| تعداد نشریات | 282 |
| تعداد نشریات سازمان | 80 |
| تعداد شمارهها | 3,196 |
| تعداد مقالات | 35,422 |
| تعداد مشاهده مقاله | 52,238,172 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 91,772,445 |
Genetic and Antigenic Evaluation of Foot-and-mouth Disease Virus Type A in the Endemic Area of Iran within 2014-2015 | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقاله 6، دوره 75، شماره 3، آذر 2020، صفحه 349-357 اصل مقاله (450.24 K) | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2019.123610.1287 | ||
| نویسندگان | ||
| S. M. Azimi* 1؛ H. Mahravani1؛ M. Lotfi2 | ||
| 1Foot and Mouth Disease Reference Laboratory, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran | ||
| 2Department of Quality Control, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran | ||
| چکیده | ||
| The foot-and-mouth disease virus (FMDV) with a wide variety of genomes and complicated biology is one of the infectious agents that put the lives of animals at risk. Therefore, to introduce suitable strains for vaccine production, it is essential to constantly evaluate genetic changes of circulating viruses in field. Within 2014-2015, a total of 126 clinical specimens consisting of epithelial tissue and vesicular fluid from tongue, dental pad, and hoofs suspected of FMD virus were submitted to the Reference Laboratory for FMD in Razi Vaccine and Serum Research Institute, and 86 of them were identified as FMD virus type A using sandwich Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA). This virus was isolated from 42 samples from 16 provinces using cell culture. Firstly, the coding region that produces the main part of viral capsid was amplified by Polymerase chain reaction (PCR). This part of the genome by 800 bp length was related to the 1D gene that synthesizes the VP1 protein. The phylogenetic analysis of VP1 coding region determined two distinct genotypes with more than 15% nucleotide differences. The first cluster consisted of closely related viruses registered in the GeneBank of neighboring countries, including Afghanistan, Pakistan, and Turkey. All samples in Cluster1 were determined as relative viruses with genotype Iran-05. In-vitro serological examination indicated an antigenic relationship between Cluster 1 viruses and routine vaccine strain (A-IRN-2013). The second cluster with only two members was genetically far from earlier ones and could be considered a separate genotype. Furthermore, it was revealed that cluster 2 has not been previously reported in Iran. Genetic tracing indicated that these viruses might have been originated from circulating viruses from India. Antigenic evaluation exhibited that this group could not be cross-protected by the routine vaccinal strain (A-IRN-2013) used during the research period. | ||
| کلیدواژهها | ||
| Foot and mouth disease virus؛ Serotype A؛ Genotyping؛ Phylogenetic | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| ارزیابی تغییرات ژنتیکی و آنتی ژنیکی ویروس تب برفکی تایپ A در کانونهای بیماری در ایران طی سالهای 2014 الی 2015 | ||
| چکیده [English] | ||
| ویروس تب برفکی یک عامل عفونی است که به طور جدی سلامت و آسایش دامها را تهدید میکند. این ویروس از ژنوم بسیار متغییر و بیولوژی پیچیده برخوردار است. به همین دلیل بررسی مستمر تغییرات ژنتیکی سویههای موجود در فیلد جهت معرفی سویههای مناسب تولید واکسن ضروری است.در طی سالهای 2014 تا 2015، تعداد 126 نمونه مشکوک به ویروس تب برفکی به آزمایشگاه مرجع تب برفکی ارسال گردید. از بین آنها 86 نمونه با انجام روش الیزا تایپAتشخیص داده شد. این ویروس از 42 عدد از نمونههای ارسال شده از 16 استان توسط کشت سلول جداسازی گردید. ابتدا توسط واکنش زنجیرهای پلیمراز ناحیه کد کننده ایی که مسئول تولید بخش اصلی کپسید ویروس میباشد تکثیر داده شد. این قسمت مربوط به ژن 1D به طول 800 باز بود که مسئول ساخت پروتئین VP1 می باشد. در این مطالعه ارزیابی فیلوژنتیکی نمونهها توسط آنالیز توالی ژن1Dصورت پذیرفت. نتایج حاکی از وجود دو ژنوتایپ متمایز با تفاوت نوکلوتیدی بیش از 15% بود. دسته اول با ویروس های ثبت شده از کشورهای همسایه نظیر افغانستان، پاکستان و ترکیه همگروه بود. تمامی نمونههای موجود در این گروه قرابت ژنتیکی با ژنوتایپ Iran-05 داشت. بررسیهای سرولوژیک نمایانگر ارتباط آنتی ژنیکی دسته اول با ویروس واکسینال A-IRN-2013 بود. در این مطالعهمشخص شد که گروه دوم برای اولین باراز ایران گزارش شده است. بررسی های ژنتیکی نشان داد که احتمالا اعضاء این گروه از ویروسهای در حال گردش در هند منشاء گرفته است. آزمایشات نشان داد که ویروس های این دسته با سویه واکسینال (A-IRN-2013) مورد استفاده در زمان این پژوهش تشابه آنتی ژنیکی ندارد. | ||
| کلیدواژهها [English] | ||
| ویروس تب برفکی, سروتیپ A, ژنوتایپینگ, فیلوژنتیک | ||
|
سایر فایل های مرتبط با مقاله
|
||
| مراجع | ||
|
Ahmed, H., Salem, S., Habashi, A., Arafa, A., Aggour, M., Salem, G., et al., 2012. Emergence of Foot‐and‐Mouth Disease Virus SAT 2 in E gypt During 2012. Transbound Emerg Dis 59, 476-481.
