| تعداد نشریات | 282 |
| تعداد نشریات سازمان | 80 |
| تعداد شمارهها | 3,168 |
| تعداد مقالات | 35,197 |
| تعداد مشاهده مقاله | 50,932,400 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 90,937,876 |
بررسی بیان افتراقی ژن ها، مسیرها و شبکه ژنی در بافت عضله جنین گوسفند در دو نژاد دنبه دار و بی دنبه | ||
| علوم دامی | ||
| مقاله 22، دوره 32، شماره 123، شهریور 1398، صفحه 301-312 اصل مقاله (1.32 M) | ||
| نوع مقاله: مقاله پژوهشی | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/asj.2018.122913.1749 | ||
| نویسندگان | ||
| فهیمه محمدی1؛ مجتبی طهمورث پور2؛ علی جوادمنش* 2 | ||
| 1دانشجوی دکتری ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشگاه فردوسی مشهد | ||
| 2عضو هیأت علمی گروه علوم دامی، دانشگاه فردوسی مشهد | ||
| چکیده | ||
| فرآیندهای رشد عضلات و متابولیسم لیپید که نقش مهمی در مراحل رشد و نمو جنین دارند،در گوسفندان بی-دنبه و دنبهدار متفاوت است.از اینرو برای درک بهتر ژنهای افتراقی و مسیرهای آنها در بافت عضله قبل از تولد، دادههای بیان ژن حاصل از آزمایش آرایه مربوط به بافت عضله دو نژاد گوسفند دنبهدار و بیدنبه (Access number: GSE23563) مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. در مراحل 70، 85، 100، 120 و 135 روزگی جنینی بترتیب 691، 410، 404، 290 و 155 ژن دارای بیان افتراقی با استفاده از بسته نرمافزاری LIMMA در محیط R شناسایی شد. همچنین شناسایی خوشههای ژنی معنیدار با استفاده از Cytoscape برای هر مقطع سنی انجام شد. در نهایت 12 ژن افتراقی در مجموع پنج مرحله جنینی معرفی شد که در میان آنها ژنهای EEF1A2، SELI، ITGAM، NINL و RPL39 بهعنوان ژنهای مرتبط با وزن جنین، درگیر در رشد و نمو عضلات جنینی و تنظیم متابولیسم اسیدهای چرب شناسایی شد.همچنین آنالیز ماهیتشناسی ژنهای افتراقی توسط DAVID منجر به شناسایی فرآیندها و مسیرهای معنیدار مرتبط با میوژنز، متابولیسم چربی و سیستم ایمنی و عصبی در ترانسکریپتوم عضلات در حال رشد شد. نتایج این بررسی میتواند اطلاعات تکمیلی از تاثیر قابلتوجه ژنها بر تشکیل بافت عضله و چربی در مراحل رشد و نمو جنینی و مسیرهای درگیر در این فرآیندهای بیولوژیکی را فرآهم آورد. همچنین این ژنها ممکن است شواهدی برای نشانگرهای مولکولی مرتبط با برخی صفات اقتصادی مانند وزن تولد، صفات لاشه و کیفیت گوشت در گوسفند فراهم آورد که میتواند در برنامههای اصلاحی به کار رود. | ||
| کلیدواژهها | ||
| ماهیتشناسی؛ متابولیسم لیپید؛ میوفیبریل؛ میوژنز؛ Cytoscape | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| Study of differentially expressed genes, related pathways and gene networks in sheep fetal muscle tissue in thin- and fat-tailed breeds | ||
| نویسندگان [English] | ||
| Fahimeh Mohammadi1؛ mojtaba Tahmoorespur2؛ Ali Javadmanesh2 | ||
| 1Department of Animal Science- Faculty of Agriculture-Ferdowsi University of Mashhad-Mashhad-Iran | ||
| 2Department of Animal Science-Faculty of Agriculture-Ferdowsi University of Mashhad-Mashhad-Iran | ||
| چکیده [English] | ||
| Processes of muscle development and lipid metabolism that plays important roles during fetal growth and development stages, are different in thin- and fat-tailed sheep breeds. Therefore, in order to have a better perception of differentially expressed genes and their pathways in ovine prenatal muscle tissue , the gene expression data from muscle tissue of two thin- and fat-tailed breeds of sheep derived from the gene expression array experiment (Access number: GSE23563) were analyzed. The LIMMA package in R used to identify 691, 410, 404, 290 and 155 differentially expressed genes at 70, 85, 100, 120, and 135 days from