اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات282
تعداد نشریات سازمان80
تعداد شماره‌ها3,251
تعداد مقالات35,918
تعداد مشاهده مقاله54,602,698
تعداد دریافت فایل اصل مقاله93,706,636
Majdani, Raheleh, Shaki masuleh, Abbas. (1403). Molecular Analysis of Nucleocapsid Gene and 3' Untranslated Regions of an Infectious Bronchitis Virus Isolate Originated from Broilers in Maragheh. سامانه مدیریت نشریات علمی, 79(4), 789-798. doi: 10.32592/ARI.2024.79.4.789
Raheleh Majdani; Abbas Shaki masuleh. "Molecular Analysis of Nucleocapsid Gene and 3' Untranslated Regions of an Infectious Bronchitis Virus Isolate Originated from Broilers in Maragheh". سامانه مدیریت نشریات علمی, 79, 4, 1403, 789-798. doi: 10.32592/ARI.2024.79.4.789
Majdani, Raheleh, Shaki masuleh, Abbas. (1403). 'Molecular Analysis of Nucleocapsid Gene and 3' Untranslated Regions of an Infectious Bronchitis Virus Isolate Originated from Broilers in Maragheh', سامانه مدیریت نشریات علمی, 79(4), pp. 789-798. doi: 10.32592/ARI.2024.79.4.789
Majdani, Raheleh, Shaki masuleh, Abbas. Molecular Analysis of Nucleocapsid Gene and 3' Untranslated Regions of an Infectious Bronchitis Virus Isolate Originated from Broilers in Maragheh. سامانه مدیریت نشریات علمی, 1403; 79(4): 789-798. doi: 10.32592/ARI.2024.79.4.789

Molecular Analysis of Nucleocapsid Gene and 3' Untranslated Regions of an Infectious Bronchitis Virus Isolate Originated from Broilers in Maragheh

Archives of Razi Institute
مقاله 16، دوره 79، شماره 4، مهر و آبان 2024، صفحه 789-798    اصل مقاله (512.61 K)
نوع مقاله: Original Articles
شناسه دیجیتال (DOI): 10.32592/ARI.2024.79.4.789
نویسندگان
Raheleh Majdani* 1؛ Abbas Shaki masuleh2
1Department of cellular and molecular biology, Faculty of Basic Science, University of Maragheh, Maragheh, Iran
2department of Biology, Faculty of Basic Sciences, University of Maragheh, Maragheh, Iran
چکیده
Avian infectious bronchitis virus, has become one of the most problematic causes of economic losses in poultry farms. To effectively control the virus, monitoring and surveillance of circulating strains of virus in poultry farms is unavoidable.
Internal organ samples of broilers with clinical signs of infectious bronchitis and two samples of the commonly used vaccine strains (4/91 and H120) in Iranian poultry flocks were used in amplification of a 1.8 kbp fragment including nucleocapsid (N) gene and 3′ untranslated region (UTR) using reverse transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR) method. The amplified fragments were digested using restriction endonuclease enzyme, AluI. Then sequence similarity of the field isolate (Ma1/16 ) with previous isolates and reference strains of IBV was investigated. Also, phylogenetic relationship of Ma1/16 with other regions viruses were determined based on the sequence of two 600 bp partial sequences of N gene using Mega7 software.
Seven strains of IBV were classified in two groups based on restriction fragment length polymorphism (RFLP) patterns of the N-3´UTR fragment; all of five field isolates and vaccine strain 4/91 were clustered together. Ma1/16 had the most similarity with two other Iranian IBV isolates, Ur1/09 and MNS-7861-1 (91.7 % and 90 %, respectively) based on the 600 N sequence of 5´ end of the isolate. Nucleotide sequence of the 600 N of 3´ end of the amplified fragment in Ma1/16 isolate had the most similarity to the BJ strain (86.4%).
