| تعداد نشریات | 282 |
| تعداد نشریات سازمان | 80 |
| تعداد شماره‌ها | 3,272 |
| تعداد مقالات | 36,132 |
| تعداد مشاهده مقاله | 55,702,326 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 94,486,073 |
Comparison of the Genotypes of the West Nile Virus Identified in Iran and Neighboring Countries | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقاله 3، دوره 81، شماره 1، فروردین و اردیبهشت 2026، صفحه 9-20 اصل مقاله (1010.41 K) | ||
| نوع مقاله: Review Article | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.66224/ARI.81.1.3624 | ||
| نویسندگان | ||
| Hamid Staji1؛ Seyedeh Fatemeh Angoshtan* 2 | ||
| 1Department of Pathobiology, Faculty of Veterinary Medicine, Semnan University, Semnan, Iran | ||
| 2Department of Basic Sciences, Faculty of Veterinary Medicine, Semnan University, Semnan, Iran | ||
| چکیده | ||
| West Nile virus (WNV) is a Flavivirus transmitted by arthropods, and it is a public health concern globally. WNV was originally isolated in Uganda, and within a short period, it spread widely and caused outbreaks worldwide. We conducted this study to analyze strains from Iran, Azerbaijan, the United Arab Emirates, Pakistan, Iraq, and Turkey to understand WNV spread, genetic diversity, and evolution, and to improve monitoring and control programs by evaluating the sources of introduction and modes of transmission. A total of 93 gene sequences from Iran and neighboring countries were downloaded from the NCBI Virus database. After filtering, 89 sequences were used for analysis and the construction of phylogenetic trees for several genes, alongside the genome sequences of reference lineages 1 and 2 for comparison. Sequence alignment was performed in MEGA version 10 via ClustalW. Phylogenetic trees were constructed using the neighbor-joining (NJ) method. Phylogenetic grouping stability was determined via bootstrap analysis (1,000 replications). Our analyses of the capsid, envelope protein, and NS5 genes demonstrated the importance of Iran in the circulation of WNV in the region. Although some sequences from Iran cluster with Turkish sequences, others show evidence of independent evolution. The clustering of Azerbaijani sequences with Turkish sequences and the divergence of Iraqi and Pakistani strains revealed varying degrees of connectivity and isolation. Furthermore, the hosts identified in the region include different species of mosquitoes, birds, and mammals, which are described in detail. Our phylogenetic analysis revealed the geographical distribution of WNV transmission. The genetic diversity and connectivity of the strains provide crucial information for epidemic prediction, viral transmission, and areas that require enhanced surveillance. In the future, these evolutionary patterns will also assist in monitoring WNV transmission in Iran and its neighboring countries. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| Arboviruses؛ Phylogenetic analysis؛ Phylogeny؛ Viruses؛ West Nile virus (WNV)؛ Whole-genome sequencing؛ Zoonose | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| مقایسه ژنوتایپی سویه های ویروس تب نیل غربی شناسایی شده در ایران و کشورهای هم جوار | ||
| چکیده [English] | ||
