| تعداد نشریات | 282 |
| تعداد نشریات سازمان | 80 |
| تعداد شماره‌ها | 3,272 |
| تعداد مقالات | 36,149 |
| تعداد مشاهده مقاله | 55,713,222 |
| تعداد دریافت فایل اصل مقاله | 94,492,136 |
Development and Evaluation of Real-Time RT-PCR Test for Quantitative and Qualitative Recognition of Current H9N2 Subtype Avian Influenza Viruses in Iran | ||
| Archives of Razi Institute | ||
| مقاله 2، دوره 73، شماره 3، آذر 2018، صفحه 177-182 اصل مقاله (228.46 K) | ||
| نوع مقاله: Original Articles | ||
| شناسه دیجیتال (DOI): 10.22092/ari.2017.106968.1059 | ||
| نویسندگان | ||
| S. G. Mirzaei1؛ A. Shoushtari* 2؛ A. Nouri1 | ||
| 1Department of Avian Bacterial Diseases, Research and Diagnosis, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education, and Extension Organization, Karaj, Iran | ||
| 2Department of Avian Viral Diseases, Razi Vaccine and Serum Research Institute, Agricultural Research, Education, and Extension Organization, Karaj, Iran | ||
| چکیده | ||
| Avian influenza H9N2 subtype viruses have had a great impact on Iranian industrial poultry production economy since introduction in the country. To approach Rapid and precise identification of this viruses as control measures in poultry industry, a real time probe base assay was developed to directly detect a specific influenza virus of H9N2 subtype -instead of general detection of Influenza A viruses- which has been endemic over two last decades in the country. An Iranian avian influenza virus strain of A/Iran/chicken/772/1998 H9N2 subtype were selected as reference strain for of primers and probe designing. The high agreement value of 99% indicated that the devolved real time assay for detection of H9 subtype viruses could easily replace the conventional method of virus isolation particularly in investigation of viruses like national surveillance plan. The limit of detection was almost one EID50 which was the least real infectious unit could be detected. So it can be said that this sensitive assay provided a powerful tool to not to miss any significant viral biological activity neither in the host body nor in the environment. A high level of correlation coefficient (R2 = 0.998) also indicated a good correlation between Ct values and viral concentrations. , it can be conclude that the real time RT-PCR could be easily replace virus isolation in detection of H9N2 influenza viruses especially in large monitoring program. The ability in quantifying of the virus concentration extends usage of test in more accurate studies. | ||
| کلیدواژه‌ها | ||
| Real-Time RT- PCR؛ Avian Influenza؛ Comparison؛ H9N2؛ Culture | ||
| عنوان مقاله [English] | ||
| تشخیص کمی و کیفی ویروس آنفولانزای پرندگان ساب تایپ H9N2 با روش واکنش پلیمراز در زمان واقعی در ایران | ||
| نویسندگان [English] | ||
| سید غلامرضا میرزایی1؛ عبدالحمید شوشتری2؛ عباس نوری1 | ||
| 1بخش بیماریهای باکتریایی طیور، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
| 2بخش بیماریهای ویروسی طیور، موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران | ||
| چکیده [English] | ||
| ویروس های آنفلوآنزای طیور تحت تیپ H9N2 از هنگام ورود به کشور خسارات اقتصادی بزرگی را در کشور باعث شده اند. تعیین هویت سریع و دقیق این ویروس به همراه دیگر روش های کنترلی مهمترین ابزار برای برای جلوگیری از بیماری و گسترش ویروس است. برای رسیدن به این منظور یک روش واکنش پلیمراز در زمان واقعی بر اساس طراحی پرایمر و پروب جهت تشخیص اختصاسی ویروس های آنفلوآنزای طیور تحت تیپ H9N2 راه اندازی شد. برای جلوگیری از آلودگی تصمیم گرفته شد که واکنش به صورت یک مرحله ای انجام شود. برای طراحی پرایمر و پروب از یک سویه ایرانی ویروس به نام A/Iran/chicken/772/1998 بعنوان سویه مرجع استفاده شد. دز عفونی قابل تشخیص در این روش تقریبا مقدار یک دز عفونی بود که حداقل مقدار قابل تشخیص است. بنابراین می توان گفت این روش حساس ابزار قدرتمندی فراهم می آورد تا حداقل مقدار بیولوژیکی موثر از ویروس، چه در محیط و چه در بدن میزبان، شناسایی شود. ضریب هبستگی بال (R2 = 0.998) نشان دهنده ارتباط خوب بین سیکل آستانه (ct) و غلظت های ویروسی است. همچنین با توجه به توافق93 درصدی، روش واکنش پلی مراز درزمان واقعی به آسانی می تواند در مطالعات ویروسی مانند برنامه های مراقبت ملی جایگزین روش جداسازی ویروس گردد. قدرت تعیین کمیت ویروس در این روش امکان استفاده آن را به مطالعات دقیق تر گسترش می دهد. | ||
