| تعداد نشریات | 286 |
| تعداد نشریات سازمان | 84 |
| تعداد شماره‌ها | 3,019 |
| تعداد مقالات | 33,736 |
| تعداد مشاهده مقاله | 44,976,856 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 46,603,952 |
تجزیه تحلیل فیلوژنتیک ژن ND6 ژنوم میتوکندری در مرغ بومی سیستان و بلوچستان | ||
| علوم دامی | ||
| دوره 33، شماره 126، خرداد 1399، صفحه 31-40 اصل مقاله (1.06 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/asj.2019.124521.1836 | ||
| نویسندگان | ||
| احمد ابراهیمزاده آله آباد1؛ خدیجه نصیری2؛ زهرا رودباری* 3 | ||
| 1کارشناس ارشد اصلاح نژاد دام، پژوهشکده دامهای خاص، پژوهشگاه دانشگاه زابل. | ||
| 2استادیار گروه فیزیولوژی ورزشی، دانشکده علوم ورزشی، دانشگاه مازندران، بابلسر، ایران. | ||
| 3استادیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه جیرفت. | ||
| چکیده | ||
| امروزه ژن‌های موجود در ژنوم میتوکندریایی به عنوان نشانگر ژنتیکی قوی به صورت گسترده کاربرد دارند. هدف از این مطالعه، توالی‌یابی ناحیه ND6 ژنوم میتوکندری مرغ خزک و بررسی رابطه فیلوژنتیکی این ناحیه از مرغ بومی خزک با دیگر نژادهای مرغ و برخی از ماکیان بود. برای این منظور نمونه خون از ورید بال 20 قطعه مرغ خزک از پژوهشکده دامهای خاص استان سیستان و بلوچستان جمع‌آوری شد. استخراج DNA از خون کامل انجام گرفت. سپس ژن ND6 به همراه بخشی از tRNA بالادست و پایین دست (854 جفت باز) توسط آغازگرهای اختصاصی در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز تکثیر شد. نمونه‌ها پس از خالص‌سازی توالی‌یابی شدند و تنوع ژنتیکی درون جمعیتی مورد بررسی قرار گرفت. در ادمه، پس از گرفتن 19 توالی مشابه ژنوم میتوکندریایی مربوط به سایر نژادهای مرغ و برخی از ماکیان از بانک جهانی ژن، تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک انجام گرفت. نتایج بدست آمده نشان داد که هیچ تفاوت نوکلئوتیدی بین توالی‌های نوکلئوتیدی ND6 مرغ‌های بومی خزک وجود نداشت. نتایج حاصل از رسم درخت فیلوژنتیک مرغ بومی خزک با دیگر نژادها نشان داد که بیشترین تشابه ژنتیکی این ناحیه از ژنوم میتوکندری مرغ خزک با نژاد مرغ‌های هوانگ لانگ، ژوسیانگ، فیجی، فلیپین، هانگشان زرد، جینو ووفنگ، مرغ جنگلی قرمز و مرغ اهلی مشاهده می‌شود. نتایج نشان دهنده قرابت ژنتیکی زیاد بین مرغ بومی خزک با مرغ‌های ژاپن و چین (جنوب شرقی آسیا) می‌باشد. کمترین تشابه ژنتیکی این ناحیه از مرغ بومی خزک با پرنده ماهی خوار تاج قرمز مشاهده شد. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| مرغ خزک؛ درخت فیلوژنتیک؛ تنوع ژنتیکی؛ ژن ND6 | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Phylogenetic analysis of ND6 gene of mitochondria genome in native chickens of Sistan and Baluchestan | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Ahmad Ebrahimzadeh-Alahabad1؛ Khadijeh Nasiri2؛ Zahra Roudbari3 | ||
| 1Master graduate of Animal breeding, Special livestock Institute, Research center of the University of Zabol | ||
| 2Assistance Professor, Department of Exercise Physiology, Faculty of Sport Science, University of Mazandaran, Babolsar,Iran | ||
| 3Department of animal science, faculaty of Agriculture, Jiroft university, Jiroft,Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| Today, genes in the mitochondrial genome are widely used as a strong genetic marker.The purpose of this study was to determine sequence of ND6 gene of the mitochondrial genome of Khazak chicken and investigate the phylogenetic relationship of this region of the genome with other chicken breeds and some fowls of around the world. 20 blood samples of wing vein were collected from Khazak chicken of Research Center of specific livestock of Sistan and Baluchestan province. DNA was extracted from whole blood. Then, the ND6 gene along with a portion of upstream and downstream tRNA (854 bp) was amplified from mitochondrial genome by specific primers in Polymerase Chain Reaction. Samples were sequenced after purification and genetic diversity was investigated within the population. After Download similar sequences of the other mitochondrial genome from the chicken breeds and some fowls of the NCBI, phylogenetic analysis was carried out. The results showed that there was no nucleotide difference between ND6 sequences of native Khazak chicken. The results of the phylogenetic tree from native Khazak chicken with other breeds showed that the highest genetic similarity was observed from this region of the mitochondrial genome of native Khazak chicken with HuangLang, Zhuxiang, Fiji, Philippines, Hengshan Yellow, Jinhu Wufeng and Red jungle fowl breeds which indicates that there are a high genetic relationship between the native Khazak chicken with the Japanese and Chinese (southeastern Asia) chicken breeds. The least genetic similarity of ND6 sequence from native Khazak chicken was observed with the Grus japonesis. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| Khazak Chicken, Phylogenetic tree, Genetic diversity, ND6 gene | ||