Nucleocapsid gene could be an appropriate candidate in vaccine design strategies to IBV effective control. In addition, monitoring of circulating strains of IBV based on N-3´UTR could be a helpful method in successfully controlling of IB disease in Iran.
کلیدواژه‌ها
infectious bronchitis virus؛ N gene؛ 3´untranslated region؛ RFLP
عنوان مقاله [English]
آنالیز مولکولی ژن نوکلئوکپسید و ناحیه3 UTR انتهایی ویروس برونشیت عفونی طیور جداشده از جوجه های گوشتی در مراغه
نویسندگان [English]
راحله مجدانی1؛
1گروه زیست شناسی سلولی-مولکولی، دانشگاه مراغه، مراغه، ایران
چکیده [English]
ویروس برونشیت عفونی طیور تبدیل به یکی از مسائل مشکل ساز اقتصادی در صنعت طیور شده است. برای کنترل موثر ویروس، پایش و بررسی حضور سویه های ویروسی در گردش در گله های طیور اجتناب ناپذیر می باشد.
نمونه هایی از اندامهای داخلی طیور دارای علایم بالینی برونشیت عفونی و نیز دو نمونه از سویه های واکسنی معمول مورداستفاده در گله های طیور ایرانی (H120, 4/91) جهت تکثیر قطعه 8/1 کیلوبازی شامل ژن نوکلئوکپسید و ناحیه غیرترجمه شده انتهای'3 با روش RT-PCR مورداستفاده قرار گرفت. قطعات تکثیرشده به وسیله آنزیم تعیین حدودی AluI مورد هضم آنزیمی قرار گرفت. سپس تشابه توالی نوکلئوتیدی دو قطعه 600 بازی از ژن نوکلئوکپسید در جدایه مزرعه مورد مطالعه با سویه های قبلی و مرجع موجود در بانک ژن جهانی ارزیابی گردید. همچنین، ارتباط فیلوژنیک جدایه Ma1/16 نیز با سویه های دیگر نقاط دنیا با استفاده از نرم افزار MEGA7 تعیین شد.
هفت ویروس برونشیت عفونی مورداستفاده بر اساس الگوی هضم آنزیمی حاصل، در دو گروه تقسیم بندی شدند. همه پنج جدایه مزرعه و نیز سویه واکسنی 4/91 باهم در یک گروه قرار گرفتند. بر اساس نتایج تعیین توالی نوکلئوتیدی قطعه 600 بازی انتهای'5 ژن نوکلئوکپسید، جدایه موردمطالعه (Ma1/16) بیشترین تشابه را با دو جدایه ایرانی دیگر یعنی Ur1/09 و MNS-7861-1 ( به ترتیب 90% و 7/91% ) داشت. جدایه مذکور بیشترین تشابه را با سویه BJ از چین (4/86%) بر اساس توالی 600 نوکلئوتیدی انتهای 3 ژن نوکلئوکپسید نشان داد.
ژن نوکلئوکپسید می تواند به عنوان یک کاندیدای مناسب در زمینه استراتژیهای طراحی واکسن برای کنترل موثر ویروس برونشیت عفونی طیور باشد. علاوه بر این پایش سویه های در گردش ویروس بر اساس آنالیز مولکولی ناحیه N-3'UTR می تواند در کنترل موفقیت آمیز برونشیت عفونی در ایران مفید باشد.
کلیدواژه‌ها [English]
ویروس برونشیت عفونی طیور, ژن N, ناحیه غیرترجمه شده انتهایی 3, RFLP
مراجع
  1. Cavanagh D, Gelb J Jr. Infectious bronchitis. In: Saif YM, Barnes HJ, Glisson JR, Fadly AM, McDougald LR, Swayne DE (Eds). Diseases of poultry. 12th ed. Iowa, USA: Iowa State University Press. 2008; 117-135.
  2. Hung M, Zou C, LiuY, Han Z, Xue C, Cao Y. A novel low virulent respiratory infectious bronchitis virus originating from the recombination of QX, TW and 4/91 genotype strains in China. Vet Microbiol. 2020;242:108579.