gestation, respectively.Also,identification of significant gene clusters was performed for each fetal stage using Cytoscape. Finally,13 genes were recognized as differentially expressed at all 5 stages of sampling; among them, EEF1A2, ITGAM,NINL and RPL39 were confirmed as genes related to fetal weight, involved in the muscle development and lipid metabolism regulation.Also Gene Ontology and KEGG pathway analysis for differentially expressed genes by DAVID led to identification of significant processes and pathways associated with myogenesis, lipid metabolism and nervous and immune system in the developing muscle tissue transcriptome. The results of this study could provide supplementary information revealing genes with significant impact on the formation of muscle and fat tissues during fetal development and also the pathways involved in these biological processes.These genes might provide some evidence on DNA markers associated with some economic traits including birth weight,carcass and meat quality traits in sheep which can be applied in selection and breeding programs. | ||
| کلیدواژهها [English] | ||
| Cytoscape, Gene Ontology, Lipid Metabolism, Myofibril, Myogensis | ||
| مراجع | ||
|
تولایی، م.، پریور، ک. ، جوادیان الیادرانی، س. و نصراصفهانی، م.ح. (1395). سانتروزوم و نقش آن در گامتوژنز و تکوین جنینی. مجله دانشگاه علوم پزشکی شهرکرد. دوره 18، شماره 2، ص ص. 143-169. جوادمنش، ع.، نصیری، م. ر. و ازغندی، م. (1396). بررسی ناحیه HVR-III ژنوم میتوکندری گوسفندان ایرانی با روش توالییابی. دوره27، شماره 2، ص ص. 133-141. محمدی، ف. رحیمی میانجی، ق. فرهادی، ا. و قلی زاده، م. شناسایی فرم های مختلف آللی در ناحیه جانبی ′ 5 ژن EDG1 موثر بر صفت ماربلینگ در گوسفندان نژاد زل. (1394). دومین همایش ملی گیاهان دارویی، طب سنتی و کشاورزی ارگانیک. Arora, R., Singh Yadav, H. and Kumar Yadav, D. (2014). Identification of novel single nucleotide polymorphisms in candidate genes for mutton quality in Indian sheep. Animal Molecular Breeding. 4(4): 1-5. Bayline, R.J., Duch, C. and Levine, R.B. (2001). Nerve-muscle interactions regulate motor terminal growth and myoblast distribution during muscle development. Developmental biology. 231 (2): 348-363. Campion, D.R., Richardson, R.L., Kraeling, R.R. and Reagan, J.O. (1978). Regulation of skeletal muscle development by the central nervous system in the fetal pig. Growth. 42 (2):189-204. Griffiths, L.A., Doig, J., Churchhouse, A.M., Davies, F.C., Squires, C.E., Newbery, H.J. et al. (2012). Haploinsufficiency for translation elongation factor eEF1A2 in aged mouse muscle and neurons is compatible with normal function. PloS one. 7:e41917. Juszczuk-Kubiak, E., Bujko, K., Cymer, M., Wicińska, K., Gabryszuk, M. and Pierzchała, M. (2016). Effect of Inorganic Dietary Selenium Supplementation on Selenoprotein and Lipid Metabolism Gene Expression Patterns in Liver and Loin Muscle of Growing Lambs. Biological Trace Element Research. 172: 336–345. Kielar, D., Clark, J.S., Ciechanowicz, A., Kurzawski, G., Sulikowski, T. and Naruszewicz, M. (1998). Leptin receptor isoforms expressed in human adipose tissue. Metabolism: clinical and experimental. 47 (7): 844-847. Labunskyy, V.M., Hatfield, D.L. and Gladyshev, V.N. (2014). Selenoproteins: Molecular Pathways and Physiological Roles. Physiological Reviews. 