| مراجع | ||
|
ابراهیمزاده اله آباد ا، شهابی ا، پزشکیان ز. (1395). تجزیه و تحلیل ژنتیکی ناحیه سیتوکروم b در مرغ خزک سیستان. مجله مهندسی ژنتیک و ایمنی زیستی. شماره 5، ص ص. 186-179. اصغری مقدم م ) 1393 ( بررسی خصوصیات چند نژاد دامی سیستان نسبت به سایر نژادهای دامی ایران. اولین کنفرانس بین المللی یافتههای نوین در علوم کشاورزی، منابع طبیعی و محیط زیست، ایران، تهران. نجم الدینی ر، داشاب غ، وفای واله م، مرادی کر. (1397). مطالعه روابط تکاملی و فیلوژنتیکی ژن گلوتاتیون پراکسیداز- ۱ در جمعیتهای مرغ خزک و راس 308، مجله تولیدات دامی. شماره 20، ص ص. 241-225. Bai, Y. and Attardi, G. (1998). The mtDNA-encoded ND6 subunit of mitochondrial NADH dehydrogenase is essential for the assembly of the membrane arm and the respiratory function of the enzyme. The EMBO Journal.17:4848–4858. Bao, H., Zhao, C., Li, J., Wu, C. (2008) Sequencing and alignment of mitochondrial genomes of Tibetan chicken and two lowland chicken breeds. Science China Life Sciences. 51: 47-51. Bellagamba, F., Moretti, V.M., Comincini, S., Valfare, F. (2001). Identification of species in animal feedstuffs by polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism analysis of mitochondrial DNA. Journal of Agricultural and Food Chemistry. 49: 3775-3781. DiMauro, S. (2004). Mitochondrial diseases. BiochimicaetBiophysicaActa.1658:80-88. Hall, T.A. (1999). BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. In Nucleic acids symposium series. 41: 95-98. [London]: Information Retrieval Ltd., c1979-c2000. Hiendleder, S., Lewalski, H., Wassmuth, R., Janke, A. (1998). The complete mitochondrial DNA sequence of the domestic sheep (Ovis aries) and comparison with the other major ovine haplotype. Journal of Molecular Evolution. 47:441-448. Hu, Y., Zhu, Y., Pang, H. and Lan, D. (2016). Complete mitochondrial DNA and phylogenetic study of qionglai native black chicken. In MATEC Web of Conferences.62: 03004. EDP Sciences. Khodabakhshzadeh, R., Mohammadabadi, M.R., Esmailizadeh Koshkoieh, A., Moradi- Shahrebabak, H., Ansari Namin, S. (2015). Study of mutations available in first-halfexon 2 of GDF9 gene in crossbred sheep born from crossing of Romanov rams with Kermani ewes. Iranian Journal of Animal Science Research. 6: 395-403. Knudsen, B., Knudsen, T., Flensborg, M., Sandmann, H., Heltzen, M., Andersen, A., Dickenson, M., Bardram, J., Steffensen, P., Mønsted, S., Lauritzen, T., Forsberg, R., Thanbichler, A., Jannick, D., Görlitz, L., Rasmussen, J., Tordrup, D., Værum, M., Nygaard, M., Hachenberg, C., Fisker, E., Dekker, P., Schultz, J., Hein, MK., Sinding, J.(2007). CLC Main Workbench. Version 5.5.Aarhus, Denmark, CLC bio. Kumar, S., Stecher, G. and Tamura, K. (2016). MEGA7: molecular evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Molecular biology and evolution. 33:1870-1874. Liu, L.L., Yang Y.Q., Liu Y.T., Yang, N., Xie, D., Zhen, H. (2018). Complete mitochondrial genome sequence of Zhuxiang chicken (Gallusgallus. domesticus) and its phylogenetic analysis from D-loop region. Mitochondrial DNA Part B. 3: 874-875. Meadows, J.R.S., Hiendleder, S. and Kijas, J.W. (2011). Haplogroup relationships between domestic and wild sheep resolved using a mitogenome panel. Heredity. 106: 700-706. Mohammadi, A., Nassiry, M.R., Mosafer, J., Mohammadabadi, M.R., Sulimova, G.E. (2009). Distribution of BoLA-DRB3 allelic frequencies and identification of a new allele in the Iranian cattle breed Sistani (Bosindicus). Russian Journal of Genetics. 45: 198-202. Oka, T., Ino, Y., Nomura, K., Kawashima, S., Kuwayama, T., Hanada, H., Amano, T., Takada, M., Takahata, N., Hayashi, Y. and Akishinonomiya, F. (2007). Analysis of mtDNA sequences shows Japanese native chickens have multiple origins. Animal genetics. 38: 287-293. Osman, S.A.M., Yonezawa, T. and Nishibori, M. (2016). Origin and genetic diversity of Egyptian native chickens based on complete sequence of mitochondrial DNA D-loop region. Poultry science. 95:1248-1256. Smeitink, J., van den Heuvel, L., DiMauro, S. (2001). The genetics and pathology of oxidative phosphorylation. Nature Reviews Genetics. 2: 342-352. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 585 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 324 |
||