| ویروس نیل غربی، یک فلاوی‌ویروس منتقله توسط بندپایان است که به‌عنوان یک نگرانی مهم بهداشتی در سراسر جهان شناخته می‌شود. این ویروس نخستین بار در اوگاندا جداسازی شد و در مدت زمان کوتاهی به‌طور گسترده‌ای انتشار یافت و موجب بروز همه‌گیری‌های جهانی شد. ما این مطالعه را با هدف بررسی سویه‌های این ویروس در ایران، آذربایجان، امارات متحده عربی، پاکستان، عراق و ترکیه انجام دادیم تا نحوه انتشار، تنوع ژنتیکی و تکامل این ویروس را بهتر درک کنیم و از طریق ارزیابی منابع ورود و مسیرهای انتقال، برنامه‌های پایش و کنترل را بهبود بخشیم. در مجموع ۹۳ توالی ژنی از ایران و کشورهای همسایه از پایگاه داده NCBI virus دریافت شد. پس از فیلترکردن سکانس ها، ۸۹ توالی برای تحلیل و ساخت درخت‌های فیلوژنتیک مربوط به چندین ژن مورد استفاده قرار گرفتند. همچنین برای مقایسه، توالی‌های ژنی رفرنس از لینیج‌های ۱ و ۲ به این مجموعه اضافه شد. تنظیم توالی‌ها در نرم‌افزار MEGA 10 با استفاده ازClustalW انجام شد. درخت های فیلوژنتیک با استفاده از روش neighbor-joining رسم شدند و آزمون بوت‌استرپ با ۱۰۰۰ تکرار جهت ارزیابی پایداری گروه‌بندی‌های فیلوژنتیکی به کار رفت. تحلیل‌های ما روی ژن‌های کپسید، پروتئین غشایی (E) و NS5 نشان داد که ایران نقش کلیدی در گردش ویروس نیل غربی در منطقه دارد. برخی توالی‌های ایرانی با توالی‌های ترکیه‌ای در یک خوشه قرار گرفتند، درحالی‌که برخی دیگر مسیرهای تکاملی مستقل را نشان می‌دادند. همچنین، خوشه‌بندی توالی‌های آذربایجان با ترکیه و تفاوت‌های ژنتیکی میان سویه‌های عراق و پاکستان، درجات متفاوتی از ارتباطات و جدایی بین توالی ها را در این کشورها به نمایش می‌گذارد. علاوه بر این، میزبان‌های شناسایی‌شده در این منطقه جغرافیایی شامل گونه‌های مختلفی از پشه‌ها، پرندگان و پستانداران هستند که به تفکیک تحلیل شدند. تحلیل فیلوژنتیکی ما توزیع جغرافیایی انتقال ویروس نیل غربی را آشکار کرد. تنوع ژنتیکی و میزان ارتباط بین سویه‌های منطقه اطلاعات مهمی را برای پیش‌بینی همه‌گیری‌ها، بررسی مسیرهای انتقال ویروس و شناسایی مناطق نیازمند پایش بیشتر ارائه می‌دهد. در آینده، این الگوهای تکاملی می‌توانند به پایش دقیق‌تر انتقال این ویروس در ایران و کشورهای همسایه کمک کنند. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| فیلوژنی, توالی ژنی کامل, ویروس ها, انالیز فیلوژنتیکی, آربوویروس | ||
|
سایر فایل های مرتبط با مقاله
|
||
| مراجع | ||
|
Calisher CH, Karabatsos N, Dalrymple JM, Shope RE, Porterfield JS, Westaway EG, et al. Antigenic relationships between flaviviruses as determined by cross-neutralization tests with polyclonal antisera. J Gen Virol. 1989; 70 (Pt 1):37-43. [DOI:10.1099/0022-1317-70-1-37] [PMID]
Shomaker TS, Green EM, Yandow SM. Perspective: One health: A compelling convergence. Acad Med. 2013; 88(1):49-55. [DOI:10.1097/ACM.0b013e31827651b1] [PMID]
Suthar MS, Diamond MS, Gale M Jr. West Nile virus infection and immunity. Nat Rev Microbiol. 2013; 11(2):115-28. [DOI:10.1038/nrmicro2950] [PMID]
Sayed-Ahmed M. Incidence history of West Nile Virus in Africa and Middle East, with an emphasis on Egypt: A review. J Dairy Vet Anim Res. 2016; 3(3):101-4. [DOI:10.15406/jdvar.2016.03.00080]
Fiacre L, Pagès N, Albina E, Richardson J, Lecollinet S, Gonzalez G. Molecular determinants of West Nile virus virulence and pathogenesis in vertebrate and invertebrate hosts. Int J Mol Sci. 2020; 21(23):9117. [DOI:10.3390/ijms21239117][PMID]
Shahhosseini N, Moosa-Kazemi SH, Sedaghat MM, Wong G, Chinikar S, Hajivand Z, et al. Autochthonous transmission of West Nile Virus by a new vector in Iran, vector-host interaction modeling and virulence gene determinants. Viruses. 2020; 12(12):1449. [DOI:10.3390/v12121449][PMID]
Riccetti N, Fasano A, Ferraccioli F, Gomez-Ramirez J, Stilianakis NI. Host selection and forage ratio in West Nile virus-transmitting Culex mosquitoes: Challenges and knowledge gaps. PLoS Negl Trop Dis. 2022; 16(10):e0010819. [DOI:10.1371/journal.pntd.0010819][PMID]
Simonin Y. Circulation of West Nile Virus and Usutu virus in Europe: Overview and challenges. Viruses. 2024; 16(4):599. [DOI:10.3390/v16040599][PMID]
Ronca SE, Ruff JC, Murray KO. A 20-year historical review of West Nile virus since its initial emergence in North America: Has West Nile virus become a neglected tropical disease? PLoS Negl Trop Dis. 2021; 15(5):e0009190. [DOI:10.1371/journal.pntd.0009190][PMID]