  3. Boursnell ME, Brown TD, Foulds IJ, et al. Completion of the sequence of the genome of the coronavirus avian infectious bronchitis virus. J Gen Virol. 1987; 68: 57-77.
  4. Masters PS, Sturman LS. Background paper. Functions of the coronavirus nucleocapsid protein. Adv Exp Med Biol. 1990; 276:235-238.
  5. Legnardi M, Tucciarone CM, Franzo, G. et al. Infectious bronchitis virus evolution, diagnosis and control. Vet Sci. 2020; 7(2):79.
  6. Vermeulen CJ, Dijkman R, de Wit JJS, et al. Genetic analysis of infectious bronchitis virus (IBV) in vaccinated poultry populations over a period of 10 years. Avian Pathol. 2023; 52(3):157-167.
  7. Mase M, Hiramatsu K, Watanabe S, et al. Genetic Analysis of the Complete S1 Gene in Japanese Infectious Bronchitis Virus Strains. Viruses. 2022; 14:716.
  8. Ignjatovic J, Sapats S. Identification of previously unknown antigenic epitopes on the S and N proteins of avian infectious bronchitis virus. Arch Virol. 2005; 150:1813-1831.
  9. Lee CW, Jackwood MW. Evidence of genetic diversity generated by recombination among avian coronavirus IBV. Arch Virol. 2000; 145:2135-2148.
  10. Qin Y, Tu K, Teng Q, Feng D, Zhao Y, Zhanga G. Identification of Novel T-Cell Epitopes on Infectious Bronchitis Virus N Protein and Development of a Multi-epitope Vaccine. J Virol. 2021; 95(17): e00667-21.
  11. Mardani K, Browning GF, Ignjatovic J, et al. Rapid differentiation of current infectious bronchitis virus vaccine strains and field isolates in Australia. Aust Vet J. 2006; 84:59- 62.
  12. Mardani K, Noormohammadi AH, Ignatovic J, et al. Typing infectious bronchitis virus strains using reverse transcription-polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism analysis to compare the 3′ 7.5 kb of their genomes. Avian Pathol. 2006; 35:63-69.
  13. Monne I, Drago A, Fasolato M, et al. Molecular survey of infectious bronchitis virus in Europe in 2008 VI international symposium on avian corona- and pneumoviruses and complicating pathogens. Rauischholzhausen, Germany: 2009
  14. Sapats, S.I.; Ashton, F.; Wright, P.J. and Ignjatovic, J. (1996) Novel variation in the N protein of avian infectious bronchitis virus. Virology. 226:412-7.
  15. Majdani R, Mardani K, Morshedi A, et al. Molecular comparison of three different region of the genome of infectious bronchitis virus field isolates and vaccine strains. Vet Res Forum. 2010; 1(2):73-81.
  16. Bochkov YA, Tosi G, Massi P, Drygin V, Phylogenetic analysis of partial S1 and N gene sequences of infectious bronchitis virus isolates from Italy revealed genetic diversity and recombination. Virus genes. 2007; 35(1):65-71.
  17. Kariithi HM, Volkening JD, Leyson CM, et al. genome sequence variations of infectious bronchitis virus serotypes from commercial chickens in Mexico. Front Vet Sci. 2022; 9:931272.
  18. Gang Xu, Xiao-yu Liu, Ye Zhao et al. Characterization and analysis of an infectious bronchitis virus strain isolated from southern China in 2013. Virology Journal 2016; 13:40.
  19. Mohammed A. Rohaim, Rania F. El Naggar, Mohammed A. Abdelsabour et al. Evolutionary Analysis of Infectious Bronchitis Virus Reveals Marked Genetic Diversity and Recombination Events. Genes 2020; 11:605.
