiri, M. 2016. Phylogeny of the Southwest Asian Pimpinella and related genera based on nuclear and plastid sequences. Genetics and Molecular Research 15(4): 1–17. Ghafari, S.M. 1987. Chromosome counts of some angiosperms from Iran II. Iranian Journal of Botany 3: 183–188. Ghorbani-Nohooji, M., Azizian, D., Sheidai, M. & Khatamsaz, M. 2008. Pollen morphology of some Adonis L. (Ranunculaceae) from Iran. Iranian Journal of Botany 14(2): 165–170. Ghorbani-Nohooji, M., Azizian, D., Sheidai, M. & Khatamsaz, M. 2012. Taxonomic value of stem anatomical characters in classification of some Adonis (Ranunculaceae) species in Iran. Taxonomy and Biosystematic 6: 69–78. Gostin, I.N. 2009. Scanning electron microscopy investigation regarding Adonis vernalis L. flower morphology. Tom. XVI/2. Pp. 80–84. Hall, T.A. 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic Acids Symposium Series 41: 95–98. Heywood, V.H., Brummitt, R.K., Culham, A. & Seberg, O. 2007. Plant Families of the World. Richmond Hill. Ontario: Firely Books. DOI: 10.1111/j.1467-8748.2007. Hoot, S.B. 1995. Phylogeny of Ranunculaceae, based on preliminary atpB, rbcL and 18s nuclear ribosomal DNA sequence data, Plant Systematic Evolution [Supp1.] 9: 241–251. DOI: 10.1007/978-3-7091-6612-3_24. Huelsenbeck, J.P. & Ronquist, F. 2001. MrBayes: Bayesian inference of phylogenetic trees. Bioinformatics 17: 754–755. DOI: 10.1093/bioinformatics/17.8.754. Hutchinson, J. 1923. Contribution towards a phylogenetic classification of flowering plants I. Kew Bulletin 2: 65–89. Imam, M., Chrtek, J. & Slavikova, Z. 1977. Die Gattung Adonis L. in Ägypten. Public. Carlo University Herbarium 7/8: 261–271. Iranshahr, M., Rechinger, K.H. & Riedle, H. 1992. Ranunculaceae. Pp. 1–249. In: Rechinger, K.H. (ed.), Flora Iranica Vol. 171. Akad. Druck- u. Verlagsanstalt, Graz. Janchen, E. 1949. Die systematische Gliederung der Ranunculaceae und Berberidaceae. Denkschriften of the Österreichische Akademie der Wissenschaften, Mathematisch-Natur-wissenschaftliche Klasse 108: 1–82. Jensen, U., Hoot, S.B., Johansson, J.T. & Kosuge, K. 1995. Systematics and phylogeny of the Ranunculaceae- a revised family concept on the basis of molecular data. Plant Systematic Evolution Supplement 9: 273–280. DOI: 10.1007/978-3-7091-6612-3_27. Najariyan, F., Sheidai, M., Koohdar, F. & Talebi, S.M. 2020. Molecular phylogeny of the sect. Adonis (genus Adonis L., Ranunculaceae). Genetika 52(3): 1075–1086. DOI: 10.2298/GENSR2003075N. Pakravan, M. & Sharifnia, F. 2023. Ranunculaceae. Pp. 134–147. In: Assadi, M. (ed.), Flora of Iran. No. 153. Research Institute of Forests and Rangelands, Tehran. Nei, M. & Kumar, S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press, New York. DOI: 10.1046/j.1365-2540.2001.0923a.x. Pushkurlat, A.P. 2000. The genus Adonis L. - Pheasant's eye. Systematic, Distribution and Biology. Russian Academy of Sciences, Institute of Environment and Development (In Russian). Reynaud, C., Verlaque, R. & Filosa, D. 1993. Mediterranean chromosome number report 3: 234–239. https://herbmedit.org/papers/fa31015a-7cec-4b14-b1a0-3cdb49274102. Riedle, V.H. 1963. Revisione