| کلیدواژه‌ها [English] | ||
| آنفولانزای پرندگان, H9N2, کشت, مقایسه, Real-time RT-PCR | ||
| مراجع | ||
|
Alexander, D.J., 2003. Report on avian influenza in the Eastern Hemisphere during 1997-2002. Avian Dis 47, 792-797. Alexander, D.J., 2007. Summary of avian influenza activity in Europe, Asia, Africa, and Australasia, 2002-2006. Avian Dis 51, 161-166. Ben Shabat, M., Meir, R., Haddas, R., Lapin, E., Shkoda, I., Raibstein, I., et al., 2010. Development of a real-time TaqMan RT-PCR assay for the detection of H9N2 avian influenza viruses. J Virol Methods 168, 72-77. Boivin, G., Hardy, I., Kress, A., 2001. Evaluation of a rapid optical immunoassay for influenza viruses (FLU OIA test) in comparison with cell culture and reverse transcription-PCR. J Clin Microbiol 39, 730-732. Di Trani, L., Bedini, B., Donatelli, I., Campitelli, L., Chiappini, B., De Marco, M.A., et al., 2006. A sensitive one-step real-time PCR for detection of avian influenza viruses using a MGB probe and an internal positive control. BMC Infectious Diseases 6, 87. El Zowalaty, M.E., Bustin, S.A., Husseiny, M.I., Ashour, H.M., 2013. Avian influenza: virology, diagnosis and surveillance. Future Microbiol 8, 1209-1227. Ellis, J.S., Smith, J.W., Braham, S., Lock, M., Barlow, K., Zambon, M.C., 2007. Design and validation of an H5 TaqMan real-time one-step reverse transcription-PCR and confirmatory assays for diagnosis and verification of influenza A virus H5 infections in humans. J Clin Microbiol 45, 1535-1543. Fouchier, R.A., Munster, V., Wallensten, A., Bestebroer, T.M., Herfst, S., Smith, D., et al., 2005. Characterization of a novel influenza A virus hemagglutinin subtype (H16) obtained from black-headed gulls. J Virol 79, 2814-2822. Hablolvarid, M.H., 2016. [Influenza disease: a review on epidemiological studies, pathogenesis and genetically alteration upon the avian influenza viruses circulating in Iran, on the field of veterinary medicine and medicine in two recent decades]. Vet Res Biol Prod 110 17-31. Herrmann, B., Larsson, C., Zweygberg, B.W., 2001. Simultaneous Detection and Typing of Influenza Viruses A and B by a Nested Reverse Transcription-PCR: Comparison to Virus Isolation and Antigen Detection by Immunofluorescence and Optical Immunoassay (FLU OIA). Journal of Clinical Microbiology 39, 134-138. Hoffmann, B., Harder, T., Starick, E., Depner, K., Werner, O., Beer, M., 2007. Rapid and highly sensitive pathotyping of avian influenza A H5N1 virus by using real-time reverse transcription-PCR. J Clin Microbiol 45, 600-603. Kariminejhad, E., Mehrabanpour, M.J., 2012. Serological and Molecular Assays for Detection of Avian Influenza Virus in Broiler Chickens Flocks of Fars Province-Iran. Int J Anim Vet 4, 125-129. Nili, H., Asasi, K., 2003. Avian influenza (H9N2) outbreak in Iran. Avian Dis 47, 828-831. Tahir, R., Anjum, A.A., Muhammad, K., Rasool, A., Khan, F., 2015. AVIAN INFLUENZA AND ITS MASS DEPOPULATION STRATEGIES IN INFECTED POULTRY BIRDS. Taiwan Veterinary Journal 41, 51-57. Thrusfield, M., 2008. Veterinary Epidemiology, Blackwell Publishing. Tong, S., Li, Y., Rivailler, P., Conrardy, C., Castillo, D.A., Chen, L.M., et al., 2012. A distinct lineage of influenza A virus from bats. Proc Natl Acad Sci U S A 109, 4269-4274. Tong, S., Zhu, X., Li, Y., Shi, M., Zhang, J., Bourgeois, M., et al., 2013. New World Bats Harbor Diverse Influenza A Viruses. PLOS Pathogens 9, e1003657. van Elden, L.J., Nijhuis, M., Schipper, P., Schuurman, R., van Loon, A.M., 2001. Simultaneous detection of influenza viruses A and B using real-time quantitative PCR. J Clin Microbiol 39, 196-200. Vasfi Marandi, M., Bozorgmehrifard, M.H., 1999. An outbreak of non-highly pathogenic avian influenza in chickens in Iran. 61st meeting of World Veterinary Association, France. Wright, P.F., Neumann, G., Kawaoka, Y., 2007. Orthomyxoviruses, Lippincott Williams and Wilkins, Philadelphia. | ||
|
آمار تعداد مشاهده مقاله: 2,611 تعداد دریافت فایل اصل مقاله: 3,462 |
||