  20. K. Domanska-Blicharza, A. Jacukowicza, A. Lisowskaa, K. Wyrosteka and Z. Mintaa. Detection and molecular characterization of infectious bronchitis-like viruses in wild bird populations. Avian Pathology, 2014; 43:406-413.
  21. M. Ababneh, A. Elhafeed Dalab, S. Alsaad and M. Al-Zghoul. Presence of Infectious Bronchitis Virus Strain CK/CH/LDL/97I in the Middle East. Avian Pathology, 2012; 21:201-207.
  22. L. Xiaoli, M. Huijie, X. Qianqian, S. Nana, H. Zongxi, S. Chuyang, G. Hongbo, SH. Yuhao, K. Xiangang and L. Shengwang. Characterization of a recombinant coronavirus infectious bronchitis virus with distinct S1 subunits of spike and nucleocapsid genes and a 3′ untranslated region. Veterinary Microbiology, 2013; 162:429-436.
  23. S. Mondal and C.J.Cardona. Genotypic and phenotypic characterization of the California 99 (Cal99) variant of infectious bronchitis virus. Virus Genes, 2007; 34: 327-341.
  24. Majdani R, Mardani. K, Morshedi A, et al. Molecular analysis of the nucleocapsid gene and 3' untranslated region of two infectious Bronchitis Virus field isolates from Iranian poultry farms. Int J Vet Res. 2011; 5(1):53-58.
  25. Nosrati M, Tahmorespoor M, Nassiry MR. Genetic analysis of three structural proteins in Iranian infectious bronchitis virus isolate. Iran J Appl Anim Sci. 2013; 3:617-623.
  26. Ghalyanchi -Langeroudi A, Karimi V, Jannat A, Hashemzadeh M, Fallah MH, Gholami F, Zabihi MT, Heidarzadeh M. Genotyping of infectious bronchitis viruses in the east of Iran, 2015, Iran J Virol. 2015; 9(2):31-35.
  27. Najafi H, Langeroudi AG, Hashemzadeh M, Karimi V, Madadgar O, Ghafouri SA, et al. Molecular characterization of infectious bronchitis viruses isolated from broiler chicken farms in Iran, 2014–2015. Adv Virol. 2016; 161(1):53-62.
  28. Mousavi F, Ghalyanchilangeroudi A, Hosseini, H, Nayeri Fasaei B, Ghafouri SA. et al. Complete genome analysis of Iranian IS-1494 like avian infectious bronchitis virus, Virus Dis. 2018; 29(3):390-394.
  29. Ghalyanchilangeroudia A, Hosseini H, Fallah Mehrabadic MH, Ghafourid SA, Modiri Hamdana A, Ziafatia Z, Esmaeelzadeh Dizajia A, Mohammadia P. Genotyping of avian infectious bronchitis virus in Iran: Detection of D274 and changing in the genotypes rate. Comp Immunol Microbiol Infect Dis. 2019; 65: 110-115.
  30. Yousefi Y, Bassami MR, Kalidari GA, Ghahramani MM. Sequence characterization of full-length S1 gene of infectious bronchitis viruses isolated from poultry farms in Khorasan Razavi, Iran. Turk J Vet Anim Sci. 2019; 43:235-243.
  31. Tabatabaeizadeh SE, Toroghi R, Margan Azghadi N, Farzin H, Sharghi S, Sarani M. et al. Detection of mutant infectious bronchitis viruses of GI-23 lineage from commercial chicken flocks in Khorasan Razavi province, Iran in 2019, Iran J Vet Sci Technol; 13:1.
  32. Rezaee H, Ghalyanchilangeroudi A, Karimi V, Fallah Mehrabadi MH, Motamed Chaboki P, Shayganmehr A, Esmaeelzadeh Dizaji R. Molecular Detection of Avian Infectious Bronchitis Viruses in Live Bird Markets, Gilan Province, Arch Razi Inst. 2020. 75; 2:155-162.
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 810
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 618


counter
سامانه مدیریت نشریات علمی. طراحی و پیاده سازی از سیناوب