اخبار و اعلانات

 آمار

تعداد نشریات285
تعداد نشریات سازمان83
تعداد شماره‌ها3,086
تعداد مقالات34,442
تعداد مشاهده مقاله48,905,653
تعداد دریافت فایل اصل مقاله79,346,478
Khaki, P, Rahimi Zarchi, F, Moradi Bidhendi, S, Gharakhani, M. (1401). Application of a Multiplex PCR Assay for Molecular Identification of Pathogenic and Non-Pathogenic Leptospires based on lipL32 and 16S rRNA Genes. سامانه مدیریت نشریات علمی, 78(1), 413-418. doi: 10.22092/ari.2022.359211.2388
P Khaki; F Rahimi Zarchi; S Moradi Bidhendi; M Gharakhani. "Application of a Multiplex PCR Assay for Molecular Identification of Pathogenic and Non-Pathogenic Leptospires based on lipL32 and 16S rRNA Genes". سامانه مدیریت نشریات علمی, 78, 1, 1401, 413-418. doi: 10.22092/ari.2022.359211.2388
Khaki, P, Rahimi Zarchi, F, Moradi Bidhendi, S, Gharakhani, M. (1401). 'Application of a Multiplex PCR Assay for Molecular Identification of Pathogenic and Non-Pathogenic Leptospires based on lipL32 and 16S rRNA Genes', سامانه مدیریت نشریات علمی, 78(1), pp. 413-418. doi: 10.22092/ari.2022.359211.2388
Khaki, P, Rahimi Zarchi, F, Moradi Bidhendi, S, Gharakhani, M. Application of a Multiplex PCR Assay for Molecular Identification of Pathogenic and Non-Pathogenic Leptospires based on lipL32 and 16S rRNA Genes. سامانه مدیریت نشریات علمی, 1401; 78(1): 413-418. doi: 10.22092/ari.2022.359211.2388

Application of a Multiplex PCR Assay for Molecular Identification of Pathogenic and Non-Pathogenic Leptospires based on lipL32 and 16S rRNA Genes

