| تعداد نشریات | 282 |
| تعداد نشریات سازمان | 80 |
| تعداد شماره‌ها | 3,251 |
| تعداد مقالات | 35,917 |
| تعداد مشاهده مقاله | 54,573,237 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 93,694,807 |
Development of New Modified Simple Polymerase Chain Reaction and Real-time Polymerase Chain Reaction for the Identification of Iranian Brucella abortus Strains | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقاله 3، دوره 74، شماره 3، آذر 2019، صفحه 235-241 اصل مقاله (662.54 K) | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2018.122128.1218 | ||
| نویسندگان | ||
| S. Alamian* 1؛ T. Zahraei Salehi2؛ K. Aghaiypour Kolyani3؛ M. Esmaelizad3؛ A. Etemadi1 | ||
| 1Department of Brucella, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran | ||
| 2Department of Microbiology, Faculty of Veterinary Medicine, University of Tehran, Tehran, Iran | ||
| 3Department of Biotechnology, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran | ||
| چکیده | ||
| Brucellosis is primarily a worldwide zoonotic disease caused by Brucella species. The genus Brucella contains highly infectious species that are classified as biological threat agents. In this regard, the identification of Brucella can be a time-consuming and labor-intensive process posing a real risk of laboratory-acquired infection to the laboratory staff. This study aimed to present a novel conventional and real-time polymerase chain reaction (PCR) assay for the identification of Brucella abortus strains. Regarding this, two primers (bru ab2) were designed based on the unique loci encoding autotransporter-associated beta strand repeat-containing protein (ID:YP00113760). A total of 56 Brucella strains (e.g., reference, vaccinal, and field isolates) and Yersinia enterocolitica, as a non-Brucella isolate, were evaluated in conventional and real-time PCR systems. The results of the study indicated that 0.4 ng and 400 FG of genomic DNA of B. abortus strains can be detected by conventional and real-time PCR, respectively. The primers, bru ab2, were suitable for both PCR methods. Both methods were specific for the detection of all strains of the bacterium; however, real-time PCR assay was 1000-fold more sensitive than the conventional PCR method. Therefore, this new detection system could be a suitable selective modified method for the accurate identification of all B. abortus strains. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| Brucella abortus؛ Identification؛ PCR؛ Real-time PCR | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| شناسایی مولکولی سویههای بروسلا آبورتوس در ایران با استفاده از روش‌های جدید تغییر یافته واکنش زنجیرهای پلیمراز و Real-time PCR | ||
| چکیده [English] | ||
| بروسلوز در درجه اول یک بیماری زئونوز پراهمیت در سراسر جهان است که توسط گونههای بروسلا ایجاد میشود. جنس بروسلا دارای گونههای بسیار عفونی است که به عنوان عوامل تهدید کننده زیستی طبقه بندی میشوند. شناسایی بروسلا یک فرآیند زمان گیر و سخت است که میتواند پرسنل را در معرض خطر عفونتهای آزمایشگاهی قرار دهد. این تحقیق با هدف ارائه یک روش آزمایش جدید برای واکنش زنجیرهای پلیمراز معمول و واکنش زنجیرهای پلیمراز زمان واقعی (real-time PCR) برای شناسایی گونههای بروسلا آبورتوس انجام شده است. در این مطالعه دو آغازگر (bru ab2) بر اساس جایگاههای منحصر به فرد کد کننده انتقال دهنده خودی ((autotransporter واجد تکرارهای رشته بتا پروتئین (شماره دسترسی YP00113760) طراحی شده است. پنجاه و شش سویه بروسلا (جدایههای مرجع، واکسن و جداسازی شده از مزرعه) و Yersiniaenterocolitica به عنوان یک جدایه غیر بروسلا در سیستم معمول و واکنش زنجیرهای پلیمراز زمان واقعی مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج نشان داد که با مقادیر ng 0.4 وfg 400 DNA ژنومی سویههای بروسلا آبورتوس میتوانند با استفاده از روش معمول و واکنش زنجیرهای پلیمراز زمان واقعی شناسایی شوند. پرایمرهایbru ab2 برای هر دو روش واکنش زنجیرهای پلیمراز مناسب بودند. هر دو روش برای شناسایی تمام سویههای باکتری اختصاصی بوده اما آزمایش واکنش زنجیرهای پلیمراز در زمان واقعی 1000 برابر حساستر از روش واکنش زنجیرهای پلیمراز معمولی بود. از این رو این روش به عنوان روش انتخابی قدرتمند جهت شناسایی تمام گونههای بروسلا آبورتوس پیشنهاد میشود. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| بروسلا آبورتوس, شناسایی, واکنش زنجیرهای پلیمراز, Real-time-PCR | ||
| مراجع | ||
|
Adone, R., Pasquali, P., 2013. Epidemiosurveillance of brucellosis. Rev Sci Tech 32, 1, 199-205.
