News

a.z
(2023). توالی‌یابی کامل ژنومی آتادناویروس اردک A آداپته‌شده در تخم‌مرغ جنین‌دار. , 78(2), 757-765. doi: 10.22092/ari.2022.360121.2557
. "توالی‌یابی کامل ژنومی آتادناویروس اردک A آداپته‌شده در تخم‌مرغ جنین‌دار". , 78, 2, 2023, 757-765. doi: 10.22092/ari.2022.360121.2557
(2023). 'توالی‌یابی کامل ژنومی آتادناویروس اردک A آداپته‌شده در تخم‌مرغ جنین‌دار', , 78(2), pp. 757-765. doi: 10.22092/ari.2022.360121.2557
توالی‌یابی کامل ژنومی آتادناویروس اردک A آداپته‌شده در تخم‌مرغ جنین‌دار. , 2023; 78(2): 757-765. doi: 10.22092/ari.2022.360121.2557

توالی‌یابی کامل ژنومی آتادناویروس اردک A آداپته‌شده در تخم‌مرغ جنین‌دار

Archives of Razi Institute
Article 33, Volume 78, Issue 2, January and February 0, Pages 757-765    PDF (621.81 K)
Document Type: مقالات پژوهشی
DOI: 10.22092/ari.2022.360121.2557
Abstract
سندرم کاهش تولید تخم‌مرغ (EDS) در اکثر کشورهای دنیا به‌طور فراگیر در طیور صنعتی شایع است. این بیماری توسط آتادناویروس اردک A و یا ویروس EDS (EDSV) ایجاد می‌شود که عضوی از جنس آتادناویروس و خانواده آدنوویریده است. بیماری مرتبط با خسارات اقتصادی قابل توجه در صنعت طیور تجاری در سراسر دنیا بدلیل کاهش تولید تخم‌مرغ، کاهش کیفیت تخم‌مرغ و عدم رسیدن به پیک تولید می‌باشد. واکسن‌های کشته با ادجوانت روغنی عمدتاً در طیور صنعتی استفاده می‌شوند و حفاظت خوبی را دربرابر EDS ایجاد می‌کنند. در این مطالعه، EDSV آداپته‌شده در تخم‌مرغ جنین‌دار مورد آنالیز ژنتیک و فیلوژنتیک قرار گرفت. پس از استخراج DNA ویروسی از مایع آلانتوئیک تخم‌مرغ جنین‌دار آلوده، بااستفاده از 25 جفت پرایمر کل توالی ژنوم ویروسی توسط PCR تکثیر گردید. پس از تخلیص محصولات PCR، آمپلیکون‌ها مورد توالی‌یابی کل ژنومی بااستفاده از توالی‌یابی نسل بعدی (NGS) قرار گرفتند. همولوژی نوکلئوتیدی مشاهده شده بین ژنوم‌های سویه مورد مطالعه و سویه اصلی 127 مرغان تخم‌گذار (NC_001813) 9/99 درصد بود. ژنوم این سویه دارای طول 33213 نوکلئوتیدی با محتویات G+C 01/43 درصد بود. درمقایسه توالی ژنومی ویروس مورد مطالعه با سویه 127، تنها 3 پلی‌مورفیسم تک نوکلئوتیدی (SNP) بین این توالی‌های ژنومی ویروسی یافت شد. از این SNP ها، موتاسیون S320G و I62K در مناطق کدکننده پروتئین‌های فیبر و فرضی مشاهده شد که ممکن است در آداپتاسیون EDSV در تخم‌مرغ جنین‌دار نقش بازی کند. توالی‌یابی کل ژنوم EDSV بااستفاده از روش NGS اطلاعات جامعی در کشف واریانت‌های ژنتیکی ارائه می‌دهد. بعلاوه، اطلاعات توالی ژنومی EDSV فراهم‌کننده اطلاعات ارزشمند برای تولید واکسن در آینده نزدیک است.
Keywords
سندرم کاهش تولید تخم‌مرغ (EDS); آتادناویروس اردک A; ویروس آداپته‌شده در تخم‌مرغ; توالی‌یابی نسل جدید (NGS); توصیف مولکولی
Supplementary Files
References
  1. Van Eck JH, Davelaar FG, Heuvel-Plesman TA, Van Kol N, Kouwenhoven B, Guldie FH. Dropped egg production, soft shelled and shell-less eggs associated with appearance of precipitins to adenovirus in flocks of laying fowls. Avian Pathol. 1976;5(4):261-72.
  2. Smyth JA. Atadenovirus (Egg Drop Syndrome of Chickens and Related Infections) In: Swayne ED, Boulianne M, Logue CM, McDougald LR, Narat M, Suarez DL, editors. Diseases of Poultry. Hoboken, NJ, USA: Wiley-Blackwell; 2020. p. 332-9.
  3. Holmes HC, Webb KJ, Box PG. Vaccine for the control of egg drop syndrome '76. Vet Rec. 1989;124(12):309-10.