94(3): 739–777. Li, L., Hongwei, S., Caihong, W., Hangxing, R., Lingyang, X., Fuping, Zh. et al. (2016). Comparison of muscle characteristics and underpinning mechanisms between Texel and Ujumqins heep aged from day70to135of gestation. Livestock Science. 192: 8–16. McCoard, S.A., McNabb, W.C., Peterson, S.W., McCutcheon, S.N. and Harris, P.M. (2000). Muscle growth, cell number, type and morphometry in single and twin fetal lambs during mid to late gestation. Reproduction, Fertility and Development. 12: 319-327 Mohapatra, A. and Shinde, A.K. (2018). Fat-tailed sheep - an important sheep genetic resource for meat production in tropical countries. Indian Journal of Small Ruminants. 24(1): 1-17. Nassiry, M.R., Shahroudi, F.E., Tahmorespur, M. and Javadmanesh, A. (2007). Genetic variability and population structure in beta-lactoglobulin, calpastain and calpain loci in Iranian Kurdi sheep. Pakistan Journal of Biological Sciences. 10(7): 1062-1067. Nassiry, M.R., Valizadeh, R., Tahmoorespur, M., Javadmanesh, A. and Foroutani, S. (2010). Study of Genetic diversity of Calpastatin, Calpain and Beta-lactoglubin loci in Kurdi sheep of North Khorasan. Iranian Journal of Animal Science Research. 2 (2): 163-170. Ren, H., Li, L., Su, H., Xu, L., Wei, C., Zhang, L. et al. (2011). Histological and transcriptome-wide level characteristics of fetal myofiber hyperplasia during the second half of gestation in Texel and Ujumqin sheep. BMC Genomics. 12:411. Shannon, P., Markiel, A., Ozier, O., Baliga, N.S., Wang, J.T., Ramage, D. et al. (2003). Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks. Genome Research. 13(11):2498-504. Smyth, G. K., Ritchie, M., Thorne, N., Wettenhall, J., Shi, W., and Hu, Y. (2002). Limma: Linear Models for Microarray and RNA-Seq Data User’s Guide. Soung, N.K., Park, J.E., Yu, L.R., Lee, K.H., Lee, J.M., Bang, J.K. et al. (2009). Plk1-dependent and -independent roles of an ODF2 splice variant, hCenexin1, at the centrosome of somatic cells. Developmental Cell. 16 (4): 539–50. Swatland, H.J. and Cassens, R.G. (1974). The role of innervation in muscle development and function. Journal of animal science. 38 (5): 1092-1102. Tidball, J.G. and Villalta, S.A. (2010). Regulatory interactions between muscle and the immune system during muscle regeneration. American journal of physiology-Regulatory integrative and comparative physiology. 298: R1173-R1187. Walsh, T.P., Winzor, D.J., Clarke, F.M., Masters, C.J. and Morton, D.J. (1980). Binding of aldolase to actin-containing filaments. Evidence of interaction with the regulatory proteins of skeletal muscle. The Biochemical journal. 186 (1): 89-98. Yan, X., Zhu, M.J., Dodson, M.V. and Du, M. (2013). Developmental programming of fetal skeletal muscle and adipose tissue development. Journal of Genomics. 1: 29–38. Xu, L., Zhao, F., Ren, H., Li, L., Lu, J., Liu, J. et al. (2014). Co-Expression Analysis of Fetal Weight-Related Genes in Ovine Skeletal Muscle during Mid and Late Fetal Development Stages. International Journal of Biological Sciences. 10(9): 1039–1050. Zafiropoulos, A., Linardakis, M., Jansen, E.H., Tsatsakis, A.M., Kafatos, A. and Tzanakakis, G.N. (2010). Paraoxonase 1 R/Q alleles are associated with differential accumulation of saturated versus 20:5n3 fatty acid in human adipose tissue. Journal of lipid research. 51(7): 1991–2000. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 1,298 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 615 |
||