| تعداد نشریات | 282 |
| تعداد نشریات سازمان | 80 |
| تعداد شمارهها | 3,230 |
| تعداد مقالات | 35,784 |
| تعداد مشاهده مقاله | 54,005,790 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 93,165,907 |
Study of genetic variation among some Gossypium spp. genotypes available in Iran using ISSR molecular marker | ||
| Rostaniha | ||
| دوره 21، شماره 2 - شماره پیاپی 60، اسفند 2020، صفحه 264-277 اصل مقاله (600.49 K) | ||
| نوع مقاله: Research Paper | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/botany.2021.343484.1208 | ||
| نویسندگان | ||
| Zahra Tajik Khaveh1؛ Alireza Iranbakhsh* 2؛ Mosareza Vafaie Tabar3؛ Mostafa Ebadi4 | ||
| 1PhD Student, Department of Biology, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran | ||
| 2Prof., Department of Biology, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran | ||
| 3Research Associate Prof., Cotton Research Department, Tehran Agricultural and Natural Resources Research Center, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Varamin, Iran | ||
| 4Assistant Prof., Department of Biology, Damghan Branch, Islamic Azad University, Damghan, Iran | ||
| چکیده | ||
| The current study was conducted to explore genetic variations among several cotton species, including Gossypium hirsutum cultivar Varamin, G. barbadense cultivar T14, G. herbaceum cultivar Arya, hybrid of G. hirsutum cultivar Varamin × G. barbadense cultivar T14 (V×T14), and a hybrid of G. hirsutum cultivar Varamin × G. herbaceum cultivar Arya (V×A) using inter-simple sequence repeats (ISSR). In this study, a total of 60 bands were amplified using four ISSR marker primers. As a result, 57 bands showed polymorphism. The results showed a high level of diversity in the studied varieties. The highest percentage of polymorphism was related to ISSR4 primer with ACACACACACACACACT sequence (100%) and the lowest percentage was related to ISSR1 primer with AGAGAGAGAGAGAGAGC sequence (92.8%). Cluster analysis showed three major groups. The first group consisted of Arya and Varamin, the second group was comprised of V×A, T14 which showed a high genetic similarity indicating T14 originates from Varamin cultivar, and the third group contained V×T14. Overall, the results showed that, ISSR markers can be effectively used to study the genetic diversity of cotton. | ||
| کلیدواژهها | ||
| Cotton variations؛ cultivar؛ diploid؛ genetic diversity؛ Malvaceae؛ tetraploid | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| بررسی تنوع ژنتیکی برخی از ژنوتیپهای موجود گونههای پنبه در ایران با استفاده از نشانگر مولکولی ISSR | ||
| نویسندگان [English] | ||
| زهرا تاجیک خاوه1؛ علیرضا ایرانبخش2؛ موسیالرضا وفایی تبار3؛ مصطفی عبادی4 | ||
| 1دانشجوی دکتری، گروه زیستشناسی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران | ||
| 2استاد پژوهش، گروه زیستشناسی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران | ||
| 3دانشیار پژوهش، بخش تحقیقات پنبه و گیاهان لیفی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان تهران، سازمان تحقیقات، آموزش و | ||
| 4استادیار، گروه زیستشناسی، واحد دامغان، دانشگاه آزاد اسلامی، دامغان، ایران | ||
| چکیده [English] | ||
| پژوهش حاضر، به منظور بررسی تنوع ژنتیکی چند رقم و هیبرید مختلف پنبه شامل Gossypium hirsutum cultivar Varamin، G. barbadense cultivar T14، G. herbaceum cultivar Arya، هیبریدG. hirsutum cultivar Varamin × G. barbadense cultivar T14 (V×T14) و هیبرید G. hirsutum cultivar Varamin × G. herbaceum cultivar Arya (V×A) با استفاده از نشانگر مولکولی ISSR انجام شد. در این پژوهش، از چهار آغازگر استفاده شده، تعداد 60 باند ایجاد گردید که از این تعداد، 57 باند، پلیمورفیسمی را نشان دادند. نتایج حاصله همچنین درصد بالایی از تنوع را در ارقام مورد مطالعه نشان داد. بالاترین درصد پلیمورفیسمی در آغازگرISSR4 با توالی ACACACACACACACACT (100%) و کمترین درصد پلیمورفیسمی در آغازگر ISSR1 با توالی AGAGAGAGAGAGAGAGC دیده شد (92%). آنالیز خوشهای، سه گروه بزرگ را نشان داد. گروه اول شامل ارقام آریا و ورامین، گروه دوم شامل ارقام هیبریدی ورامین در آریا وT14 بود که این تشابه ژنتیکی بیانگر این بود که رقم T14 از رقم ورامین اشتقاق یافته و گروه سوم شامل ارقام هیبریدی ورامین در T14 بود. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که نشانگر مولکولی ISSR میتواند به طور مؤثری در مطالعه تنوع ژنتیکی در گیاه پنبه مورد استفاده قرار گیرد. | ||
| کلیدواژهها [English] | ||
| پنیرکیان, تتراپلویید, تنوع ژنتیکی, دیپلویید, رقم, Gossypium | ||
| مراجع | ||
|
Abdellatif, K.F. & Soliman, Y.A. 2013. Genetic relationships of cotton (Gossypium barbadense L.) genotypes as studied by morphological and molecular markers. African Journal of Biotechnology 12(30): 4736–4746.
Amom, T. & Nongdam, P. 2017. The use of molecular marker methods in plants, a review. International Journal of Current Research and Review 9: 1–7.
Bertini, H.C., Schuster, I., Sediyama, T., Barros, E.G. & Moreira, M.A. 2006. Characterization and genetic diversity analysis of cotton cultivars using microsatellites. Genetics and Molecular Biology 29(2): 321–329.
