| تعداد نشریات | 282 |
| تعداد نشریات سازمان | 80 |
| تعداد شماره‌ها | 3,251 |
| تعداد مقالات | 35,917 |
| تعداد مشاهده مقاله | 54,574,449 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 93,695,685 |
ارزیابی تنوع ژنتیکی برخی از گونههای جنس L. Tulipa (لاله) در ایران با استفاده از نشانگر مولکولی CDDP | ||
| تحقیقات ژنتیک و اصلاح گیاهان مرتعی و جنگلی ایران | ||
| مقاله 2، دوره 28، شماره 1 - شماره پیاپی 55، شهریور 1399، صفحه 1-16 اصل مقاله (1.06 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله علمی - پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ijrfpbgr.2019.126063.1341 | ||
| نویسندگان | ||
| مریم حائری نسب1؛ نفیسه کریمیان2؛ نسترن جلیلیان* 3؛ مهدی یوسفی4 | ||
| 1استادیار، گروه زیست‌شناسی، دانشگاه پیام نور، تهران | ||
| 2دانش‌آموخته کارشناسی ارشد، گروه زیست‌شناسی، دانشگاه پیام نور، تهران | ||
| 3استادیار پژوهش، بخش تحقیقات جنگل و مرتع، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان کرمانشاه، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرمانشاه | ||
| 4دانشیار، گروه زیست‌شناسی، دانشگاه پیام نور، تهران | ||
| چکیده | ||
| جنس Tulipa (لاله) متعلق به تیره Liliaceae می‌باشد و از مهمترین گیاهان پیازی زینتی است که به‌منظور تولید گل شاخه بریده، گیاه گلدانی و استفاده در فضای سبز در سرتاسر دنیا کاشته میشود. در این مطالعه تنوع ژنتیکی 46 اکسشن متعلق به 9 گونه از جنس لاله با استفاده از 19 آغازگر CDDP بررسی شد. در مجموع 265 باند تکثیر شد که تمامی آنها چندشکل بودند. میانگین تعداد باندهای تکثیر شده به ازای هر آغازگر 9/13 بود. آغازگر 5 (ABP1-1) با داشتن بهترین پارامترهای نشانگری به‌عنوان بهترین آغازگر برای بررسی تنوع ژنتیکی در این مطالعه معرفی شد. محاسبه پارامترهای تنوع ژنتیکی، بیشترین تنوع را در بین افراد گونه T. systola نشان داد. نتایج تجزیه واریانس مولکولی نشان داد که تنوع درون گونه‌ای (77%) در مقایسه با تنوع بین گونه‌ای (23%) بیشتر بود. در ارزیابی ماتریس فاصله بر اساس ضریب تشابه دایس گونههای مورد بررسی جنس Tulipa، بیشترین فاصله مربوط به گونههای T. armena و T. clusiana (684/0) و کمترین فاصله مربوط به گونههای T. systola و T. schrenkii (267/0) بود. به دلیل بالا بودن سهم واریانس درون گونه‌ای نسبت به بین گونه‌ای، گروه‌بندی گونه‌ها به روش تجزیه خوشه‌ای با گروه‌بندی آنها به روش تجزیه به مختصات اصلی مطابقت کامل نداشت. اما به‌هرحال اکسشنهای مختلف متعلق به گونههایT. micheliana ، T. lehmanniana و T. clusiana به خوبی تفکیک شدند. این مطالعه نشان داد که اظهارنظر در مورد کارآیی دقیق نشانگر CDDP در ارتباط با جنس Tulipa نیاز به مطالعه جامع تنوع ژنتیکی از نقاط مختلف پراکنش این جنس در ایران دارد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| چندشکلی؛ تنوع ژنتیکی؛ لاله؛ نشانگر مولکولی | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Evaluation of genetic diversity of some Iranian species in the genus Tulipa L. using CDDP molecular marker | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Maryam Haerinasab1؛ Nafiseh Karimian2؛ Nastaran Jalilian3؛ Mehdi yousefi4 | ||
| 1Assist. Prof., Department of Biology, Payame Noor University, 19395-3697 Tehran, Iran | ||
| 2M.Sc., Department of Biology, Payame Noor University, 19395-3697 Tehran, Iran | ||
| 3Assist. Prof., Forests and Rangelands Research Department, Kermanshah Agricultural and Natural Resources Research and Education Center, (AREEO), Kermanshah, Iran | ||
| 4Assoc. Prof., Department of Biology, Payame Noor University, 19395-3697 Tehran, Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| The genus Tulipa belongs to the Liliaceae family and is one of the most important ornamental bulbous plants, which has been cultivated all over the world to produce cut flowers, potted plants and use for landscaping. In this study, the genetic diversity of 46 accessions belonging to 9 species of Tulipa was investigated using 19 CDDP primers. A total of 265 bands were amplified, all of which were polymorphic. The average number of amplified bands per primer was 13.9. Primer 5 (ABP1-1) with the best marker parameters was introduced as the best primer for investigating genetic diversity in this study. Calculation