| تعداد نشریات | 284 |
| تعداد نشریات سازمان | 82 |
| تعداد شماره‌ها | 3,081 |
| تعداد مقالات | 34,377 |
| تعداد مشاهده مقاله | 48,015,606 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 78,925,884 |
Enhanced Vaccine Design Strategies for Toxoplasmosis: A Computational Analysis of Toxoplasma gondii Rhoptry Protein 13 (ROP13) | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقالات آماده انتشار، پذیرفته شده، انتشار آنلاین از تاریخ 25 فروردین 1404 اصل مقاله (959.02 K) | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2024.366880.3301 | ||
| نویسندگان | ||
| Milad Badri* 1؛ Leila Zaki2؛ Aida Vafae Eslahi2؛ Masoud Foroutan3؛ Majid Pirestani4؛ Kareem Hatam-Nahavandi5؛ Amir Karimipour-saryazdi Karimipour-saryazdi4؛ Mohammad Ghaffari Cherati2؛ Daniel Diaz6 | ||
| 1Medical Microbiology Research Center, Qazvin University of Medical Sciences, Qazvin. Iran. | ||
| 2Medical Microbiology Research Center, Qazvin University of Medical Sciences, Qazvin, Iran | ||
| 3Department of Basic Medical Sciences, Faculty of Medicine, Abadan University of Medical Sciences, Abadan, Iran | ||
| 4Department of Parasitology and Entomology, Faculty of Medical Sciences, Tarbiat Modares University, Tehran, Iran | ||
| 5Department of Parasitology and Mycology, School of Medicine, Iranshahr University of Medical Sciences, Iranshahr, Iran | ||
| 6Facultad de Ciencias, Universidad Nacional Autónoma de México, Av. Universidad 3000, Copilco, Coyoacán 04510, Ciudad de México, México | ||
| چکیده | ||
| Toxoplasma gondii (T. gondii), an intracellular parasite, utilizes a variety of rhoptry proteins (ROPs) to facilitate invasion and interactions with host cells. Among these ROPs, Rhoptry Protein 13 (ROP13) stands out for its expression in both bradyzoite and tachyzoite forms of T. gondii and its ability to engage with various host cytoplasmic compartments. In this bioinformatics study, we employed a range of tools to predict the fundamental characteristics of the ROP13 protein.Our analysis revealed that the ROP13 protein consists of 400 amino acid residues with an average molecular weight (MW) of 44,714.15 Daltons. The grand average of hydropathicity (GRAVY) was determined to be -0.311, indicating the protein's hydrophilic nature, while the aliphatic index scored 84.40, highlighting its hydrophobic properties. Furthermore, we identified 43 post-translationally modified sites within the ROP13 sequence.When examining the secondary structure, the ROP13 protein was predicted to have a composition of 40% alpha-helix, 9.25% extended strand, and 50.75% random coil using the GOR4 method, suggesting a diverse structural organization that may contribute to its functional versatility. Additionally, our analysis identified several potential B- and T-cell epitopes within the ROP13 sequence, indicating regions that could be targeted for immune responses. Overall, the bioinformatics analysis of ROP13 provides valuable insights into its structural, immunogenic, and antigenic properties, highlighting its potential as a target for vaccine development against toxoplasmosis. By leveraging the predicted characteristics of ROP13, researchers can explore various vaccine strategies to enhance host immunity and combat T. gondii infection effectively. Continued investigation into the molecular mechanisms underlying ROP13's interactions with host cells will further elucidate its role in toxoplasmosis pathogenesis and guide the development of innovative approaches to mitigate this prevalent parasitic disease. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| Toxoplasma gondii؛ Rhoptry protein 13؛ In silico | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| استراتژی‌های طراحی واکسن پیشرفته برای توکسوپلاسموزیس: تجزیه و تحلیل محاسباتی پروتئین روپتری 13(ROP13) توکسوپلاسما گوندی | ||
| چکیده [English] | ||
| توکسوپلاسما گوندی (T. gondii) ، یک انگل درون سلولی میباشد که از انواع پروتئین های راوپتری (ROPs) برای تسهیل تهاجم و تعامل با سلول های میزبان استفاده می کند. در میان این ROPها، Rhoptry Protein 13 (ROP13) به دلیل بیان آن در هر دو شکل برادی زوئیت و تاکی زوئیت T. gondii و توانایی آن در درگیر شدن با محفظه های سیتوپلاسمی میزبان متفاوت است. در این مطالعه بیوانفورماتیک، ما از طیف وسیعی از ابزارها برای پیش‌بینی ویژگی‌های اساسی پروتئین ROP13 استفاده کردیم. تجزیه و تحلیل ما نشان داد که پروتئین ROP13 از 400 باقیمانده اسید آمینه با میانگین وزن مولکولی (MW) 44714.15 دالتون تشکیل شده است. میانگین کل هیدروپاتیک (GRAVY) 0.311- تعیین شد که نشان‌دهنده ماهیت آبدوست پروتئین است، در حالی که شاخص آلیفاتیک امتیاز 84.40 را به‌دست آورد که ویژگی‌های آبگریز آن را برجسته می‌کند. علاوه بر این، ما 43 سایت تغییر یافته پس از ترجمه را در توالی ROP13 شناسایی کردیم. هنگام بررسی ساختار ثانویه، پروتئین ROP13 دارای ترکیبی از 40٪ آلفا-مارپیچ، 9.25٪ رشته گسترده، و 50.75٪ چنبره تصادفی با استفاده از GOR4 پیش بینی شد. روش، پیشنهاد یک سازمان ساختاری متنوع است که ممکن است به تطبیق پذیری عملکردی آن کمک کند. علاوه بر این، تجزیه و تحلیل ما چندین اپی توپ بالقوه سلول B و T را در توالی ROP13 شناسایی کرد که نشان‌دهنده مناطقی است که می‌توانند برای پاسخ‌های ایمنی هدف قرار گیرند. به طور کلی، تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک ROP13 بینش های ارزشمندی را در مورد خواص ساختاری، ایمنی زایی و آنتی ژنی آن ارائه می دهد و پتانسیل آن را به عنوان یک هدف برای توسعه واکسن در برابر توکسوپلاسموز برجسته می کند. با استفاده از ویژگی‌های پیش‌بینی‌شده ROP13، محققان می‌توانند استراتژی‌های مختلف واکسن را برای تقویت ایمنی میزبان و مبارزه موثر با عفونت T. gondii بررسی کنند. ادامه تحقیقات در مورد مکانیسم‌های مولکولی زیربنای تعاملات ROP13 با سلول‌های میزبان، نقش آن را در پاتوژنز توکسوپلاسموز بیشتر روشن می‌کند و توسعه رویکردهای نوآورانه برای کاهش این بیماری انگلی شایع را راهنمایی می‌کند. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| توکسوپلاسما گوندی، Rhoptry protein 13, شبیه سازی رایانه ای | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 284 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 198 |
||