Archives of Razi Institute
مقاله 51، دوره 78، شماره 1، فروردین و اردیبهشت 2023، صفحه 413-418    اصل مقاله (427.74 K)
نوع مقاله: Original Articles
شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2022.359211.2388
نویسندگان
P Khaki* 1؛ F Rahimi Zarchi2؛ S Moradi Bidhendi1؛ M Gharakhani1
1Department of Microbiology, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran
2Department of Biology, Tehran Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran
چکیده
Leptospirosis is a serious zoonotic infection and the most prevalence disease is in the tropical and subtropical region. The definitive diagnosis of Leptospirosis, caused by spirochetes of the genus Leptospira infection is already using culture methods, serological tests such as the microscopic agglutination test (MAT) and molecular detection methods (PCR) are possible.  In this study, we used multiplex PCR method for detection of pathogenic and non - pathogenic Leptospira based on lipL32 and 16S rRNA genes. All serovars were obtained from the Leptospira Reference Laboratory of Microbiology Department, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Karaj, Iran. The PCR product for the lipL32 and 16S rRNA genes was 272 bp and 240 bp respectively. The sensitivity amplification for the multiplex assay was 10-6 pg / μl for 16S rRNA gene and 10-4 pg / μl for lipL32 gene. The sensitivity for multiplex PCR was 10-3 pg / μl. The results supported the idea that multiplex PCR can be used to detect Leptospira samples. This method was also able to differentiate between saprophytic and pathogenic leptospires and was able to do so much easily than conventional methodologies. Due to the slow growth of Leptospira and the importance of time in diagnosis, molecular methods such as PCR are suggested.
کلیدواژه‌ها
Leptospira؛ 16S rRNA gene؛ lipL32 gene؛ Multiplex PCR؛ Molecular Identification
عنوان مقاله [English]
تشخیص مولکولی لپتوسپیراهای بیماری زا و غیر بیماری زا بر اساس ژن های lipL32 و 16S rRNA با استفاده از روش Multiplex PCR
چکیده [English]
لپتوسپیروز یک عفونت زئونوز است که توسط اسپیروکت بیماری زایی به نام لپتوسپیرا ایجاد میشود. جهت تشخیص زودهنگام لپتوسپیروز، تمایز گونه های بیماری زا و غیر بیماری زا از یکدیگر اهمیت ویژه ای دارد. توالی های ژن 16S rRNA برای شناسایی گونه های لپتوسپیرا مفید هستند. LipL32 یکی از مهمترین پروتئین های غشای خارجی لپتوسپیرا است که تنها در سرووارهای بیماری زا وجود دارد و فاکتور مناسبی جهت شناسایی لپتوسپیراهای بیماری زا می باشد. بنابراین هدف از انجام این پژوهش، تشخیص مولکولی لپتوسپیراهای بیماری زا و غیر بیماری زا بر اساس ژن های lipL32 و 16S rRNA با استفاده از روش Multiplex PCR می باشد.
سرووارهای بیماری زا و غیر بیماریزای لپتوسپیرا در محیط کشت اختصاصی EMJH کشت داده شدند و DNA ژنومیک آن ها تخلیص گردید. در این تحقیق از پرایمر 16S rRNA برای سرووارهای غیر بیماری زا و پرایمر lipL32 برای سرووارهای بیماری زا استفاده شد.
با توجه به داده های PCR مشخص شد که ژن 16S rRNA با سایز 240 bp فقط در سرووارهای غیر بیماری زای لپتوسپیرا حضور دارد و همچنین ژن lipL32 با سایز 272 bp نیز فقط در سرووارهای بیماری زای لپتوسپیرا وجود دارد و در سرووارهای غیر بیماری زای لپتوسپیرا مشاهده نگردید.
میزان حساسیت برای ژن 16S rRNA، 10-6 pg / μl و برای ژن lipL32، 10-4 pg / μl به دست آمد. میزان حساسیت نیز در روش Multiplex PCR 10-3 pg / μl بود.
نتایج نشان داد که یک آزمایش تشخیصی مولکولی مناسب با ویژگی و حساسیت بالا مانند Multiplex PCR و با استفاده از ژن های lipL32 و 16S rRNA جهت تشخیص و تمایز سرووارهای بیماری زا و غیر بیماری زا از یکدیگر بسیار کارآمد می باشد.
کلیدواژه‌ها [English]
لپتوسپیرا, ژن lipL32, ژن 16S rRNA, تشخیص ملکولی, Multiplex PCR
سایر فایل های مرتبط با مقاله
مراجع
  1. Ko AI, Goarant C, Picardeau M. Leptospira: the dawn of the molecular genetics era for an emerging zoonotic pathogen. Nat Rev Microbiol. 2009;7(10):736-47.
  2. Levett PN. Leptospirosis. Clin Microbiol Rev. 2001;14(2):296-326.
  3. Tansuphasiri U, Thipsuk C, Phulsuksombati D, Chanyasanha C. Duplex PCR-hybridization based detection of pathogenic Leptospira in environmental water samples obtained from endemic areas in northeast region of Thailand. Southeast Asian J Trop Med Public Health. 2006;37(4):729-41.
