News

a.z
(2025). بررسی مقایسه‌ای ژنوم شش سویه مایکوپلاسما گالی سپتیکوم: نگاهی به تنوع ژنتیکی و مقاومت آنتی‌بیوتیکی. , 80(1), 93-102. doi: 10.32592/ARI.2025.80.1.93
. "بررسی مقایسه‌ای ژنوم شش سویه مایکوپلاسما گالی سپتیکوم: نگاهی به تنوع ژنتیکی و مقاومت آنتی‌بیوتیکی". , 80, 1, 2025, 93-102. doi: 10.32592/ARI.2025.80.1.93
(2025). 'بررسی مقایسه‌ای ژنوم شش سویه مایکوپلاسما گالی سپتیکوم: نگاهی به تنوع ژنتیکی و مقاومت آنتی‌بیوتیکی', , 80(1), pp. 93-102. doi: 10.32592/ARI.2025.80.1.93
بررسی مقایسه‌ای ژنوم شش سویه مایکوپلاسما گالی سپتیکوم: نگاهی به تنوع ژنتیکی و مقاومت آنتی‌بیوتیکی. , 2025; 80(1): 93-102. doi: 10.32592/ARI.2025.80.1.93

بررسی مقایسه‌ای ژنوم شش سویه مایکوپلاسما گالی سپتیکوم: نگاهی به تنوع ژنتیکی و مقاومت آنتی‌بیوتیکی

Archives of Razi Institute
Article 11, Volume 80, Issue 1, January and February 0, Pages 93-102    PDF (899.5 K)
Document Type: مقالات پژوهشی
DOI: 10.32592/ARI.2025.80.1.93
Abstract
مایکوپلاسما گالی‌سپتیکوم (MG) یک پاتوژن مهم در بیماری‌های تنفسی است که هر ساله خسارات زیادی به صنعت طیور وارد می‌کند. از سوی دیگر، با وجود مقاومت MG به آنتی‌بیوتیک‌ها، شناسایی تنوع ژنتیکی برای ارائه راهکارهای مقابله‌ای اهمیت دارد. با هدف بررسی بیشتر جهش‌ها در تحقیق حاضر، ژنوم‌های شش سویه MG ارزیابی شدند. داده‌های مربوط به حاشیه‌نویسی واریانت و تحلیل جهش با استفاده از SnpEff انجام شد و نرخ جهش با تقسیم تعداد کل جهش‌ها بر طول نواحی ژنومی محاسبه شد. در مجموع، ۲۵,۹۴۲ واریانت در شش سویه شناسایی شد که نشان‌دهنده تنوع ژنتیکی قابل توجه است. مایکوپلاسما گالی‌سپتیکوم S6(PE2) بیشترین تعداد جهش‌های فریم‌شیفت را داشت. هر شش سویه دارای یک جهش در ژن MsbA هستند، در حالی که پنج سویه از شش سویه به استثنای سویه F99 Lab (PE1) دارای جهشی در موقعیت ۵۱۵۸ هستند که یک سیستم حمل‌ونقل چنددارویی را تحت تأثیر قرار می‌دهد. جالب است که سویه ATCC (PE4) یک جهش منحصر به فرد در موقعیت ۹۴۲ دارد، در حالی که PE2 دارای یک جهش منحصر به فرد در موقعیت ۶۸۵۵ مرتبط با اجزای ترانسپورتر ABC پمپ افلاکس است. تنوع ژنتیکی قابل توجهی در ژن‌های CrmA، GapA و vlhA بین سویه‌ها مشاهده شد. تغییرات با تأثیر بالا مانند اینسرشن و حذف‌ در CrmA بیشتر شایع بودند، به‌ویژه در PE2، در حالی که تغییرات غیر هم‌معنی بیشتر در GapA، به‌ویژه در PE1 مشاهده شد. ژن vlhA طیف وسیعی از اثرات را نشان داد، از جهش‌های هم‌معنی تا جهش‌های با تأثیر بالا مانند استاپ-گین و فریم‌شیفت، به‌ویژه در سویه‌های PE5 و. PE6 تغییرات عملکردی بین سویه‌ها ممکن است به دلیل این جهش‌ها باشد که ممکن است بیان ژن یا عملکرد پروتئین را تغییر دهند. علاوه بر این، جهش‌های قابل توجهی در ژن‌های dxr و rpoC مرتبط با مقاومت به آنتی‌بیوتیک مشاهده شد. این جهش‌ها نشان‌دهنده انطباق‌های تکاملی در حال وقوع مایکوپلاسما گالی‌سپتیکوم میباشند. بنابراین، نیاز به بازنگری در پروتکل‌های درمانی و توسعه واکسن‌های هدفمند برای کنترل مقاومت در صنعت طیور وجود دارد.