der einjahrigen Arten von Adonis L. Annals of Natur-historical Museum of Wien 66: 51–90. https://www.zobodat.at/pdf/ANNA_66_0051-0090.pdf. Ro, L., Keener, C.S. & Mc Pheron, B.A. 1997. Molecular phylogenetic studies of the Ranunculaceae: Utility of the nuclear26S ribosomal DNA in inferring intra familiar relationships. Molecular Phylogeny and Evolution 8: 117–127. DOI: 10.1006/mpev.1997.0413. Ronquist, F. & Huelsenbeck, J.P. 2003. MrBayes 3: Bayesian phylogenetic inference under mixed models. Bioinformatics 19: 1572–1574. Santisuk, T. 1979. A palynological study of the tribe Ranunculeae. Opera Botanica 48: 74 pp. Simpson, M.G. 2006. Plant Systematics. Amsterdam: Elsevier. Swofford, D.L. 2001. PAUP. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and Other Methods). Version 4 (Computer Program). Sinauer, Sunderland, Mass. DOI: 10.1111/j.0014-3820.2002.tb00191.x. Soltis, D.E., Soltis, P.S., Endress, P.K. & Chase, M.W. 2005. Phylogeny and Evolution of Angiosperms. Sunderland, Massachusetts: Sinauer. DOI: 10.2980/1195-6860(2006)13[566:PAEOA]2.0.CO;2. Son, D.C., Park, B.K. & Ko, S.C. 2016. Phylogenetic study of the sect. Adonanthe of genus Adonis L. (Ranunculaceae) based on ITS sequences. Korean Journal of Plant Taxonomy 46: 1–12. DOI: 10.11110/kjpt.2016.46.1.1. Steinberg, 1971. Revisione sistematica a distributiva delle Adonis annuli in Italia. Webbia 25: 99–351. DOI: 10.1080/00837792.1971.10669936. Taberlet, P., Gielly, L., Pautou, G. & Bouvet, J. 1991. Universal primers for amplification of three non-coding regions of chloroplast DNA. Plant Molecular Biology 177: 1105–1109. DOI: 10.1007/BF00037152. Tamura, M. 1993. Ranunculaceae. Pp. 563–583. In: Kubitzki, K., Rohwer, J.G. & Bittrich, V. (eds), Flowering Plants. Dicotyledons. The Families and Genera of Vascular Plants, Vol. 2. Springer, Berlin, Heidelberg. DOI: 10.1007/978-3-662-02899-5_67. Tamura, M. 1995. Angiospermae. Ordnung Ranunculales. Fam. Ranunculaceae. II. Systematic Part. Pp. 223–519. In: Hiepko, P. (ed.), Naturliche Pflanzen familien, 2nd. Edition, 17a IV. Duncker & Humblot, Berlin. Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M. & Kumar, S. 2011. MEGA5: Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Molecular Biology and Evolution 28(10): 2731–2739. DOI: 10.1093/molbev/msr121. Wu, Z.Y., Lu, A.M. & Tang, Y.C. 2003. The Families and Genera of Angiosperms in China, A Comprehensive Analysis. Science Press, Beijing, 378 pp. Wang, W., Lu, A.M., Ren, Y., Endress, M.E. & Chen, Z.D. 2009. Phylogeny and classification of Ranunculales: Evidence from four molecular and loci and morphological data. Perspectives in Plant Ecology, Evolution and Systematics 11: 81–110. DOI: 10.1016/j.ppees.2009.01.001. White, T.J., Bruns, T., Lee, S. & Taylor, J. 1990. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. Pp. 315–322. In: Innis, M.A., Gelfand, D.H., Sninsky, J.J. & White, T.J. (eds), PCR Protocols: a guide to methods and applications. Academic Press, San Diego. DOI: 10.1016/B978-0-12-372180-8.50042-1. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 346 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 424 |
||