of genetic diversity parameters showed the greatest diversity among T. systola species. Results of analysis of molecular variance (AMOVA) showed that within species diversity (77%) was higher than between species diversity (23%). Evaluation of distance matrix based on the Dice similarity coefficient of the studied Tulipa species showed that the highest and the lowest distance were related to T. armena and T. clusiana (0.684) and T. systola and T. schrenkii (0.226), respectively. Due to the higher contribution of within species variance than to between species, grouping of the species based on cluster analysis did not fully correspond to those in the principal coordinate analysis. However, different accessions belonging to T. micheliana, T. lehmanniana, and T. clusiana were well separated. The present study showed that the remarkable efficacy of the CDDP marker in relation to the genus Tulipa requires a comprehensive study of the genetic diversity of this genus in different distribution points of Iran. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| polymorphism, genetic variation, tulip, molecular marker | ||
| مراجع | ||
|
- Boissier, E. 1884: Flora Orientalis, vol. 5: 191-201. Geneva & Basle: H. Georg - Botschantzeva, Z. P. (1962). Tulips: taxonomy, morphology, cytology, phytogeography, and physiology. English translated edition by HQ Varekamp (1982). Balkema, Rotterdam - Botstein, D., White, R. L., Skolnick, M., & Davis, R. W. (1980). Construction of a genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphisms. American journal of human genetics, 32(3), 314. - Collard B.C.Y and Mackill D.J. (2009). Conserved DNA-derived polymorphism (CDDP): a simple and novel method for generating DNA markers in plants. Plant Molecular Biology and Reproduction, 27: 558–562. - Doyle, J. J., and Doyle, J. L. (1987). A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin, 19: 11-15. - Ejtehadi, H., Sepehri A. and Akkafi, H. R. (2009). Methods of Measuring Biodiversity. Ferdowsi University of Mashhad Press, 226 p. (In Persian). - Eghbalneghad, Y., Saidi, A., Beiramizadeh, E. (2017). Evaluation of genetic diversity Rose (Rosa hybrid) flower genotypes using CDDP & RAPD markers. Agricultural Biotechnology Journal, 9 (2): 1-14. - Hajibarat, Z., Saidi, A., Hajibarat, Z., and Talebi, R. (2015). Characterization of genetic diversity in chickpea using SSR markers, Start Codon Targeted Polymorphism (SCoT) and Conserved DNA-Derived Polymorphism (CDDP). Physiology Molecular Biology Plants, 21 (3): 365-373. - Hall, A.D. 1940: The genus Tulipa. 1-171.- The Royal Horticultural Society, London - Hamidi. H., Talebi, R. and Keshavarzi, F. (2014). Comparative efficiency of functional gene-based markers, start codon targeted polymorphism (SCoT) and conserved DNA- derived polymorphism (CDDP) with ISSR markers for diagnostic fingerprinting in wheat (Triticum aestivum L.). Cereal Reasearch Communication, 42 (4): 558-567. - Jalilian, N., Assadi, M. and Nemati, M. (2017). The final report of the research project " Preparation of the Flora of Iran: genus Tulipa L. of the Liliaceae family "(Report no. 51573)". Research Institute of Forests and Rangelands, Tehran - Jalilian, N., Assadi, M. and Nemati, M. (2019). A contribution to the taxonomic delimitation of Tulipa armena (Liliaceae) and a key to the Iranian species. Feddes Repertorium, 130: 389-395, https://doi.org/10.1002/fedr.201800032 - Kayis, S. A., Hakki, E. E., and Pinarkara, E. (2010). Comparison of effectiveness of ISSR and RAPD markers in genetic characterization of seized marijuana (Cannabis sativa L.) in Turkey. African Journal of Agricultural Research, 5 (21): 2925-2933. - Kiani, M., Memariani, F. and Zarghami, H. (2012) Molecular analysis of species of Tulipa L. from Iran based on ISSR markers. Plant Systematics and Evolution, 298:1515–1522 - Laikre, L., Allendorf, F. W., Aroner, L. C., Baker, C. S., Gregovich, D. P., Hansen, M. M., Jackson, J. F., Kendall, k., McKelvey, K. S., Neel, M. C., Olivieri, I., Ryman, N., Schwartz, M. K., Stetz, J. B., Tallmon, D. A., Taylor, B. l., Vojta, C. D., Waller, D. M., and Waples, R. S. (2009). Neglect of genetic diversity in implementation of the convention on biological diversity. Wildlife Biology Faculty Publications, 75. - Matin, F. (1997) Tulips of Iran: 1-104.