Keywords
مایکوپلاسما گالی سپتیکوم; تنوع ژنتیکی; مقاومت آنتی بیوتیکی; صنعت طیور
Supplementary Files
References
  1. Ley DH, Yoder Jr HW. Mycoplasma gallisepticum infection. Diseases of poultry. 2008; 12:807-34.
  2. Ghohestani, S., Zeinali, T., Razmyar, J., Kalidari, G., Bassami, M. Isolation and Molecular Identification of Mycoplasma spp. From Pigeons in the North-East of Iran. Iranian Journal of Veterinary Medicine, 2018; 12(3): 181-187.
  3. Mernizi, A., Kadiri, O., Criado Rius, J. L., Bouslikhane, M., Ghram, A., Mohamed, M., Catelli, E., Nassik, S. Detection of Avian Metapneumovirus Subtypes A and B in Moroccan Broiler Farms. Iranian Journal of Veterinary Medicine, 2024; 18(4): 479-488.
  4. Darebaghi, A., Emadi Chashmi, S. H., Kafshdozan, K., hossein, H. Molecular Detection of Avian Metapneumovirus in Semnan BroilerFarms. Iranian Journal of Veterinary Medicine, 2021; 15(1): 27-34.
  5. Beheshtian, B., Haghighi Khoshkhoo, P., Akbariazad, G., Hosseini, H. Phylogenetic Study and Investigation on the Involvement of the Newcastle Disease Virus in Multicausal Respiratory Diseases of the Broiler Flocks in Qazvin Province, Iran 2014-2015. Iranian Journal of Veterinary Medicine, 2020; 14(2): 135-145.
  6. Rahmani, E., hosseini, H. A Survey of Pathogenic Avian Mycoplasma Involvement in Multicausal Respiratory Disease in Broiler Flocks. Iranian Journal of Veterinary Medicine, 2017; 11(3): 249-253.
  7. Mahmmoud EN, Hamad MA, Khudhur ZN. Detection of Mycoplasma gallisepticum in broiler chickens by PCR. Open Vet J. 12(3):329-334.
  8. Gautier-Bouchardon AV. 2018. Antimicrobial Resistance in Mycoplasma spp. Microbiol Spectr. 6(4).
  9. Allemailem K. Recent advances in understanding the molecular mechanisms of multidrug resistance and novel approaches of CRISPR/cas9-based genome-editing to combat this health emergency. Int. J. Nanomedicine. 2024; 19, 1125–1143.
  10. Schroeder JW, Yeesin P, Simmons LA., Wang JD. Sources of spontaneous mutagenesis in bacteria. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2018; 53, 29–48.
  11. Beaudet J, Tulman ER, Pflaum K, Canter JA, Silbart LK, Geary SJ. Immunologic pathways in protective versus maladaptive host responses to attenuated and pathogenic strains of Mycoplasma gallisepticum. Infect Immun. 2019; 87(6).
  12. Kachabi, K., Pourbakhsh, S. A., Zahraei Salehi, T. Detection of Mycoplasma gallisepticum, Isolation, and Determination of Tylosin Susceptibility of Isolates from Commercial Chickens. Archives of Razi Institute. 2023; 78(4): 1247-1257.
  13. Abd El-Hamid MI, Awad NFS, Hashem YM, Abdel-Rahman MA, Abdelaziz AM, Mohammed IAA, Abo-Shama UH In vitro evaluation of various antimicrobials against field mycoplasma gallisepticum and mycoplasma synoviae isolates in Egypt. Poult Sci. 2019; 98(12):6281-6288.
  14. Li H., Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N, Marth G, Abecasis G, Durbin R. 1000 Genome Project Data Processing Subgroup. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics. 2009;25(16):2078-9.