Bari, F.D., Parida, S., Tekleghiorghis, T., Dekker, A., Sangula, A., Reeve, R., et al., 2014. Genetic and antigenic characterisation of serotype A FMD viruses from East Africa to select new vaccine strains. Vaccine 32, 5794-5800.
Bastos, A., Haydon, D., Forsberg, R., Knowles, N., Anderson, E., Bengis, R., et al., 2001. Genetic heterogeneity of SAT-1 type foot-and-mouth disease viruses in southern Africa. Arch Virol 146, 1537-1551.
Hall, T.A., 1999. BioEdit: a user-friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT. Nucleic acids symposium series. [London]: Information Retrieval Ltd., c1979-c2000., pp. 95-98.
Haydon, D., Samuel, A., Knowles, N., 2001. The generation and persistence of genetic variation in foot-and-mouth disease virus. Prev Vet Med 51, 111-124.
Jamal, S.M., Belsham, G.J., 2013. Foot-and-mouth disease: past, present and future. Vet Res 44, 116.
Kimura, M., 1980. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences. J Mol Evolu 16, 111-120.
Knowles, N., Nazem Shirazi, M., Wadsworth, J., Swabey, K., Stirling, J., Statham, R., et al., 2009. Recent spread of a new strain (A‐Iran‐05) of foot‐and‐mouth disease virus type A in the Middle East. Transbound Emerg Dis 56, 157-169.
Knowles, N., Samuel, A., 2003. Molecular epidemiology of foot-and-mouth disease virus. Virus Res 91, 65-80.
longjam, N., Tayo, T., 2011. Antigenic variation of Foot and Mouth Disease Virus-An Overview. Vet World 4, 475-479.
Ludi, A.B., Horton, D., Li, Y., Mahapatra, M., King, D., Knowles, N., et al., 2014. Antigenic variation of foot-and-mouth disease virus serotype A. J Gen Virol 95, 384-392.
Mohapatra, J.K., Subramaniam, S., Pandey, L.K., Pawar, S.S., De, A., Das, B., et al., 2011. Phylogenetic structure of serotype A foot-and-mouth disease virus: global diversity and the Indian perspective. J Gen Virol 92, 873-879.
Rweyemamu, M.M., 1984. Antigenic variation in foot-and-mouth disease: studies based on the virus neutralization reaction. J Biol Stand 13, 323-337.
Sangula, A.K., Belsham, G.J., Muwanika, V.B., Heller, R., Balinda, S.N., Masembe, C., et al., 2010. Evolutionary analysis of foot-and-mouth disease virus serotype SAT 1 isolates from East Africa suggests two independent introductions from southern Africa. BMC Evolu Biol 10, 371.
Tamura, K., Dudley, J., Nei, M., Kumar, S., 2007. MEGA4: molecular evolutionary genetics analysis (MEGA) software version 4.0. Mol Biol Evol 24, 1596-1599.
Thompson, J.D., Higgins, D.G., Gibson, T.J., 1994. CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res 22, 4673-4680. Tosh, C., Sanyal, A., Hemadri, D., Venkataramanan, R., 2002. Phylogenetic analysis of serotype A foot-and-mouth disease virus isolated in India between 1977 and 2000. Arch Virol 147, 493-513.
Vosloo, W., Knowles, N., Thomson, G., 1992. Genetic relationships between southern African SAT-2 isolates of foot-and-mouth-disease virus. Epidemiol Infect 109, 547-558.
Waheed, U., Parida, S., Khan, Q., Hussain, M., Ebert, K., Wadsworth, J., et al., 2011. Molecular characterisation of foot‐and‐mouth disease viruses from Pakistan, 2005–2008. Transboun Emerg Dis 58, 166-172. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 2,061 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 3,188 |
||