  4. Vijayachari P, Sugunan AP, Shriram AN. Leptospirosis: an emerging global public health problem. J Biosci. 2008;33(4):557-69.
  5. Fahimipour A, Khaki P, Moradi Bidhendi S. Seroepidemiological Analysis of Leptospiral infection using MAT in Stray Dogs in Alborz, Iran. Arch Razi Inst. 2021;76(2):391-6.
  6. Khaki P. Clinical Laboratory Diagnosis of Human Leptospirosis. Int J Enteric Pathog. 2016;4(1):1-31859.
  7. Musso D, La Scola B. Laboratory diagnosis of leptospirosis: a challenge. J Microbiol Immunol Infect. 2013;46(4):245-52.
  8. Levett PN, Morey RE, Galloway RL, Turner DE, Steigerwalt AG, Mayer LW. Detection of pathogenic leptospires by real-time quantitative PCR. J Med Microbiol. 2005;54(Pt 1):45-9.
  9. Cumberland P, Everard CO, Levett PN. Assessment of the efficacy of an IgM-elisa and microscopic agglutination test (MAT) in the diagnosis of acute leptospirosis. Am J Trop Med Hyg. 1999;61(5):731-4.
  10. Niloofa R, Fernando N, de Silva NL, Karunanayake L, Wickramasinghe H, Dikmadugoda N, et al. Diagnosis of Leptospirosis: Comparison between Microscopic Agglutination Test, IgM-ELISA and IgM Rapid Immunochromatography Test. PLoS One. 2015;10(6):e0129236.
  11. Bomfim MR, Barbosa-Stancioli EF, Koury MC. Detection of pathogenic leptospires in urine from naturally infected cattle by nested PCR. Vet J. 2008;178(2):251-6.
  12. Lilenbaum W, Varges R, Brandao FZ, Cortez A, de Souza SO, Brandao PE, et al. Detection of Leptospira spp. in semen and vaginal fluids of goats and sheep by polymerase chain reaction. Theriogenology. 2008;69(7):837-42.
  13. Merien F, Amouriaux P, Perolat P, Baranton G, Saint Girons I. Polymerase chain reaction for detection of Leptospira spp. in clinical samples. J Clin Microbiol. 1992;30(9):2219-24.
  14. Ooteman MC, Vago AR, Koury MC. Evaluation of MAT, IgM ELISA and PCR methods for the diagnosis of human leptospirosis. J Microbiol Methods. 2006;65(2):247-57.
  15. Ahmed SA, Sandai DA, Musa S, Hoe CH, Riadzi M, Lau KL, et al. Rapid diagnosis of leptospirosis by multiplex PCR. Malays J Med Sci. 2012;19(3):9-16.
  16. Khodaverdi Darian E, Forghanifard MM, Moradi Bidhendi S, Chang YF, Yahaghi E, Esmaelizad M, et al. Cloning and Sequence Analysis of LipL32, a Surface-Exposed Lipoprotein of Pathogenic Leptospira Spp. Iran Red Crescent Med J. 2013;15(11):e8793.
  17. Haake DA, Chao G, Zuerner RL, Barnett JK, Barnett D, Mazel M, et al. The leptospiral major outer membrane protein LipL32 is a lipoprotein expressed during mammalian infection. Infect Immun. 2000;68(4):2276-85.
  18. Weisburg WG, Barns SM, Pelletier DA, Lane DJ. 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study. J Bacteriol. 1991;173(2):697-703.
  19. Coenye T, Vandamme P. Intragenomic heterogeneity between multiple 16S ribosomal RNA operons in sequenced bacterial genomes. FEMS Microbiol Lett. 2003;228(1):45-9.
  20. Murgia R, Riquelme N, Baranton G, Cinco M. Oligonucleotides specific for pathogenic and saprophytic leptospira occurring in water. FEMS Microbiol Lett. 1997;148(1):27-34.
  21. Pereira F, Carneiro J, Matthiesen R, van Asch B, Pinto N, Gusmao L, et al. Identification of species by multiplex analysis of variable-length sequences. Nucleic Acids Res. 2010;38(22):203.
  22. Mulla S, Chakraborty T, Patel M, Pandya HP, Dadhaniya V, Vaghela G. Diagnosis of leptospirosis and comparison of ELISA and MAT techniques. Indian J Pathol Microbiol. 2006;49(3):468-70.
  23. Leon A, Pronost S, Tapprest J, Foucher N, Blanchard B, Andre-Fontaine G, et al. Identification of pathogenic Leptospira strains in tissues of a premature foal by use of polymerase chain reaction analysis. J Vet Diagn Invest. 2006;18(2):218-21.
  1. Moreno N, Agudelo-Florez P. [Application of conventional and multiplex PCR assays for identification of isolates of Leptospira spp. in Colombia]. Rev Peru Med Exp Salud Publica. 2010;27(4):548-56.
آمار
تعداد مشاهده مقاله: 2,473
تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 6,028


counter
سامانه مدیریت نشریات علمی. طراحی و پیاده سازی از سیناوب