- Agricultural Research, Education and Extension organization (AREEO), Tehran - Meghwal, P. R., Singh, A., Kumar, P., and Morwal, B. R. (2014). Diversity, distribution and horticultural potential of Cordia myxa L.: a promising underutilized fruit species of arid and semi-arid regions of India. Genetic Resources and Crop Evolution, 61 (8): 1633-1643. - Nam B. E., Nam, J. M.and Kim, J. G. (2016) Effects of habitat differences on the genetic diversity of Persicaria thunbergii. Journal of Ecology and Environment, 40:11 - Parsa, A. (1950). Tulipa L. In: Flora de l'Iran, 5: 199-228, Tehran. - Powell, W., Morganet, M., Andre, C., Hanafey, M., vogel, J., Tingey, S. and Rafalaski, A. (1996). The comparision of RFLP, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Molecular Breeding 2: 225-238. - Poczai, P., Varga, I., Bell, N. E. and Hyvönen, J. (2011). Genetic diversity assessment of bittersweet (Solanum dulcamara, Solanaceae) germplasm using conserved DNA-derived polymorphism and intron-targeting markers. Annals of Applied Biology 159: 141-153. - Pourkhaloee, A., Khosh‑Khui, M. , Arens, P. , Salehi, H, · Razi, H. ,· Niazi, A ,· Afsharifar, A. · and van Tuyl, J. (2018). Molecular analysis of genetic diversity, population structure, and phylogeny of wild and cultivated tulips (Tulipa L.) by genic microsatellites. Horticulture, Environment, and Biotechnology, 59 (6): 875-888. - Powell, W., M. Morgante, C. Andre, M. Hanafey, J. Vogel, S. Tingey and A. Rafalski. (1996). The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) markers for germplasm analysis. Molecular Breeding 2: 225-238. - Rechinger, K. H. (1990) Tulipa L. In: Flora Iranica (ed. Rechinger, K.H.) 165: 76-103, Graz. - Seyedimoradi, H., Talebi, R., and Fayaz, F. (2016). Geographical diversity pattern in Iranian landrace durum wheat (Triticum turgidum) accessions using start codon targeted polymorphism and conserved DNA-derived polymorphism markers. Environmental and Experimental Biology, 14: 63–68. - Tang, N., Mo, G., van Tuyl, J., Arens, P., Liu, J. and Tang, D. (2014).Genetic diversity and structure of Lilium pumilum DC in southeast of Qinghai–Tibet plateau. Plant Systematics and Evolution, 300:1453–1464 - Thimmappaiah, W., Santhosh, G., Shobha, D. and Melwyn, G. S. (2008). Assessment of genetic diversity in cashew germplasm using RAPD and ISSR markers. Scientia Horticulturae, 118: 1-7. - Tomar, P. and Malik, C. (2015). CDDP and CBDP as novel markers. LS: International Journal of Life Sciences, 4 (2): 85-89. - Van Raamsdonk, L.W.D., Eikelboom, W., De Vries, T. and Straathof, T.P. (1997). The systematics of the - genus Tulipa L. Acta Horticulturae, 430:821–828. - Wang, X., Fan, H., Li, Y., Sun, X., Sun, X., Wang, W., and Zheng, C. (2014). Analysis of genetic relationships in tree peony of different colors using conserved DNA-derived polymorphism markers. Scientia Horticulturae, 175: 68-73. - Wei, Y. M., Hou, Y. C., Yan, Z. H., Wu, W., Zhang, Z. Q., Liu, D. C., and Zhang, Y. L. (2005). Microsatellite DNA polymorphism divergence in Chinese wheat landraces highly resistant to Fusarium head blight. Theoretical and Applied Genetics, 46: 3-9 - Wendelbo, P. (1977). Tulipa and Irises of Iran and their relatives, Botanical Institute of Iran, Tehran. - Zonneveld, B. (2009). The systematic value of nuclear genome size for all species of Tulipa L. (Liliaceae). Plant Systematics and Evolution, 281:217–245 | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 825 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 643 |
||