  15. Langmead, B. and Salzberg, S.L. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nat Methods. 2012; 9, 357-359.
  16. Cingolani P, Platts A, Wang LL, Coon M, Nguyen T, Wang L, Land SJ, Lu X, Ruden DM. A program for annotating and predicting the effects of single nucleotide polymorphisms, SnpEff: SNPs in the genome of Drosophila melanogaster strain w1118; iso-2; iso-3. Fly (Austin). 2012;6(2):80-92.
  17. Limsatanun A, Pakpinyo S, Limpavithayakul K, Prasertsee T. Targeted sequencing analysis of Mycoplasma gallisepticum isolates in chicken layer and breeder flocks in Thailand. Sci Rep. 2022; 12(1):9900.
  18. Kabiri N, Bashashati M, Marandi V M, Banani M, Sabouti F. Genetic analysis of Iranian Mycoplasma gallisepticum isolates using gene-targeted sequencing of complete pvpA gene, Turkish Journal of Veterinary & Animal Sciences. 2019; 43(3).
  19. Lubelski J, Konings WN, Driessen AJ. Distribution and physiology of ABC-type transporters contributing to multidrug resistance in bacteria. Microbiol Mol Biol Rev; 2007; 71(3):463-76.
  20. Rüger N, Szostak M P, Rautenschlein S. The expression of GapA and CrmA correlates with the Mycoplasma gallisepticum in vitro infection process in chicken TOCs. Veterinary research. 2020; 53(1), 66.
  21. Indiková I, Much P, Stipkovits L, Siebert-Gulle K, Szostak MP, Rosengarten R, Citti C. Role of the GapA and CrmA cytadhesins of Mycoplasma gallisepticum in promoting virulence and host colonization. Infect Immun. 2013;81(5):1618-24.
  22. Pflaum K, Tulman ER, Canter J, Dhondt KV, Reinoso-Perez MT, Dhondt AA, Geary SJ. The influence of host tissue on M.PEgallisepticum vlhA gene expression. Vet Microbiol. 2020; 251:108891.
  23. Pflaum K, Tulman ER, Beaudet J, Canter J, Geary SJ. Variable Lipoprotein Hemagglutinin A Gene (vlhA) Expression in Variant Mycoplasma gallisepticum Strains In Vivo. Infect Immun. 2018; 86(11):e00524-18.
  24. Mahdizadeh S, Masukagami Y, Tseng CW, Markham PF, De Souza DP, Nijagal B, Tull D, Tatarczuch L, Browning GF, Sansom FM. A Mycoplasma gallisepticum Glycerol ABC Transporter Involved in Pathogenicity. Appl Environ Microbiol. 2021; 87(11):e03112-20.
  25. Sato R, Tanaka T, Ohara H, Aso Y. Disruption of glpF gene encoding the glycerol facilitator improves 1,3-propanediol production from glucose via glycerol in Escherichia coli. Lett Appl Microbiol. 2021; 72(1):68-73.
  26. Kim KS, Ko KS, Chang MW, Hahn T, Hong S, Kook, YH. Use of rpoB sequences for phylogenetic study of Mycoplasma species. FEMS microbiology letters. 2003;226: 299-305.
  27. de Vos M, Müller B, Borrell S, Black PA, van Helden PD, Warren RM, Gagneux S, Victor TC. Putative compensatory mutations in the rpoC gene of rifampin-resistant Mycobacterium tuberculosis are associated with ongoing transmission. Antimicrobial agents and chemotherapy. 2013; 57(2), 827–832.
  28. Polissi A, Georgopoulos C. Mutational analysis and properties of the msbA gene of Escherichia coli, coding for an essential ABC family transporter. Mol Microbiol; 1996; 20(6):1221-1233.
  29. Ma X, Wang L, Yang F, Li J, Guo L, Guo Y, et al. Drug sensitivity and genome-wide analysis of two strains of Mycoplasma gallisepticum with different biofilm intensity. Front Microbiol. 2023;14:1196747.
  30. Mugunthan SP, Kannan G, Chandra HM, Paital B. Infection, transmission, pathogenesis and vaccine development against Mycoplasma gallisepticum. Vaccines. 2023;11(2):469.
Statistics
Article View: 896
PDF Download: 716


counter
Journal management system. designed by sinaweb