Koch RT, Erazo D, Folly AJ, Johnson N, Dellicour S, Grubaugh ND, et al. Genomic epidemiology of West Nile virus in Europe. One Health. 2023; 18:100664. [DOI:10.1016/j.onehlt.2023.100664][PMID]
Bondre VP, Jadi RS, Mishra AC, Yergolkar PN, Arankalle VA. West Nile virus isolates from India: Evidence for a distinct genetic lineage. J Gen Virol. 2007; 88(Pt 3):875-84. [DOI:10.1099/vir.0.82403-0] [PMID]
Rizzoli A, Jimenez-Clavero MA, Barzon L, Cordioli P, Figuerola J, Koraka P, et al. The challenge of West Nile virus in Europe: Knowledge gaps and research priorities. Euro Surveill. 2015; 20(20):21135. [DOI:10.2807/1560-7917.ES2015.20.20.21135] [PMID]
Eisen JA. Phylogenomics: Improving functional predictions for uncharacterized genes by evolutionary analysis. Genome Res. 1998; 8(3):163-7. [DOI:10.1101/gr.8.3.163] [PMID]
Staji H, Badagliacca P, Salehi TZ, Lopes F, Iorio M, Tonelli A, et al. Pathotyping of diarrhoeagenic cattle Escherichia coli strains isolated in the Province of Tehran, Iran. Vet Ital. 2017; 53(4):345-56. [DOI:10.12834/VetIt.728.3521.1]
Mehrabifar N, Staji H, Keywanlou M, Salimi Bejestani M, Gallehdar Kakhki E. Identification and genotyping of Anaplasma phagocytophylum strains with zoonotic potential in dogs from Mashhad shelters, Khorasan-Razavi Province, Iran. Iran J Med Microbiol. 2022; 16(3):244-50. [DOI:10.30699/ijmm.16.3.244]
Staji H, Yousefi M, Hamedani MA, Tamai IA, Khaligh SG. Genetic characterization and phylogenetic of Anaplasma capra in Persian onagers (Equus hemionus onager).Vet Microbiol. 2021; 261:109199. [DOI:10.1016/j.vetmic.2021.109199] [PMID]
Saffar Benis O, Salimi Bejestani M, Staji H, Rassouli M. [Molecular detection of the species Ehrlichia ewingii among dogs referred to veterinary clinics in Semnan, Iran (Persian)]. J Vet Lab Res. 2021; 12(2):157-64. [DOI:10.22075/jvlr.2021.23291.1033]
Mohajer F, Sheikh Y, Staji H, Keyvanlou M, Hashemzadeh H. [Evaluation of the Seroprevalence of AKABANE and bluetongue viruses using competitive-ELISA in dairy cattle from industrial herds, Semnan suburb, Iran (Persian)]. Iran Vet J. 2019; 15(3):78-84. [DOI:10.22055/ivj.2018.101312.1971]
Erazo D, Grant L, Ghisbain G, Marini G, Colón-González FJ, Wint W, et al. Contribution of climate change to the spatial expansion of West Nile virus in Europe. Nat Commun. 2024; 15(1):1196. [DOI:10.1038/s41467-024-45290-3][PMID]
Centrone F, Procacci R, Melilli R, Orlando VA, Colella V, Loconsole D, et al. First seroprevalence study of West Nile Virus (WNV) infection in blood donors after the upsurge of West Nile neuroinvasive disease (WNND) cases in southern Italy in 2023. BMC Infect Dis. 2025; 25(1):200. [DOI:10.1186/s12879-025-10603-4][PMID]
Lu L, Zhang F, Oude Munnink BB, Munger E, Sikkema RS, Pappa S, et al. West Nile virus spread in Europe: Phylogeographic pattern analysis and key drivers. PLoS Pathog. 2024; 20(1):e1011880. [DOI:10.1371/journal.ppat.1011880][PMID]
Ergunay K, Gunay F, Erisoz Kasap O, Oter K, Gargari S, Karaoglu T, et al. Serological, molecular and entomological surveillance demonstrates widespread circulation of West Nile virus in Turkey. PLoS Negl Trop Dis. 2014; 8(7):e3028. [DOI:10.1371/journal.pntd.0003028][PMID]
Joseph S, Wernery U, Teng JL, Wernery R, Huang Y, Patteril NA, et al. First isolation of West Nile virus from a dromedary camel. Emerg Microbes Infect. 2016; 5(6):e53. [DOI:10.1038/emi.2016.53][PMID]