Al Dahouk, S., Nockler, K., Scholz, H.C., Pfeffer, M., Neubauer, H., Tomaso, H., 2007. Evaluation of genus-specific and species-specific real-time PCR assays for the identification of Brucella spp. Clin Chem Lab Med 45, 11, 1464-1470.
Alişkan, H., 2008. The value of culture and serological methods in the diagnosis of human brucellosis. Mikrobiyol Bul 45, 1, 185-195
Chain, P.S., Comerci, D.J., Tolmasky, M.E., Larimer, F.W., Malfatti, S.A., Vergez, L.M., et al., 2005. Whole-genome analyses of speciation events in pathogenic Brucellae. Infect Immun 73, 12, 8353-8361.
Davis, C.E., Troy, S.B., 2005. Brucellosis. N Engl J Med 353, 10, 1071-1072.
De, B.K., Stauffer, L., Koylass, M.S., Sharp, S.E., Gee, J.E., Helsel, L.O., et al., 2008. Novel Brucella strain (BO1) associated with a prosthetic breast implant infection. J Clin Microbiol 46, 1, 43-49.
Dean, A.S., Crump, L., Greter, H., Hattendorf, J., Schelling, E., Zinsstag, J., 2012. Clinical manifestations of human brucellosis: a systematic review and meta-analysis. PLoS Negl Trop Dis 6, 12, e1929.
Ficht, T., 2010. Brucella taxonomy and evolution. Future Microbiol 5, 6, 859-866.
Filippov, A.A., Sergueev, K.V., Nikolich, M.P., 2013. Bacteriophages against biothreat bacteria: diagnostic, environmental and therapeutic applications. J Bioterr Biodef 3, 010.
Godfroid, J., Scholz, H.C., Barbier, T., Nicolas, C., Wattiau, P., Fretin, D., et al., 2011. Brucellosis at the animal/ecosystem/human interface at the beginning of the 21st century. Prev Vet Med 102, 2, 118-131.
Gopaul, K.K., Sells, J., Lee, R., Beckstrom-Sternberg, S.M., Foster, J.T., Whatmore, A.M., 2014. Development and assessment of multiplex high resolution melting assay as a tool for rapid single-tube identification of five Brucella species. BMC Res Notes 7, 1, 903.
Lista, F., Reubsaet, F.A., De Santis, R., Parchen, R.R., de Jong, A.L., Kieboom, J., et al., 2011. Reliable identification at the species level of Brucella isolates with MALDI-TOF-MS. BMC Microbiol 11, 267.
Molavi, M.A., Sajjadi, H.S., Nejatizade, A.A., 2014. Effective methods for appropriate diagnosis of brucellosis in humans and animals (review article). Online J Anim Feed Res (OJAFR) 4, 3, 60-66.
Najafi, N., Ghassemian, R., Davoody, A.R., Tayebi, A., 2011. An unusual complication of a common endemic disease: clinical and laboratory aspects of patients with brucella epididymoorchitis in the north of Iran. BMC Res Notes 4, 286.
