| تعداد نشریات | 285 |
| تعداد نشریات سازمان | 83 |
| تعداد شمارهها | 3,094 |
| تعداد مقالات | 34,531 |
| تعداد مشاهده مقاله | 49,375,834 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 79,824,338 |
Characterization and Phylogenetic Analysis of NDR Domain Protein From Strongyloides ratti Using Degenerate Primer PCR | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقاله 23، دوره 80، شماره 5، آذر و دی 2025، صفحه 1291-1300 اصل مقاله (2.37 M) | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.32598/ARI.80.5.3208 | ||
| نویسنده | ||
| Abbas Jolodar* | ||
| Biochemistry and Molecular Biology Section, Department of Basic Sciences, Faculty of Veterinary Medicine, Shahid Chamran University of Ahvaz, Ahvaz, Iran. | ||
| چکیده | ||
| Introduction: The intestinal nematode Strongyloides ratti is an important and optimal model for the human pathogen, Strongyloides stercoralis. To design degenerate primers and amplify a putative NDR domain‑containing gene fragment from Strongyloides ratti using touchdown reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). Materials & Methods: A pair of degenerate primers was designed to amplify the target gene associated with nuclear Dbf2-related (NDR) domain-containing proteins, based on two conserved regions identified from related nematode protein sequences. A putative NDR domain-containing gene fragment of 249 bp from the S. ratti was amplified using Touchdown RT-PCR. Results: The results showed that the amplified fragment between these two motifs from S. ratti, aligned with the C-terminus of the reference protein, shares 66.3% similarities. By searching the EST (expressed sequence tags) GenBank database, an overlapping 1082 bp cDNA fragment named SrNDR was compiled and found to contain a 972-nucleotide open reading frame encoding a protein of 324 amino acids, with an expected molecular mass of 23.4 kDa and calculatal pI of 7.64. The phylogram of SrNDR revealed that the gene variants of S. ratti SrNDR were grouped together with a strong bootstrap score of 87. Domain search analysis showed an e-value of 1.05e-100 for the conserved NDR1 domain within the a/b hydrolase superfamily protein (pfam03096), spanning amino acid residues 9 to 287. The core domain of SrNDR is folded into 12 alpha-helices surrounded by eight antiparallel b-strands. The three-dimensional structure model of SrNDR (residues 31-319) showed 100% identity to the human protein NDRG1 across 248 amino acids, with 77% sequence coverage. Conclusion: By using this program, we found a prediction of predominantly a-helical (44.86%), Strand (1.08%) and random coil (54.05%) content for the coding sequence of SrNDR. Based on the alignment of this protein with homologous sequences from related nematodes, it may play a vital role in parasite survival within host cells. | ||
| کلیدواژهها | ||
| Degenerate primers؛ NDR domain-containing protein؛ Touchdown reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| تعیین خصوصیات و آنالیز فیلوژنتیک پروتئین حاوی دامنه NDR از Strongyloides ratti با استفاده از آغازگرهای دجنره در واکنش زنجیره ای پلیمراز | ||
| چکیده [English] | ||
| نماتد روده ای Strongyloides ratti به عنوان یک مدل بهینه برای مطالعه پاتوژن انسانی S. stercoralis مهم است. یک جفت آغازگر دجنره برای تکثیر ژن هدف مرتبط با پروتئینهای حاوی دامنه NDR بر اساس دو منطقه حفاظت شده با استفاده از توالیهای پروتئینی نماتودهای مرتبط که از بانک ژن استحصال شده بود، طراحی گردید. قطعه ژن حاوی دامنه NDR با 249 جفت باز از S. ratii با استفاده از Touchdown RT-PCR تکثیر شد. نتایج نشان داد که قطعه تکثیر شده بین این دو موتیف از S. ratti، با قسمت C انتهایی پروتئین مرجع 66.3 درصد شباهت دارد. با جستجو در پایگاه داده های EST (Expressed Sequence Tags) موجود در بانک ژن به کمک قطعه تکثیر شده، یک قطعه cDNA بزرگتر به اندازه 1082 جفت باز با استفاده از نواحی همپوشان تعیین و بنام SrNDR نامگذاری گردید. این قطعه ژن کد شده حاوی 972 نوکلئوتید بود که پروتئینی با اندازه 324 اسید آمینه، با وزن ملکولی 23.4 کیلو دالتون و نقطه ایزوالکتریک 7.64 را کد می کرد. نتایج فیلوگرام نشان داد که توالی های همپوشان ژن SrNDR با بوت استرپ بالا (87) در یک گروه قرار می گیرند. تجزیه و تحلیل جستجوی دامنه پروتئینی، با احتساب احتمال1.05e-100 با پروتئین های محافظت شده حاوی دامنه پروتئینی NDR، بین اسید آمینه های 9 تا 287 با ابر خانواده حاوی آلفا/ بتا هیدرولاز (pfam03096) مشابهت نشان داد. نشان داده شد که دامنه پروتئینی SrNDR با 12 ترکیب آلفا مارپیچ که توسط 8 رشته ناموازی صفحات بتا احاطه شده است. مدل ساختار سه بعدی این پروتئین بین اسید آمینه های 319-31 شباهت 100% با پروتئین انسانی NDRG1 را در 248 اسید آمینه که 77% کل پروتئین را پوشش می دهد، ترسیم گردید. با استفاده از این برنامه، پیشبینیشد که این پروتئین عمدتا از مارپیچ های آلفا (86/44 درصد)، صفحات بتا (08/1 درصد) و لوپ های تصادفی (05/54 درصد) برای ناحیه کدگذاری شده SrNDR تشکیل شده است. بر اساس همترازی این پروتئین با نماتدهای مربوطه، این پروتئین می تواند نقش حیاتی در بقای انگل در سلول های میزبان داشته باشد. | ||
| کلیدواژهها [English] | ||
| پروتئین حاوی دامنه ان دی آر، تاچ دان پی سی آر, آغازگز دجنره | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 276 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 128 |
||