Zohaib A, Niazi SK, Saqib M, Sajid MS, Khan I, Sial A-u-R, et al. Detection of West Nile virus lineage 1 sequences in blood donors, Punjab Province, Pakistan. Int J Infect Dis. 2019; 81:137-9. [DOI:10.1016/j.ijid.2019.01.020] [PMID]
Sharti M, Amouakbari MJ, Pourjabari K, Hashemzadeh MS, Tat M, Omidifar A, et al. Detection of West Nile virus by real-time PCR in crows in northern provinces of Iran. J Vector Borne Dis. 2020; 57(1):37-9. [DOI:10.4103/0972-9062.308797] [PMID]
Shah-Hosseini N, Chinikar S, Ataei B, Fooks AR, Groschup MH. Phylogenetic analysis of West Nile virus genome, Iran. Emerg Infect Dis. 2014; 20(8):1419-21. [DOI:10.3201/eid2008.131321][PMID]
Carrasco L, Utrilla MJ, Fuentes-Romero B, Fernandez-Novo A, Martin-Maldonado B. West Nile Virus: An update focusing on southern Europe. Microorganisms. 2024; 12(12):2623. [DOI:10.3390/microorganisms12122623][PMID]
Meço O. [West Nile arbovirus antibodies with hemagglutination inhibition (HI) in residents of Southeast Anatolia]. Mikrobiyol Bul. 1977; 11(1):3-17. [PMID]
Naficy K, Saidi S. Serological survey on viral antibodies in Iran. Trop Geogr Med. 1970; 22(2):183-8. [PMID]
Barakat AM, Smura T, Kuivanen S, Huhtamo E, Kurkela S, Putkuri N, et al. The Presence and Seroprevalence of Arthropod-Borne Viruses in Nasiriyah Governorate, Southern Iraq: A Cross-Sectional Study. Am J Trop Med Hyg. 2016; 94(4):794-9. [DOI:10.4269/ajtmh.15-0622][PMID]
Nikolay B. A review of West Nile and Usutu virus co-circulation in Europe: how much do transmission cycles overlap? Trans R Soc Trop Med Hyg. 2015; 109(10):609-18. [DOI:10.1093/trstmh/trv066] [PMID]
Staji H, Keyvanlou M, Geraili Z, Shahsavari H, Jafari E. The first study of West Nile virus in feral pigeons (Columba livia domestica) using conventional reverse transcriptase PCR in Semnan and Khorasane-Razavi provinces, Northeast of Iran. J Arthropod Borne Dis. 2021; 15(1):136-42. [DOI:10.18502/jad.v15i1.6492][PMID]
Bakhshi H, Beck C, Lecollinet S, Monier M, Mousson L, Zakeri S, et al. Serological evidence of West Nile virus infection among birds and horses in some geographical locations of Iran. Vet Med Sci. 2021; 7(1):204-9. [DOI:10.1002/vms3.342][PMID]
Camp JV, Karuvantevida N, Chouhna H, Safi E, Shah JN, Nowotny N. Mosquito biodiversity and mosquito-borne viruses in the United Arab Emirates. Parasit Vectors. 2019; 12(1):153. [DOI:10.1186/s13071-019-3417-8][PMID]
Yıldırım Y, Yılmaz V, Yazıcı K, Öziç C, Ozkul A, Çağırgan AA. Phylogenetic analysis of West Nile virus: first report of lineage 1 in donkey in Turkey. Trop Anim Health Prod. 2021; 53(5):453. [DOI:10.1007/s11250-021-02892-z] [PMID]
Erdogan Bamac O, Cizmecigil UY, Mete A, Yilmaz A, Aydin O, Tali HE, et al. Emergence of West Nile Virus Lineage-2 in Resident Corvids in Istanbul, Turkey. Vector Borne Zoonotic Dis. 2021; 21(11):892-9. [DOI:10.1089/vbz.2021.0010] [PMID]
Moir M, Sitharam N, Hofstra M, Dor G, Mwanyika G, Ramphal Y, et al. Identifying genomic surveillance gaps in Africa for the global public health response to West Nile Virus. bioRxiv. 2025:2024.12. 18.629123. [DOI:10.1101/2024.12.18.629123]
Serres K, Erazo D, Despréaux G, Vincenti-González MF, Van Bortel W, Arsevska E, et al. Integrating indicator-based and event-based surveillance data for risk mapping of West Nile virus, Europe, 2006 to 2021. Euro Surveill. 2024; 29(44):2400084. [DOI:10.2807/1560-7917.ES.2024.29.44.2400084][PMID]
Cendejas PM, Goodman AG. Vaccination and control methods of West Nile virus infection in equids and humans. Vaccines. 2024; 12(5):485. [DOI:10.3390/vaccines12050485] [PMID] | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 864 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 657 |
||