Newby, D.T., Hadfield, T.L., Roberto, F.F., 2003. Real-time PCR detection of Brucella abortus: a comparative study of SYBR green I, 5'-exonuclease, and hybridization probe assays. Appl Environ Microbiol 69, 8, 4753-4759.
O'Grady, D., Byrne, W., Kelleher, P., O'Callaghan, H., Kenny, K., Heneghan, T., et al., 2014. A comparative assessment of culture and serology in the diagnosis of brucellosis in dairy cattle. Vet J 199, 3, 370-375.
Pappas, G., Akritidis, N., Bosilkovski, M., Tsianos, E., 2005. Brucellosis. N Engl J Med 352, 22, 2325-2336.
Probert, W.S., Schrader, K.N., Khuong, N.Y., Bystrom, S.L., Graves, M.H., 2004. Real-time multiplex PCR assay for detection of Brucella spp., B. abortus, and B. melitensis. J Clin Microbiol 42, 3, 1290-1293.
Redkar, R., Rose, S., Bricker, B., DelVecchio, V., 2001. Real-time detection of Brucella abortus, Brucella melitensis and Brucella suis. Mol Cell Probes 15, 1, 43-52.
Santis, R.d., Ciammaruconi, A., Pomponi, A., Fillo, S., Lista, F., 2011. Brucella: molecular diagnostic techniques in response to bioterrorism threat. J Bioter Biodef 5, S2, 1-8.
Scholz, H.C., Hubalek, Z., Sedlacek, I., Vergnaud, G., Tomaso, H., Al Dahouk, S., et al., 2008. Brucella microti sp. nov., isolated from the common vole Microtus arvalis. Int J Syst Evol Microbiol 58, Pt2, 375-382.
Scholz, H.C., Vergnaud, G., 2013. Molecular characterisation of Brucella species. Rev Sci Tech 32, 1, 149-162.
Smirnova, E., Vasin, A., Sandybayev, N., Klotchenko, S., Plotnikova, M., Chervyakova, O., et al., 2013. Current Methods of Human and Animal Brucellosis Diagnostics. Adv Infect Dis 3, 3, 177-184.
Sohn, A.H., Probert, W.S., Glaser, C.A., Gupta, N., Bollen, A.W., Wong, J.D., et al., 2003. Human neurobrucellosis with intracerebral granuloma caused by a marine mammal Brucella spp. Emerg Infect Dis 9, 4, 485-488.
Ica, T., Aydin, F., Gümüşsoy, K., Perçin, D., Bulent, S., Ahmet, et al., 2012. Conventional and Molecular Biotyping of Brucella Strains Isolated from Cattle, Sheep and Human in Kayseri, Turkey. Vet Fak Derg 59, 259-264.
Tiller, R.V., Gee, J.E., Lonsway, D.R., Gribble, S., Bell, S.C., Jennison, V., et al., 2010. Identification of an unusual Brucella strain (BO2) from a lung biopsy in a 52 year-old patient with chronic destructive pneumonia. BMC Microbiol 10, 1, 23.
Troy, S.B., Rickman, L.S., Davis, C.E., 2005. Brucellosis in San Diego: epidemiology and species-related differences in acute clinical presentations. Medicine (Baltimore) 84, 3, 174-187.
Ullah, R.W., Waqas, M.Y., Muhammad Ali Shah, M.A., 2014. Epidemiology of Bovine Brucellosis-a review of literature. Veterinaria 1, 16-19.
Winchell, J.M., Wolff, B.J., Tiller, R., Bowen, M.D., Hoffmaster, A.R., 2010. Rapid identification and discrimination of Brucella isolates by use of real-time PCR and high-resolution melt analysis. J Clin Microbiol 48, 3, 697-702. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 2,746 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 3,798 |
||