Dahab, A.A., Saeed, M. & Mohamed, B.B. 2013. Genetic diversity assessment of cotton (Gossypium Hirsutum) genotypes from Pakistan using simple sequence repeat marker. Australian Journal of Crop Science 7: 261–267.
De Magalh Bertini, C.H., Schuster, I., Sediyama, T., Barros, E.G.D. & Moreira, M.A. 2006. Characterization and genetic diversity analysis of cotton cultivars using microsatellites. Genetics and Molecular Biology 29(2): 321–329.
Dongre, A.B., Bhandarkar, M. & Banerjee, Sh. 2007. Genetic diversity in tetraploid and diploid (Gossypium spp.( using ISSR and microsatellite DNA markers. Indian Journal of Biotechnology 6: 349–353.
Endrizzi, D., Day, T. & Gathman, A.C. 1985. Centromer orientation of quadrivalents of heterozygous translocations and an autoploid of G. hirsutum. Genetics 105: 723–731.
Fang, D.D., Hinze, L.L., Percy, R.G., Li, P., Deng, D. & Thyssen, G.A. 2013. Microsatellite-based genome-wide analysis of genetic diversity and linkage disequilibrium in upland cotton (Gossypium hirsutum L.) cultivars from major cotton-growing countries. Euphytica 191: 391–401.
Idrees, M.U. & Irshad, M.U. 2014. Molecular markers in plants for analysis of genetic diversity. European Academic Research 2: 1513–1540.
Jaccard, P. 1908. Nouvelles Recherches Sur la Distribution Florale. Bulletin de la Société vaudoise des sciences naturelles 44: 2423–2470.
Kumar, P., Gupta, V.K., Misra, A.K., Modi, D.R. & Pandey, B.K. 2009. Potential of molecular markers in plant biotechnology. Plant Omics Journal 2: 141–157.
Liu, B. & Wendel, J.F. 2001. Intersimple sequence repeat (ISSR) polymorphisms as a genetic marker system in cotton. Molecular Ecology Notes 1(3): 205–208.
Malik, W., Ashraf, J., Iqbal, M.Z., Ali Khan, A., Qayyum, A., Ali Abid, M., Noor, E., Qadir, A.M. & Abbasi, G. 2014. Molecular markers and cotton genetic improvement: current status and future prospects. The Scientific World Journal http://dx.doi.org/10.1155/2014/607091.
Multani, D.S. & Lyon, B.R. 1995. Genetic fingerprinting of Australian cotton cultivars with RAPD markers. Genome 38(5): 1005–1008.
Nilkanta, H., Amom, T., Tikendra, L., Rahaman, H. & Nongdam, P. 2017. ISSR marker based population genetic study of Melocanna baccifera (Roxb.) Kurz: A commercially important bamboo of Manipur, North-East India. Scientifica 17–29.
Noormohammadi, Z., Farahani, Y.H.A., Sheidai, M., Ghasemzadeh-Baraki, S. & Alishah, O. 2013a. Genetic diversity analysis in Opal cotton hybrids based on SSR, ISSR, and RAPD markers. Genetics and Molecular Research 12(1): 256–269.
Noormohammadi, Z., Rahnama, A. & Sheidai, M. 2013b. EST-SSR and SSR analyses of genetic diversity in diploid cotton genotypes from Iran. The Nucleus 56: 171–188.
Qureshi, S.N., Saha, S., Kantety, R.V. & Jenkins, J.N. 2004. EST-SSR: A new class of genetic markers in cotton. Journal of Cotton Science 8: 112–123.
Rungis, D., Llewellyn, D., Dennis, E.S. & Lyon, B.R. 2005. Simple sequence repeat (SSR) markers reveal low levels of polymorphism between cotton (Gossypium hirsutum L.) cultivars. Australian Journal of Agricultural Research 56: 301–307.
Semagn, K., Bjørnstad, Å. & Ndjiondjop, M.N. 2006. An overview of molecular marker methods for plants. African Journal of Biotechnology 5: 25–34.
Tohidfar, M.B., Ghareyazie, M., Mousavi, Sh., Yazdani, M. & Gholabchin, R. 2008. Agrobacterium mediated transformation of cotton (Gossypium hirsutum) using a synthetic cry1 Ab gene for enhanced resistance against Heliothis armigera. Iranian Journal of Biotechnology 6(3): 164–173.
Ullah, A., Iram, M.Z., Iqbal, M., Nawaz, S., Hasni, M. & Jamil, S. 2012. Genetic diversity analysis of Bt cotton genotypes in Pakistan using simple sequence repeat markers. Genetics and Molecular Research 11: 597–605.
Vafaie-Tabar M.V., Chandrashekaran, S., Rana M.K. & Bhat, K.V. 2004. RAPD analysis of genetic diversity in Indian tetraploid and diploid cotton (Gossypium sp.). Journal of Plant Biochemistry and Biotechnology 13: 81–84.
Vafaie-Tabar, M.V., Bhat, S. & Chandrashekaran, S. 2014. Production of an interspecific triploid hybrid between Gossypium hirsutum and G. arboreum by embryo rescue. Journal of Plant Physiology and Breeding 4(1): 63–74.
Wang, X.Q., Feng, C.H., Lin, Z. & Zhang, X. 2011. Genetic diversity of sea-island cotton (Gossypium barbadense) revealed by mapped SSRs. Genetics and Molecular Research 10(4): 3620–3631.
Wendel, J.F., Brubaker, C.L. & Percival, A.E. 1992. Genetic diversity in Gossypium hirsutum and the origin of upland cotton. American Journal of Botany 79: 1291–1310. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 2,365 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 1,070 |
||