  4. ICTV. International Committee on Taxonomy of Viruses. 2022(2019 Release): Retrieved from https://talk.ictvonline.org/taxonomy/.
  5. McFerran JB, Connor TJ, Adair BM. Studies on the antigenic relationship between an isolate (127) from the egg drop syndrome 1976 and a fowl adenovirus. Avian Pathol. 1978;7(4):629-36.
  6. Hess M, Blocker H, Brandt P. The complete nucleotide sequence of the egg drop syndrome virus: an intermediate between mastadenoviruses and aviadenoviruses. Virology. 1997;238(1):145-56.
  7. Senthilkumar N, Kataria JM, Koti M, Dhama K, Dash BB. Restriction enzyme analysis of Indian isolates of egg drop syndrome 1976 virus recovered from chicken, duck and quail. Vet Res Commun. 2004;28(5):447-53.
  8. Todd D, McNulty MS, Smyth JA. Differentiation of egg drop syndrome virus isolates by restriction endonuclease analysis of virus DNA. Avian Pathol. 1988;17(4):909-19.
  9. Fitzgerald SD. Adenovirus Infection. In: Swayne ED, Boulianne M, Logue CM, McDougald LR, Narat M, Suarez DL, editors. Diseases of Poultry 14th edition ed. Pondicherry, India: John Wiley & Sons, Inc.; 2020. p. 321-39.
  10. Hess M. Adenoviruses. In: Williams SM, Dufour-Zavala L, Jackwood MW, Lee MD, Lupiani B, Reed WM, et al., editors. A laboratory manual for the isolation, identification, and characterization of avian pathogens. sixth ed. United States of America: American Association of Avian Pathologists; 2016. p. 143-50.
  11. McFerran JB, McCracken RM, McKillop ER, McNulty MS, Collins DS. Studies on a depressed egg production syndrome in Northern Ireland. Avian Pathol. 1978;7(1):35-47.
  12. Hess M. Detection and differentiation of avian adenoviruses: a review. Avian Pathol. 2000;29(3):195-206.
  13. Kumar S, Stecher G, Li M, Knyaz C, Tamura K. MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms. Mol Biol Evol. 2018;35(6):1547-9.
  14. Tcherepanov V, Ehlers A, Upton C. Genome Annotation Transfer Utility (GATU): rapid annotation of viral genomes using a closely related reference genome. BMC Genom. 2006;7(1):150.
  15. Adair BM, McFerran JB, Connor TJ, McNulty MS, McKillop ER. Biological and physical properties of a virus (strain 127) associated with the egg drop syndrome 1976. Avian Pathol. 1979;8(3):249-64.
  16. Crawford-Miksza L, Schnurr DP. Analysis of 15 adenovirus hexon proteins reveals the location and structure of seven hypervariable regions containing serotype-specific residues. J Virol. 1996;70(3):1836-44.
  17. Sheppard M, Trist H. Characterization of the avian adenovirus penton base. Virology. 1992;188(2):881-6.
  18. Engler JA, Hong JS. Characterization of the adenovirus fiber protein. Methods Mol Med. 2007;131:281-98.
  19. Haerian Ardakani B, Banani M, Ghodsian N, Abdoshah M, Bashashati M. Laboratory-scale production and quality control of trivalent inactivated oil-emulsion vaccine against Newcastle disease, infectious bronchitis and egg drop syndrome. Vet Res Biol Prod. 2022.
Statistics
Article View: 2,406
PDF Download: 8,721


counter
Journal management system. designed by sinaweb